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标题: 高斯输入文件中的geom=connectivity有什么用? [打印本页]

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暖玉生烟    时间: 2015-7-14 20:42
标题: 高斯输入文件中的geom=connectivity有什么用?
最近优化同一个物质,因为之前一直把geom=connectivity和最后的那些数字都删掉了    也没在意     今天偶然听说geom=connectivity可以不删,所以就保留了geom=connectivity和最后的数字,但是输出文件相差好多,尤其是偶极矩、HOMO、LUMO及一些元素的电荷相差的实在是不能忽略。 (, 下载次数 Times of downloads: 70) 看了一下,两个都收敛,个人想知道那种计算是比较官方的,或者说更准确的?计算化学界的沫沫,在此恳求大神帮帮忙感激不尽!!拜托~~~

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暖玉生烟    时间: 2015-7-14 20:43
图片1是删掉geom=connectivity的结果,图片2是未删掉geom=connectivity的结果
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小范范1989    时间: 2015-7-14 21:56
当时一个实行和我说的,不一定对,你看看
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sobereva    时间: 2015-7-14 23:32
连接关系的设定原理上并不会影响量化的计算结果。geom=connectivity留不留它都一样。仅对于分子力学计算连接关系是必须的。
即便输入文件相同,跑两次结果也可能不同。应该先对比最后得到的结构、能量相差多少。可能只是因为数值巧合收敛到了不同极小点上。
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sobereva    时间: 2015-7-14 23:37
小范范1989 发表于 2015-7-14 21:56
当时一个实行和我说的,不一定对,你看看

写了geom=connectivity就会从输入文件末尾读取连接关系,所以末尾那一堆连接关系不能删,否则必报错。

没写geom=connectivity时末尾的连接关系可保留也可以不保留,保留了也不会被读取。但是,如果你的计算任务牵扯到从末尾读取其它额外信息,比如基组信息、溶剂设定、输出的wfn文件路径等等,就必须把连接关系删掉,否则那些设定将没法正常读取。
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暖玉生烟    时间: 2015-7-15 08:20
小范范1989 发表于 2015-7-14 21:56
当时一个实行和我说的,不一定对,你看看

我是全删了
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暖玉生烟    时间: 2015-7-15 08:24
sobereva 发表于 2015-7-14 23:32
连接关系的设定原理上并不会影响量化的计算结果。geom=connectivity留不留它都一样。仅对于分子力学计算连 ...

能量相差很少,那我计算到底保留不保留geom呢
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vegetable    时间: 2015-7-15 10:46
我记得我试过删除和未删除两种,优化出来的构型还是会有所不同,直接体现在后续激发态计算和优化激发态计算上有一定的差距,虽然差距不是很大,如sob所说可能收敛到了两个不同的能量最小点,应该问题不大,不过我都是不保留的
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暖玉生烟    时间: 2015-7-15 11:47
vegetable 发表于 2015-7-15 10:46
我记得我试过删除和未删除两种,优化出来的构型还是会有所不同,直接体现在后续激发态计算和优化激发态计算 ...

我之前一直不保留,后来被告知可以保留,感觉每次都删好麻烦,这次又都保留了
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小范范1989    时间: 2015-7-15 18:56
sobereva 发表于 2015-7-14 23:37
写了geom=connectivity就会从输入文件末尾读取连接关系,所以末尾那一堆连接关系不能删,否则必报错。

...

嗯,明白了,谢谢sob老师的指点
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小范范1989    时间: 2015-7-15 18:57
暖玉生烟 发表于 2015-7-15 08:20
我是全删了

我看你的名字是:暖玉生烟,哈哈。我舍友他女朋友叫玉暖,哈哈哈
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暖玉生烟    时间: 2015-7-15 20:07
小范范1989 发表于 2015-7-15 18:57
我看你的名字是:暖玉生烟,哈哈。我舍友他女朋友叫玉暖,哈哈哈

我的意义不在他女朋友
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暖玉生烟    时间: 2015-7-15 20:09
vegetable 发表于 2015-7-15 10:46
我记得我试过删除和未删除两种,优化出来的构型还是会有所不同,直接体现在后续激发态计算和优化激发态计算 ...

