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标题: 这样的反应过渡态对吗？ [打印本页]
作者
Author: ct_2015    时间: 2015-7-14 20:30
标题: 这样的反应过渡态对吗？
本帖最后由 ct_2015 于 2015-7-14 20:31 编辑

RT，我使用TS方法找了如下反应（氢负离子进攻C8碳原子）过渡态1ts2,使用gview查看虚频震动方向，氢原子在C20与C8之间来回摆动（如图ts2.png），不知道找到的TS对不对，谢谢？
作者
Author: sobereva    时间: 2015-7-15 03:23
凡是觉得光看过渡态和虚频方向难以确定过渡态是否正确的时候，就做IRC，如果IRC两端和期望的反应物和产物的结构能对上就说明找对了。
作者
Author: laoman    时间: 2015-7-15 08:47
sobereva 发表于 2015-7-15 03:23
凡是觉得光看过渡态和虚频方向难以确定过渡态是否正确的时候，就做IRC，如果IRC两端和期望的反应物和产物的 ...

大大三更半夜回帖应助，实在难能可贵~~
作者
Author: ct_2015    时间: 2015-7-15 10:12
sobereva 发表于 2015-7-15 03:23
凡是觉得光看过渡态和虚频方向难以确定过渡态是否正确的时候，就做IRC，如果IRC两端和期望的反应物和产物的 ...

谢谢sob老师的回复！我做过IRC了，可是没有运行完就终止了，会出现l202.exe错误。还有就是当那个氢负离子进攻20号碳原子（C20）时，得到的过渡态与1ts2过渡态相同，那是为什么呢？
作者
Author: sobereva    时间: 2015-7-15 11:38
看输出文件弄清楚因什么而终止。
光说lxxx出错没有意义。

初猜结构不合适或者参数不合适，导致收敛到了1ts2。
作者
Author: ct_2015    时间: 2015-7-15 20:16
本帖最后由 ct_2015 于 2015-7-15 20:19 编辑
sobereva 发表于 2015-7-15 11:38
看输出文件弄清楚因什么而终止。
光说lxxx出错没有意义。

会出现“Problem with the distance matrix.”，'l202.exe'错误或者出现“ The SCF is confused.”，l502.exe错误。

我用的irc命令是#p b3lyp/6-31g* irc=(maxpoints=50,rcfc,forward,internal) iop(2/16=1) iop(5/13=1) geom=check guess=check。

IRC输出文件的最后几行如下_firc：
   31  H    0.000000
    32  H    0.000000   0.000000
    33  H    0.000000   0.000000   0.000000
Small interatomic distances encountered:
     2    1

     3    1

     3    2

     4    1

     4    2

     4    3

     5    1

     5    2

     5    3

     5    4

     6    1

     6    2

     6    3

     6    4

     6    5

     7    1

     7    2

     7    3

     7    4

     7    5
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /home/rwshi/soft/g03/l202.exe at Mon Jun 29 05:54:31 2015.
Job cpu time:  0 days  5 hours 40 minutes 11.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    153 Int=      0 D2E=      0 Chk=     28 Scr=      2
                                                                                                 35419,2       Bot

IRC输出文件的最后几行如下_rirc： Cycle  39  Pass 1  IDiag  1:
Restarting incremental Fock formation.
E= -876.315347456347     Delta-E=       -0.000000004583 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 1.13D-06 at cycle  20 NSaved=   7.
NSaved= 7 IEnMin= 7 EnMin= -876.315347456347     IErMin= 1 ErrMin= 1.13D-06
ErrMax= 1.13D-06 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 1.04D-11 BMatP= 1.04D-11
IDIUse=1 WtCom= 1.00D+00 WtEn= 0.00D+00
Coeff-Com: -0.403D-02 0.661D+00 0.610D+01-0.363D+01-0.274D+01 0.264D+00
Coeff-Com:  0.361D+00
Coeff:     -0.403D-02 0.661D+00 0.610D+01-0.363D+01-0.274D+01 0.264D+00
Coeff:      0.361D+00
Gap=     0.041 Goal=   None    Shift=    0.000
RMSDP=4.84D-09 MaxDP=6.95D-07 DE=-4.58D-09 OVMax= 1.80D-06

