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标题: 用ds分子对接刚性柔性对接RMSD值都大于2 想问有什么参数可改进 [打印本页]

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Author: 哈哈哈 时间: 2019-9-11 16:24
标题: 用ds分子对接刚性柔性对接RMSD值都大于2 想问有什么参数可改进
老师就是我用DS 3.1 做分子对接做药物的改构首先验证对接模型的有效性
文件中 1xkk为晶体结构(晶体结构中小分子lapatinib有N-MET793氢键 F-THR790氢键) ab-lapatinib为配体小分子做对接时去除了配体小分子
先用的刚性对接libdock hotspots100    调活性的半径最后觉得10的RMSD相对小一点
                              然后半径为10 调hotspots    最后还是100 RMSD相对小一点
刚性对接中有N-MET793氢键 F没有

然后做了柔性对接flexible docking  hotspots100 半径10 以配体结合位点的原子（show ligand binding site atom）相应的残基为柔性残基  与lapatinib晶体结构差异大感觉两边是反着的
                                             hotspots100 半径15 以配体结合位点的原子（show ligand binding site atom）相应的残基为柔性残基  与lapatinib晶体结构差异大

（其中RMSD是直接将打分最高的laptinib的结构和晶体结构放在一起做的RMSD superimpose-RMSD是直接将打分最高的laptinib的结构和晶体结构放在一起先superimpose然后做的RMSD。
不太清楚应该具体用哪一个，在后面才直接算了RMSD以及superimpose-RMSD都算了，前面的都先superimpose后再RMSD）

看以上的结果感觉RMSD比较大，想问问可以从哪方面来改进？

作者
Author: 霜晨月 时间: 2019-9-12 11:35
首先，你做的这两个对接都是所谓柔性对接——柔性配体对接，只不过libdock是刚性受体，flexdock是（半）柔性受体而已。
通常说的刚性对接即刚性配体对接，现在已经用得很少很少了。

其次，我个人对DS里面的那几个小分子对接工具都不是很满意，而LibDock恰好又是其中效果最差的（用来筛选ligand library，速度快，精度差）。
建议不妨尝试下CDOCKER，这是DS里面效果最好的，当然个人感觉它的效果还不是很理想。
免费软件里面AutoDock效果还不错，可以试试。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-13 07:08
免费的LeDock也可以考虑，使用简单，结果在一些测试中名列前茅

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2019-9-13 17:32

sobereva 发表于 2019-9-13 07:08
免费的LeDock也可以考虑，使用简单，结果在一些测试中名列前茅

好的谢谢老师我还下了个autodock感觉用得挺多的我当时就考虑autodock和ds都试试看哪个好一点我再试试看你说的这个

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2019-9-13 17:34

霜晨月发表于 2019-9-12 11:35
首先，你做的这两个对接都是所谓柔性对接——柔性配体对接，只不过libdock是刚性受体，flexdock是（半）柔 ...

好的谢谢你我去试试

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2019-9-20 17:57
本帖最后由哈哈哈于 2019-9-20 18:03 编辑

sobereva 发表于 2019-9-13 07:08
免费的LeDock也可以考虑，使用简单，结果在一些测试中名列前茅

老师您好，就是我使用ledock做对接时，相同条件下所产生的结果不同（活性盒子是在通过vmd产生的）。我觉得ledock以模拟退火和遗传算法交叉应该也有重现性哟。我现在做的是为了检验对接的有效性，之后做药物改构要做对接，现在的对接结果我不知道选什么参数来做之后的对接。用过ds(CDOCKER) autodock 做了，RMSD大于2，就现在做ledock有RMSD小于2的，想问问老师我下一步怎么做？

作者
Author: 猴子好坏 时间: 2019-11-5 14:24
薛定谔在这方面也很不错，我使用过autodock和薛定谔对接同样的pdb但最后还是薛定谔的更贴切真实数据，虽然autodock有拉马克算法但薛定谔的前期优化处理更省心呀

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2019-11-7 09:05

猴子好坏发表于 2019-11-5 14:24
薛定谔在这方面也很不错，我使用过autodock和薛定谔对接同样的pdb但最后还是薛定谔的更贴切真实数据，虽然a ...

谢谢你哈暂时用这个吧我比较了一下链这边几种软件都变化挺大的环那边都重叠得比较好我觉得应该是这边柔性大所以我看文献里有的就直接呈现链这边重叠得不好有的直接把链这边去掉了我暂且这样吧薛定谔之后去尝试下感觉它可以做很多

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