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标题: 使用GMX进行蛋白多肽结合的动力学模拟，RMSD图跳动很大是什么原因？ [打印本页]

作者
Author: hddonghao 时间: 2019-9-19 10:47
标题: 使用GMX进行蛋白多肽结合的动力学模拟，RMSD图跳动很大是什么原因？
本人使用ZDOCK进行了多肽和蛋白的对接，然后使用GMX对对接结果进行优化，使用的是GROMOS96 43a1力场，SPC水模型，最后进行成品MD 100ns，将结果进行分析时，发现RMSD跳动特别大，如图所示，请问这是什么原因呢？
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作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-19 15:26
看看是否模拟过程中由于体系跨越盒子边界导致蛋白坐标突变
记得算RMSD之前要先做align

作者
Author: hddonghao 时间: 2019-9-19 18:48

sobereva 发表于 2019-9-19 15:26
看看是否模拟过程中由于体系跨越盒子边界导致蛋白坐标突变
记得算RMSD之前要先做align

谢谢社长，新手一个，没做align，我先去学学如何做align

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