Density matrix is not changing but DIIS error= 1.13D-06 CofLast= 3.61D-01.
The SCF is confused.
Error termination via Lnk1e in /home/rwshi/soft/g03/l502.exe at Wed Jul 15 04:57:58 2015.
Job cpu time:  0 days 15 hours 13 minutes 32.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    417 Int=      0 D2E=      0 Chk=     28 Scr=      2
"r2ts3B.log" 54053L, 3434043C                                          54053,2       Bot

问题困扰我好久了，sob老师帮我看看错在哪里，怎么解决问题呢？谢谢！


作者
Author: sobereva    时间: 2015-7-15 23:06
绝对不要用iop(5/13=1)！

iop(2/16=1)、IRC里的internal也无意义

应当写guess=read而非=check

改用g09

若还有问题检查IRC最后的结构，看看是否结构变得不合理了。
作者
Author: laoman    时间: 2015-7-16 09:47
看到大大的回复，我附上一个Gaussian iop的说明，如果之前有人发过就请斑竹删掉附件把
作者
Author: ct_2015    时间: 2015-7-16 10:32
laoman 发表于 2015-7-16 09:47
看到大大的回复，我附上一个Gaussian iop的说明，如果之前有人发过就请斑竹删掉附件把

谢谢热心的laoman
作者
Author: ct_2015    时间: 2015-7-16 11:00
sobereva 发表于 2015-7-15 23:06
绝对不要用iop(5/13=1)！

iop(2/16=1)、IRC里的internal也无意义

谢谢sob老师，我再试试！
作者
Author: ct_2015    时间: 2015-7-16 12:00
sobereva 发表于 2015-7-15 23:06
绝对不要用iop(5/13=1)！

iop(2/16=1)、IRC里的internal也无意义

按照sob老师的建议修改参数，改用g09计算，可是刚开始就出错了，如下：
Leave Link    1 at Thu Jul 16 11:20:48 2015, MaxMem=  786432000 cpu:       0.4
(Enter /home/yysheng/software/g09/l101.exe)
-----------------------------
Untitled I Draw Styles-f2ts3B
-----------------------------
Z-Matrix taken from the checkpoint file:
f2ts3B.chk
Illegal MolTyp in RwMol1.
Error termination via Lnk1e in /home/yysheng/software/g09/l101.exe at Thu Jul 16 11:20:49 2015.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     17 Int=      0 D2E=      0 Chk=     28 Scr=      2
"f2ts3B.log" 125L, 5259C                                                                                                                        125,2         Bot
读取检查点文件出错，检查点文件是之前用g03算的，请问我改用g09计算后，之前用g03计算的文件是不是都没用了呀？
作者
Author: sobereva    时间: 2015-7-16 12:32
显然g03和g09的chk不能兼容，修订版不一样一般都不能兼容，何况是大版本不同

直接在输入文件里写明坐标。
作者
Author: ct_2015    时间: 2015-7-16 14:29
sobereva 发表于 2015-7-16 12:32
显然g03和g09的chk不能兼容，修订版不一样一般都不能兼容，何况是大版本不同

直接在输入文件里写明坐标 ...

哦 ，明白了，谢谢！
作者
Author: laoman    时间: 2015-7-16 15:04
ct_2015 发表于 2015-7-16 10:32
谢谢热心的laoman

不用谢我，自己的课题只有靠自己，成天当伸手党是不对的。
作者
Author: ct_2015    时间: 2015-7-16 21:53
laoman 发表于 2015-7-16 15:04
不用谢我，自己的课题只有靠自己，成天当伸手党是不对的。

呵呵
作者
Author: ct_2015    时间: 2015-7-16 21:53
laoman 发表于 2015-7-16 15:04
不用谢我，自己的课题只有靠自己，成天当伸手党是不对的。

呵呵.....
作者
Author: ct_2015    时间: 2015-7-19 20:58
sobereva 发表于 2015-7-16 12:32
显然g03和g09的chk不能兼容，修订版不一样一般都不能兼容，何况是大版本不同

直接在输入文件里写明坐标 ...

sob老师，IRC计算出错了，我就不重新开贴了，情况输入文件和输出文件最后几行。
输入文件：
%chk=f2ts3C.chk
%mem=2000MB
%nprocshared=4
#p b3lyp/6-31g* irc=(maxpoints=50,maxcycle=100,rcfc,forward)