一般情况下,我说一般哈,加和不加geom哪个的优化结果更可靠一点点
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sobereva    时间: 2015-7-15 23:03
暖玉生烟 发表于 2015-7-15 20:09
一般情况下,我说一般哈,加和不加geom哪个的优化结果更可靠一点点

没有可靠或者不可靠之说,都一样,不影响结果
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暖玉生烟    时间: 2015-7-16 17:52
sobereva 发表于 2015-7-15 23:03
没有可靠或者不可靠之说,都一样,不影响结果

可是我用两种计算得出的结果,就最终能量一样,其他的好多参数都是不一样的现在不知道选哪个好一点
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sobereva    时间: 2015-7-16 18:01
暖玉生烟 发表于 2015-7-16 17:52
可是我用两种计算得出的结果,就最终能量一样,其他的好多参数都是不一样的现在不知道选哪个好一点{: ...

你应当仔细比较输出文件,看到底什么因素造成了不同。

其它参数不一样则能量也一定不一样,比如不可能结构不同而恰好能量一样。
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暖玉生烟    时间: 2015-7-16 18:12
sobereva 发表于 2015-7-16 18:01
你应当仔细比较输出文件,看到底什么因素造成了不同。

其它参数不一样则能量也一定不一样,比如不可能 ...

能量就是一样,偶极矩,HOMO,LUMO都相差很大,其实我不知道怎么看问题出在哪里,以前计算完我只是把里面我要的参数数据提取出来我以为加和不加geom会有一个优化更细致一点,所以想选一个更优化的方法。
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sobereva    时间: 2015-7-17 03:01
暖玉生烟 发表于 2015-7-16 18:12
能量就是一样,偶极矩,HOMO,LUMO都相差很大,其实我不知道怎么看问题出在哪里,以前计算完我只是把里面 ...


这么说不清楚。
输入输出文件压缩后传上来。
偶极矩都不一样总能量绝对不可能一样(除非你比较了偶极矩的分量,这和朝向有关),肯定是数值读取得不合理。

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暖玉生烟    时间: 2015-7-17 09:21
sobereva 发表于 2015-7-17 03:01
这么说不清楚。
输入输出文件压缩后传上来。
偶极矩都不一样总能量绝对不可能一样(除非你比较了偶极 ...

删除geom和未删除geom的输入和输出文件都传上去了,麻烦了sob老师~~谢谢!

作者
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sobereva    时间: 2015-7-17 09:55
暖玉生烟 发表于 2015-7-17 09:21
删除geom和未删除geom的输入和输出文件都传上去了,麻烦了sob老师~~谢谢!

基组一个6-31+G**,一个6-31G**,当然结果不同
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暖玉生烟    时间: 2015-7-17 11:27
sobereva 发表于 2015-7-17 09:55
基组一个6-31+G**,一个6-31G**,当然结果不同

当时选的时候都选那个+号了,没发现一个没选中,原来问题在这,我知道了,终于可以开始计算了谢谢sob老师
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liyuanhe211    时间: 2015-8-6 14:30
sobereva 发表于 2015-7-17 09:55
基组一个6-31+G**,一个6-31G**,当然结果不同

这。。。我还专门去试了一下发现就是一样的,简直了~~
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yangyinuo823    时间: 2016-12-30 12:26
本帖最后由 yangyinuo823 于 2016-12-30 12:30 编辑
sobereva 发表于 2015-7-14 23:37
写了geom=connectivity就会从输入文件末尾读取连接关系,所以末尾那一堆连接关系不能删,否则必报错。

...

sob你好,我算的时候保留了geom=connectivity, 后面的数字也没删,但是数字后面有混合基组的信息,请问这样会影响计算结果吗?我一直都是这么算的所以有些担心,谢谢!
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Author:
yangyinuo823    时间: 2016-12-30 12:29
yangyinuo823 发表于 2016-12-30 12:26
sob你好,我算的时候保留了geom=connectivity, 后面的坐标也没删,但是坐标后面有混合基组的信息,请问这 ...

抱歉写错了,不是坐标,坐标后面的数字没删,数字后面有混合基组的信息
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sobereva    时间: 2016-12-30 12:52
yangyinuo823 发表于 2016-12-30 12:29
抱歉写错了,不是坐标,坐标后面的数字没删,数字后面有混合基组的信息

那一串叫连接关系
对于使用了gen的情况,连接关系和geom=connectivity要么都有要么都没有
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yangyinuo823    时间: 2017-1-6 10:30
谢谢sob!




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