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标题: MD 新手关于gromacs的核数问题 [打印本页]

作者
Author: 不是兔纸不是猫 时间: 2019-9-18 16:31
标题: MD 新手关于gromacs的核数问题
目前是在自己的workstation跑MD simulation，后续要拿到超算上做，然后现在超算那边问跑一个轨迹需要多少计时，原话是“how many core hours will be spent by a single trajectory of 10ns in your system”，请问该如何估算，是用workstation上CPU的核数*我花的时间么？我看了一下我的脚本，只有类似“gmx_mpi mdrun -deffnm npt”,并没有具体用了多少核，所以这是自动用了我workstation的全部cpu核数么？新手小白感激不尽

作者
Author: 不是兔纸不是猫 时间: 2019-9-18 16:33
新手估计问了很白痴的问题，还请大家多多见谅，自学不容易啊

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-18 18:12
拿自己机子跑一下轨迹，mdrun的时候带着-v，屏幕上会提示估计的完成时间。跑个比如一分钟，看看距离完成总共得花多少时间。

如果你的超算纯粹是CPU跑的，而且架构和你的CPU相差不是特别大，把超算的“频率*核数”除以你自己机子的“频率*核数”，再用在你机子上预估的完成所需要的时间除以这个值，就是超算上完成大概花的时间（这样估计的耗时误差可能会有一倍的误差）

mdrun默认用所有逻辑核心进行计算，自行指定的话加上-nt [核数]

作者
Author: 不是兔纸不是猫 时间: 2019-9-18 19:06

sobereva 发表于 2019-9-18 18:12
拿自己机子跑一下轨迹，mdrun的时候带着-v，屏幕上会提示估计的完成时间。跑个比如一分钟，看看距离完成总 ...

感谢老师，解释的非常明白了！

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