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标题: 求助：磷酸根（PO4 3-）或钒酸盐离子（VO4 3-）的小分子参数（frcmod)文件 [打印本页]

作者
Author: zkzk 时间: 2019-9-18 11:22
标题: 求助：磷酸根（PO4 3-）或钒酸盐离子（VO4 3-）的小分子参数（frcmod)文件
求助：磷酸根（PO4 3-）或钒酸盐离子（VO4 3-）的小分子参数（frcmod)文件或者怎么改写frcmod参数文件，frcmod参数文件的说明。
下面是ADP的frcmod参数文件，其中每一行的代表什么，有什么含义？
#  Modifications to the AMBER94 force field for polyphosphates
MASS
CT 12.01
OS 16.00
P  30.97
H1 1.008
O2 16.00
O3 16.00

BOND
CT-H1 340.000 1.090       from amber98
CT-OS 320.000 1.410
OS-P 230.000 1.61000
O2-P 525.000 1.480
O3-P 525.000 1.480       by analogy to O2

ANGLE
H1-CT-OS 50.000    109.500
H1-CT-H1 35.000    109.500
CT-OS-P 100.000    120.500
O2-P -O2  140.000    119.900
O3-P -O3  140.000    119.90    by analogy to O2
OS-P -O2  100.000    108.230
OS-P -O3  100.000    108.23    by analogy to O2
OS-P -OS 45.000    102.600
P -OS-P 12.685    150.000 J Comp Chem 2003, 24, 1016-1025

DIHE
H1-CT-OS-P 3    0.105    000.000    3.000       J Comp Chem 2003, 24, 1016-1025
O2-P -OS-CT 2    1.179    000.000    -3.000       J Comp Chem 2003, 24, 1016-1025
O2-P -OS-CT 2    -0.812    000.000    2.000       J Comp Chem 2003, 24, 1016-1025
CT-OS-P -OS 1    -1.560    0.0       1.0          J Comp Chem 2003, 24, 1016-1025
O2-P -OS-P 2    -0.709    0.0       2.0          J Comp Chem 2003, 24, 1016-1025
O3-P -OS-P 3    -0.255    0.0       3.0          J Comp Chem 2003, 24, 1016-1025
P -OS-P -OS 1    0.897    0.00       1.0          J Comp Chem 2003, 24, 1016-1025

NONBON
  H1       1.3870  0.0157          Veenstra et al JCC,8,(1992),963
  O2       1.6612  0.2100          OPLS
  O3       1.6612  0.2100          OPLS - by analogy to O2
  CT       1.9080  0.1094          Spellmeyer
  P          2.1000  0.2000          JCC,7,(1986),230;
  OS       1.6837  0.1700          OPLS ether

在此，感谢大家帮忙！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-18 18:02
frcmod的格式说明：http://ambermd.org/FileFormats.php#frcmod

作者
Author: zkzk 时间: 2019-9-24 11:24
谢谢，sob老师

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