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标题: 无法安装phono3py [打印本页]

作者
Author: lei234 时间: 2019-9-20 01:18
标题: 无法安装phono3py
想用setup.py安装phono3py, 按照该网址（https://atztogo.github.io/phono3 ... ding-using-setup-py）给出的步骤，出现以下错误提示。已经安装过phonopy，也是用的setup.py。可以正常使用，再安装phono3py就出现这个问题了，不知道是不是因为安装了phonopy，我想计算拉曼，phonopy和phono3py都要用。它提示gcc failed with exist status, 意思是之前的gcc不对吗？我看我的gcc版本是4.4.7，是版本问题吗？哪位大神帮我解答一下，十分感谢！！
输入 python setup.py install ~user 的时候出现以下问题：
distutils is used.
/home/zhaolei/phonopy/anaconda2/lib/python2.7/distutils/dist.py:267: UserWarning: Unknown distribution option: 'test_suite'
  warnings.warn(msg)
/home/zhaolei/phonopy/anaconda2/lib/python2.7/distutils/dist.py:267: UserWarning: Unknown distribution option: 'tests_require'
  warnings.warn(msg)
running install
running build
running build_py
running build_ext
building 'phono3py._lapackepy' extension
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -Ic/harmonic_h -I/home/zhaolei/phonopy/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/home/zhaolei/phonopy/anaconda2/include/python2.7 -c c/_lapackepy.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/c/_lapackepy.o -fopenmp
In file included from /home/zhaolei/phonopy/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarraytypes.h:1777,
               from /home/zhaolei/phonopy/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarrayobject.h:18,
               from /home/zhaolei/phonopy/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/arrayobject.h:4,
               from c/_lapackepy.c:38:
/home/zhaolei/phonopy/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/npy_1_7_deprecated_api.h:15:2: warning: #warning "Using deprecated NumPy API, disable it by " "#defining NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION"
In file included from c/_lapackepy.c:39:
c/harmonic_h/lapack_wrapper.h:45:21: error: lapacke.h: No such file or directory
In file included from c/_lapackepy.c:39:
c/harmonic_h/lapack_wrapper.h:49: error: expected declaration specifiers or '...' before 'lapack_complex_double'
In file included from c/_lapackepy.c:40:
c/harmonic_h/phonon.h:43: error: expected declaration specifiers or '...' before 'lapack_complex_double'
c/harmonic_h/phonon.h:67: error: expected declaration specifiers or '...' before 'lapack_complex_double'
In file included from c/_lapackepy.c:41:
c/harmonic_h/phonoc_array.h:57: error: expected specifier-qualifier-list before 'lapack_complex_double'
c/_lapackepy.c: In function 'py_phonopy_zheev':
c/_lapackepy.c:137: error: 'lapack_complex_double' undeclared (first use in this function)
c/_lapackepy.c:137: error: (Each undeclared identifier is reported only once
c/_lapackepy.c:137: error: for each function it appears in.)
c/_lapackepy.c:137: error: 'a' undeclared (first use in this function)
c/_lapackepy.c:150: error: expected expression before ')' token
c/_lapackepy.c:153: warning: implicit declaration of function 'lapack_make_complex_double'
c/_lapackepy.c:156: error: too many arguments to function 'phonopy_zheev'
c/_lapackepy.c:159: warning: implicit declaration of function 'lapack_complex_double_real'
c/_lapackepy.c:160: warning: implicit declaration of function 'lapack_complex_double_imag'
error: command 'gcc' failed with exit status 1

作者
Author: brad_ling 时间: 2020-5-16 21:36
请问你这个问题解决了吗？我也碰到同样的问题了

作者
Author: lei234 时间: 2020-6-23 07:13

brad_ling 发表于 2020-5-16 21:36
请问你这个问题解决了吗？我也碰到同样的问题了

没有，建议你在Ubuntu系统上装，我是在组里服务器上装的，没成功。

作者
Author: abin 时间: 2020-6-23 10:42
确保你的机器能访问互联网，
确保你的机器conda安装正常。
然后运行。
conda install -c atztogo phono3py

如果采用源码编译的方式，请确保所依赖性的东西都安装配置完毕。

作者
Author: abdoman 时间: 2020-6-23 12:41
lapacke.h: No such file or directory
是不是缺少lapack 软件包？

作者
Author: 本地磁盘 时间: 2020-10-24 11:01
本帖最后由本地磁盘于 2020-10-24 11:50 编辑

abin 发表于 2020-6-23 10:42
确保你的机器能访问互联网，
确保你的机器conda安装正常。
然后运行。

您好
请问POSCAR-unitcell是什么文件，就是POSCAR文件吗
还有提示“cutoff-pain=6” was not found怎么解决
谢谢

作者
Author: abin 时间: 2020-10-24 12:48

本地磁盘发表于 2020-10-24 11:01
您好
请问POSCAR-unitcell是什么文件，就是POSCAR文件吗
还有提示“cutoff-pain=6” was not found怎么 ...

软件如何使用，看手册或者问软件作者。

作者
Author: GEEK 时间: 2021-10-25 09:41
重新编译一下lapack，在编译过程中把打开lapacke开关打开就可以编译出来lapacke.h，编译后配置好环境变量，inclede文件夹也需要配置

作者
Author: 乐平 时间: 2023-7-23 21:47
本帖最后由乐平于 2023-7-23 22:22 编辑

建议安装 anaconda3，然后设置虚拟环境

conda create -n XXXX python=3.10

复制代码

这里的 XXXX 是你自己给的名字，自己认识就好。

然后激活虚拟环境。

conda activate XXXX

复制代码

在虚拟环境中安装 phonopy 和 phono3py

conda install -c conda-forge phonopy phono3py

复制代码

这样就可以了，conda会自动帮你配齐需要的其他 python 包。
后续需要用的时候先激活你自己建立的 XXXX 虚拟环境就能用 phono3py 和 phonopy。

退出虚拟环境只需要输入

conda deactivate

复制代码

当然，如果懒得设置虚拟环境，也可以直接

conda install -c conda-forge phonopy phono3py

复制代码

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