输出文件最后几行：
Number         992        993        994        995        996        997        998        999
Base       1179648     786432     131072     655360     393216     524288     262144    1703936
End        1179657     786632     131102     655380     393416     524956     262344    1806440
End1       1310720     917504     262144     786432     524288     655360     393216    1835008
Wr Pntr    1179648     786432     131072     655360     393216     524288     262144    1703936
Rd Pntr    1179657     786632     131102     655380     393416     524920     262344    1706440
Length           9        200         30         20        200        668        200     102504


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     1 SizExt =         0 WInBlk =    131072
                   defal = F LstWrd =      262144 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base        131072
End         262144
End1        262144
Wr Pntr     131072
Rd Pntr     131072
Length      131072


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =    131072
                   defal = T LstWrd =      262144 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base        131072
End         262144
End1        262144
Wr Pntr     131072
Rd Pntr     131072
Length      131072
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
"f2ts3C.log" 259L, 13274C   

我之前IRC里面没有“maxcycle=100”的没加之间也是同样的错误,请sob老师帮我看看是什么情况，谢谢！
作者
Author: sobereva    时间: 2015-7-20 04:22
ct_2015 发表于 2015-7-19 20:58
sob老师，IRC计算出错了，我就不重新开贴了，情况输入文件和输出文件最后几行。
输入文件：
%chk=f2ts3 ...

没必要写maxcycle=100。

从这种出错上没法判断是什么原因，得看更前头。
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-7-21 01:15
ct_2015 发表于 2015-7-16 12:00
按照sob老师的建议修改参数，改用g09计算，可是刚开始就出错了，如下：
Leave Link    1 at Thu Jul 16  ...

用GV提出结构来算吧
作者
Author: ct_2015    时间: 2015-7-21 09:15
liyuanhe211 发表于 2015-7-21 01:15
用GV提出结构来算吧

谢谢，，恩恩，，我已经这么干了
作者
Author: ct_2015    时间: 2015-7-21 09:23
本帖最后由 ct_2015 于 2015-7-21 09:31 编辑
sobereva 发表于 2015-7-20 04:22
没必要写maxcycle=100。

从这种出错上没法判断是什么原因，得看更前头。

没加maxcycle之间也是同样的错误，没必要就不加了。我把整个log文件内容都复制过来了，麻烦Sob老师看看，谢谢啦！ps：我的结构是从g03计算的过渡态的结果提取出来的，然后用的g9计算的。当计算irc=reverse时，可以正常结束，不知为嘛当irc=forward时就出错了。
******************************************
Gaussian 09:  EM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
                20-Jul-2015
******************************************
%chk=f2ts3C.chk
%mem=2000MB
%nprocshared=4
Will use up to    4 processors via shared memory.
------------------------------------------------------------
#p b3lyp/6-31g* irc=(maxpoints=50,maxcycle=100,rcfc,forward)
------------------------------------------------------------
1/6=100,10=5,14=-1,18=10,22=1,26=3,38=1,42=50,44=3/1,23;
2/12=2,17=6,18=5,29=1,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=2,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
10/6=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7/10=1,25=1/1,2,3,16;
1/6=100,14=-1,18=10,22=1,42=50,44=3/23(3);
2/29=1/2;
7/9=1,25=1,44=-1/16;
99/5=20/99;
2/29=1/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=2,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
10/6=1/2;
7/10=1,25=1/1,2,3,16;
1/6=100,14=-1,18=10,22=1,42=50,44=3/23(-8);
2/29=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
7/9=1,25=1,44=-1/16;
99/5=20,9=1/99;
Leave Link    1 at Mon Jul 20 05:05:43 2015, MaxMem=  262144000 cpu:       0.3
(Enter /home/yysheng/software/g09/l101.exe)
---------------------------------
Untitled I Draw Styles-f2ts3C.chk
---------------------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
C                     5.20977   0.43501  -0.14562
C                     5.00761  -0.94716  -0.19073
C                     3.73715  -1.49426  -0.12458
C                     2.67258  -0.61242  -0.01431
C                     2.86256   0.76619   0.0524
C                     4.13675   1.30092  -0.02319
N                     1.29009  -0.87896   0.05561
C                     0.61955   0.31612   0.15973
C                     1.54167   1.44246   0.17119
C                     0.63557  -2.10257   0.10463
C                    -0.70812  -2.15793   0.11504
C                    -1.45735  -0.9321    0.07669
C                    -0.78792   0.26595   0.09278
O                     1.24535   2.66322  -0.05491
C                    -2.86027  -0.60227   0.00409
C                    -2.94108   0.80504  -0.01763
N                    -1.66364   1.31676   0.03949
C                    -4.0339   -1.36104  -0.0462
C                    -5.2449   -0.71092  -0.11563
C                    -5.30651   0.69373  -0.13775
C                    -4.16739   1.46567  -0.08991
H                     6.20724   0.82328  -0.20856
H                     5.85354  -1.5999   -0.28517
H                     3.59611  -2.55568  -0.16908
H                     4.27125   2.36357   0.01068
H                     1.25932  -2.96896   0.1197
H                    -1.20204  -3.10696   0.14343
H                    -1.37617   2.26716  -0.00196
H                    -3.99255  -2.4335   -0.03142
H                    -6.15535  -1.27634  -0.15442
H                    -6.2646    1.17332  -0.19326
H                    -4.21957   2.53658  -0.10726
H                     1.18024   0.98462   1.42498

