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标题: 求助是否需要加弥散 [打印本页]

作者
Author: 明园 时间: 2019-9-16 18:54
标题: 求助是否需要加弥散
社长，我的单个分子是有氢键的，是否需要加弥散函数呢？

作者
Author: 明园 时间: 2019-9-16 19:01
请问优化单个分子是否需要加弥散，我之前优化用的是，b3lyp/6-31G**

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-9-16 19:46
社長：b3lyp又不加DFT-D3

作者
Author: sige 时间: 2019-9-16 19:47
看此贴http://sobereva.com/119

作者
Author: 明园 时间: 2019-9-16 21:10

sige 发表于 2019-9-16 19:47
看此贴http://sobereva.com/119

看过了，谢谢您，但是还是不确定应不应该加。

作者
Author: 明园 时间: 2019-9-16 21:13

wuzhiyi 发表于 2019-9-16 19:46
社長：b3lyp又不加DFT-D3

加d3了，谢谢您。

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2019-9-16 22:42
这不是看你需要用来做什么吗？
如果你需要研究这个氢键的相互作用力，那就加
如果你只是做一个几何结构优化看看长啥样就不加

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-16 23:01
结构优化，用了3-zeta档次基组诸如6-311G**就不用加弥散
如果考察诸如分子内氢键键能，算能量时候应当加弥散

以后记得，加了D3的时候必须明确说清楚，B3LYP和B3LYP-D3有天壤之别

作者
Author: 明园 时间: 2019-9-17 08:25

sobereva 发表于 2019-9-16 23:01
结构优化，用了3-zeta档次基组诸如6-311G**就不用加弥散
如果考察诸如分子内氢键键能，算能量时候应当加弥 ...

好的，谢谢社长！

作者
Author: 明园 时间: 2019-9-17 08:25

DoubeeTwT 发表于 2019-9-16 22:42
这不是看你需要用来做什么吗？
如果你需要研究这个氢键的相互作用力，那就加
如果你只是做一个几何结构优 ...

明白了，谢谢！

作者
Author: 明园 时间: 2019-9-18 21:37

sobereva 发表于 2019-9-16 23:01
结构优化，用了3-zeta档次基组诸如6-311G**就不用加弥散
如果考察诸如分子内氢键键能，算能量时候应当加弥 ...

社长，我还想问一下，我接下来要用gromacs考察动力学分子间氢键，请问我现在用b3lyp-d3/6-311G**进行结构优化需要加弥散函数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-19 16:20

明园发表于 2019-9-18 21:37
社长，我还想问一下，我接下来要用gromacs考察动力学分子间氢键，请问我现在用b3lyp-d3/6-311G**进行结构 ...

做动力学之前甚至都不是非得做几何优化

不需要

作者
Author: 明园 时间: 2019-9-23 10:02

sobereva 发表于 2019-9-19 16:20
做动力学之前甚至都不是非得做几何优化

不需要

好的，谢谢社长。

作者
Author: Kelly00 时间: 2022-7-2 13:14

sobereva 发表于 2019-9-16 23:01
结构优化，用了3-zeta档次基组诸如6-311G**就不用加弥散
如果考察诸如分子内氢键键能，算能量时候应当加弥 ...

社长，我想研究卟啉镍结构、Mayer键级、活性位点等性质，选用泛函基组是TPSSH/6-311g**。在探究电场对卟啉镍结构性质的影响时，对重原子加了弥散，发现在不加电场时结构优化，加不加弥散对卟啉镍结构有很大的影响。因为已经在不加弥散条件下做了很多计算和分析，想问一下对卟啉镍来说，在TPSSH/6-311g**下加不加弥散原理上谁更可信？在探究卟啉镍结构性质时不加弥散，探究结构随电场变化时加弥散，这样造成文章前后不一致、结构有差别是不是不好。您有什么建议吗？谢谢~

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-2 14:48

Kelly00 发表于 2022-7-2 06:14
社长，我想研究卟啉镍结构、Mayer键级、活性位点等性质，选用泛函基组是TPSSH/6-311g**。在探究电场对卟 ...

建议检查一下是不是加弥散过后SCF收敛到了另一个波函数。有时候体系有两个SCF波函数，当你改变理论级别以后，可能就会收敛到另外一个波函数，这时应该通过交换轨道次序等方法，强制让计算收敛到你要的那个波函数

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-3 03:49

Kelly00 发表于 2022-7-2 13:14
社长，我想研究卟啉镍结构、Mayer键级、活性位点等性质，选用泛函基组是TPSSH/6-311g**。在探究电场对卟 ...

一般来说6-311G**级别的基组，加不加弥散函数对这种体系不至于能对优化的结构产生明显影响。注意检查波函数稳定性

作者
Author: Kelly00 时间: 2022-7-13 12:34

wzkchem5 发表于 2022-7-2 14:48
建议检查一下是不是加弥散过后SCF收敛到了另一个波函数。有时候体系有两个SCF波函数，当你改变理论级别以 ...

谢谢您解答~我在没加弥散时对八乙基卟啉镍结构进行优化，得到的结构波函数稳定。在这个稳定构型的基础上，加弥散重新优化，结构有较大变化，波函数也是稳定的。我看了一下两者的轨道图，占据轨道图形十分相似，部分轨道的相位相反，且总是连续两个都相反。从LUMO+4开始的空轨道的轨道图差别很大。我去学习了一下您说的交换轨道次序，对于交换轨道的选择还不太清楚。这里两者部分轨道相位正负相反跟交换轨道的选择有什么关系吗？

作者
Author: Kelly00 时间: 2022-7-13 12:35

sobereva 发表于 2022-7-3 03:49
一般来说6-311G**级别的基组，加不加弥散函数对这种体系不至于能对优化的结构产生明显影响。注意检查波函 ...

