计算化学公社

标题: 求助：怎么计算轨迹每一帧的碱基堆积相互作用？ [打印本页]

作者
Author: 16aDream 时间: 2019-9-20 19:26
标题: 求助：怎么计算轨迹每一帧的碱基堆积相互作用？
如题，用RDG貌似只能计算一个稳定结构的弱相互作用，一段DNA在一段轨迹中，两个堆积的碱基不会一直处于稳定状态，这种情况下，怎么获得每一个时刻的堆积相互作用？

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-9-20 21:07
如果这轨迹是用MD生成的话一般力场都已pipi堆积描述的很差

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-20 23:14
在gromacs里可以把两个碱基定义为两个能量组，考察它们之间范德华作用
PS：至于单一时刻，可以直接用Multiwfn的EDA-FF能量分解（http://sobereva.com/442）

作者
Author: 16aDream 时间: 2019-9-21 09:44

sobereva 发表于 2019-9-20 23:14
在gromacs里可以把两个碱基定义为两个能量组，考察它们之间范德华作用
PS：至于单一时刻，可以直接用Multi ...

通过gmx计算两个组的范德华相互作用再加上两个组的静电相互作用可以近似认为是pipi堆积作用吗，这种方法算静电相互作用是不是不准？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-23 07:56

16aDream 发表于 2019-9-21 09:44
通过gmx计算两个组的范德华相互作用再加上两个组的静电相互作用可以近似认为是pipi堆积作用吗，这种方法 ...

pi-pi堆积本质是色散作用，色散作用是范德华作用里面的1/r^6部分，跟静电作用毫无关系。作用本质在此文说了
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）

作者
Author: 16aDream 时间: 2019-9-23 16:36

sobereva 发表于 2019-9-23 07:56
pi-pi堆积本质是色散作用，色散作用是范德华作用里面的1/r^6部分，跟静电作用毫无关系。作用本质在此文说 ...

谢谢老师，还有一个问题，我想扫描一下碱基平面打开过程氢键和堆积作用破坏过程的能量变化，那么用哪种方法比较推荐？1.MOPAC的PM6-D3H4 2.orca的半经验 3.gen-xtb 这三种都得从头学所以想找一个最好上手的

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-23 18:27

16aDream 发表于 2019-9-23 16:36
谢谢老师，还有一个问题，我想扫描一下碱基平面打开过程氢键和堆积作用破坏过程的能量变化，那么用哪种方 ...

看体系大小、要求的精度
ORCA支持的半经验算这个能用的一个都没有
gen-xtb没听说过这东西
PM6-D3H4一般可以给出定性正确的结果，别指望精度有多高

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