NAtoms=     33 NQM=     33 NQMF=      0 NMic=      0 NMicF=      0 NTot=     33.
                    Isotopes and Nuclear Properties:
(Nuclear quadrupole moments (NQMom) in fm**2, nuclear magnetic moments (NMagM)
  in nuclear magnetons)

  Atom         1           2           3           4           5           6           7           8           9          10
IAtWgt=          12          12          12          12          12          12          14          12          12          12
AtmWgt=  12.0000000  12.0000000  12.0000000  12.0000000  12.0000000  12.0000000  14.0030740  12.0000000  12.0000000  12.0000000
NucSpn=           0           0           0           0           0           0           2           0           0           0
AtZEff=   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000
NQMom=    0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   2.0440000   0.0000000   0.0000000   0.0000000
NMagM=    0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.4037610   0.0000000   0.0000000   0.0000000

  Atom        11          12          13          14          15          16          17          18          19          20
IAtWgt=          12          12          12          16          12          12          14          12          12          12
AtmWgt=  12.0000000  12.0000000  12.0000000  15.9949146  12.0000000  12.0000000  14.0030740  12.0000000  12.0000000  12.0000000
NucSpn=           0           0           0           0           0           0           2           0           0           0
AtZEff=   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000
NQMom=    0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   2.0440000   0.0000000   0.0000000   0.0000000
NMagM=    0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.4037610   0.0000000   0.0000000   0.0000000

  Atom        21          22          23          24          25          26          27          28          29          30
IAtWgt=          12           1           1           1           1           1           1           1           1           1
AtmWgt=  12.0000000   1.0078250   1.0078250   1.0078250   1.0078250   1.0078250   1.0078250   1.0078250   1.0078250   1.0078250
NucSpn=           0           1           1           1           1           1           1           1           1           1
AtZEff=   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000
NQMom=    0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000
NMagM=    0.0000000   2.7928460   2.7928460   2.7928460   2.7928460   2.7928460   2.7928460   2.7928460   2.7928460   2.7928460

  Atom        31          32          33
IAtWgt=           1           1           1
AtmWgt=   1.0078250   1.0078250   1.0078250
NucSpn=           1           1           1
AtZEff=   0.0000000   0.0000000   0.0000000
NQMom=    0.0000000   0.0000000   0.0000000
NMagM=    2.7928460   2.7928460   2.7928460
Leave Link  101 at Mon Jul 20 05:05:43 2015, MaxMem=  262144000 cpu:       0.7
(Enter /home/yysheng/software/g09/l123.exe)
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC
------------------------------------------------------------------------
INPUT DATA FOR L123
------------------------------------------------------------------------
GENERAL PARAMETERS:
Rxn path following direction = Forward
Maximum points per path      =  50
Step size                    =   0.100 bohr
Integration scheme           = HPC
    Redo corrector integration= Yes
    Max correction cycles     = 100
Initial Hessian              = ReadFC from chk
Hessian eveluation           = All updating
    Hessian updating method   = Bofill
------------------------------------------------------------------------
          ******** Start new reaction path calculation ********
RCFC Option Requested - Data Read From Chk File:
f2ts3C.chk
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20501 Len=           1 IPos=          42 Q=         59725096