谢谢社长，我在没加弥散时对八乙基卟啉镍结构进行优化，得到的结构波函数稳定。在这个稳定构型的基础上，加弥散重新优化，结构有较大变化，波函数也是稳定的。我看了一下两者的轨道图，占据轨道图形十分相似，部分轨道的相位相反，且总是连续两个都相反。从LUMO+4开始的空轨道的轨道图差别很大。相位的正负和轨道图在这里有什么意义吗？另外您有没有什么建议~

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-13 14:45

Kelly00 发表于 2022-7-13 05:34
谢谢您解答~我在没加弥散时对八乙基卟啉镍结构进行优化，得到的结构波函数稳定。在这个稳定构型的基础上 ...

一个轨道的相位是随机的，没有任何物理意义，因为只有波函数的模平方才是可观测量。一般只有对于涉及不同轨道之间的加减运算的操作，轨道的相位才是有意义的，而且即便这样也只是不同轨道的相对相位有意义，绝对相位仍然是没有意义的，也就是如果把所有轨道的相位都反转一下，不会影响任何实验可观测量。轨道交换虽然涉及不止一个轨道，但是不涉及轨道之间的加减法，所以轨道相位对于判断应该交换哪些轨道没有任何意义。应该根据化学常识来判断应该交换哪些轨道。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-14 09:27

Kelly00 发表于 2022-7-13 12:35
谢谢社长，我在没加弥散时对八乙基卟啉镍结构进行优化，得到的结构波函数稳定。在这个稳定构型的基础上， ...

轨道图不说明什么
上传具体的带弥散和不带的输入输出文件才能判断

作者
Author: Kelly00 时间: 2022-7-20 16:54
本帖最后由 Kelly00 于 2022-7-20 16:57 编辑

sobereva 发表于 2022-7-14 09:27
轨道图不说明什么
上传具体的带弥散和不带的输入输出文件才能判断

社长，这是八乙基卟啉镍加/不加弥散的输入输出文件，我看的是1-41-2键角判断它相对平面的扭曲程度，两个结构相差4°左右，麻烦您看一下是优化中有问题，还是因为共轭程度太大或者什么原因呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: Kelly00 时间: 2022-7-20 16:55

wzkchem5 发表于 2022-7-13 14:45
一个轨道的相位是随机的，没有任何物理意义，因为只有波函数的模平方才是可观测量。一般只有对于涉及不同 ...

谢谢~下面我上传了八乙基卟啉镍加/不加弥散的输入输出文件，我主要看的是1-41-2键角判断它相对平面的扭曲程度，两个结构相差4°左右，可以麻烦您帮忙看一下两者结构优化有没有问题吗~ (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-21 10:20

Kelly00 发表于 2022-7-20 16:55
谢谢~下面我上传了八乙基卟啉镍加/不加弥散的输入输出文件，我主要看的是1-41-2键角判断它相对平面的扭曲 ...

对两个人都回复时，不要贴两遍。在一个人的帖子下面点回复，然后帖子里写上 @另一个人，另外一个人也会收到提醒

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-21 10:24

Kelly00 发表于 2022-7-20 16:54
社长，这是八乙基卟啉镍加/不加弥散的输入输出文件，我看的是1-41-2键角判断它相对平面的扭曲程度，两个 ...

这种程度的差异是很正常的
本身6-311G*基组不完备性高，而且这又涉及过渡金属，本身对基组敏感性高于主族原子

当前现象并不是体现需要弥散函数。而是说当你对这个角度要求高的时候，6-311G*显得过于不完备，因此哪怕加上对当前其实没必要加的弥散函数，也对结果引入了不可忽视的影响。要想得到绝对稳妥的结果，应当用更高质量基组，比如def2-TZVP，而不是加弥散。

作者
Author: chands 时间: 2022-7-21 10:26

sobereva 发表于 2022-7-21 10:20
对两个人都回复时，不要贴两遍。在一个人的帖子下面点回复，然后帖子里写上 @另一个人，另外一个人也会 ...

建议加到新社员必读。

作者
Author: XingXing09 时间: 2024-2-23 12:27

wuzhiyi 发表于 2019-9-16 19:46
社長：b3lyp又不加DFT-D3

请问对中性单分子使用b3lyp进行优化和单点计算时必须都要加D3校正嘛本人新手先前以为只需要在计算分子与其他体系作用时才加校正谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-2-23 17:08

XingXing09 发表于 2024-2-23 05:27
请问对中性单分子使用b3lyp进行优化和单点计算时必须都要加D3校正嘛本人新手先前以为只需要在计算分子 ...

除非分子极其小，否则一律需要（如果不知道你的分子算不算极其小，那就按不算处理）。原因是D3校正不仅描述分子间色散，也描述分子内色散。例如乙二醇的两个羟基之间的相互作用，也是得需要D3才能描述得比较准的，尽管整个体系只有一个分子。

作者
Author: XingXing09 时间: 2024-2-23 21:55

wzkchem5 发表于 2024-2-23 17:08
除非分子极其小，否则一律需要（如果不知道你的分子算不算极其小，那就按不算处理）。原因是D3校正不仅描 ...

感谢回复！目前在算的是电池电解质里的一些溶剂分子比如碳酸乙烯酯三氟碳酸丙烯酯这类的有机分子，在我理解来看应该不算极小分子吧，那就都加上D3算一遍再，应该没有害处。

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