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    16 SizExt =    524288 WInBlk =    131072
                   defal = T LstWrd =     2228224 FType=2 FMxFil=10000

Number         501        502        503        507        598        674        989        991
Base        917504    1441792    1835008    1966080    1572864    2097152    1048576    1310720
End         918504    1445897    1835240    1966518    1572866    2097481    1068576    1317282
End1       1048576    1572864    1966080    2097152    1703936    2228224    1179648    1441792
Wr Pntr     917504    1441792    1835008    1966080    1572864    2097152    1048576    1310720
Rd Pntr     917504    1441792    1835008    1966080    1572864    2097152    1048576    1317282
Length        1000       4105        232        438          2        329      20000       6562

Number         992        993        994        995        996        997        998        999
Base       1179648     786432     131072     655360     393216     524288     262144    1703936
End        1179657     786632     131102     655380     393416     524956     262344    1806440
End1       1310720     917504     262144     786432     524288     655360     393216    1835008
Wr Pntr    1179648     786432     131072     655360     393216     524288     262144    1703936
Rd Pntr    1179657     786632     131102     655380     393416     524920     262344    1706440
Length           9        200         30         20        200        668        200     102504


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     1 SizExt =         0 WInBlk =    131072
                   defal = F LstWrd =      262144 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base        131072
End         262144
End1        262144
Wr Pntr     131072
Rd Pntr     131072
Length      131072


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =    131072
                   defal = T LstWrd =      262144 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base        131072
End         262144
End1        262144
Wr Pntr     131072
Rd Pntr     131072
Length      131072
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
作者
Author: sobereva    时间: 2015-7-21 09:59
ct_2015 发表于 2015-7-21 09:23
没加maxcycle之间也是同样的错误，没必要就不加了。我把整个log文件内容都复制过来了，麻烦Sob老师看看， ...

别写rcfc
出错提示中明显说明当程序从chk中读取Hessian的时候却没找到。
直接写calcfc让程序精确算初始Hessian
作者
Author: ct_2015    时间: 2015-7-23 11:19
sobereva 发表于 2015-7-21 09:59
别写rcfc
出错提示中明显说明当程序从chk中读取Hessian的时候却没找到。
直接写calcfc让程序精确算初始 ...

谢谢Sob老师，问题解决了。
作者
Author: 小书童    时间: 2015-8-5 18:58
学习了
作者
Author: fankui1990129    时间: 2015-8-11 23:47
sobereva 发表于 2015-7-15 03:23
凡是觉得光看过渡态和虚频方向难以确定过渡态是否正确的时候，就做IRC，如果IRC两端和期望的反应物和产物的 ...

请问sob老师，如果是一个公认的过渡态，我用TS找到后还要做IRC么？
作者
Author: sobereva    时间: 2015-8-12 20:17
fankui1990129 发表于 2015-8-11 23:47
请问sob老师，如果是一个公认的过渡态，我用TS找到后还要做IRC么？

起码还是做振动分析看是否只有一个虚频，以及虚频方向，如果看上去对，IRC可以不做
作者
Author: fankui1990129    时间: 2015-8-12 20:28
本帖最后由 fankui1990129 于 2015-8-12 21:08 编辑
sobereva 发表于 2015-8-12 20:17
起码还是做振动分析看是否只有一个虚频，以及虚频方向，如果看上去对，IRC可以不做

是否只有一个虚频我会看，虚频方向是不是可以通过Gview等观看键的运动方向呢？如果不对，是不是只有重新调整结构再计算呢？
作者
Author: sobereva    时间: 2015-8-15 02:39
fankui1990129 发表于 2015-8-12 20:28
是否只有一个虚频我会看，虚频方向是不是可以通过Gview等观看键的运动方向呢？如果不对，是不是只有重新 ...

就是gview播放虚频动画，看原子运动方向是否可以近似连通反应物和产物。如果一看就不对，那说明过渡态没找对。



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