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标题: 算不同浓度的氯化钙溶液中水的SDF时，同样的步骤为什么等值面值有的是负的有的是正？ [打印本页]

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Author: wgg1181543722 时间: 2019-9-20 23:21
标题: 算不同浓度的氯化钙溶液中水的SDF时，同样的步骤为什么等值面值有的是负的有的是正？
详细步骤：先建盒子                         gmx solvate -box 4 4 4 -o waterbox.gro提供离子替换需要的.tpr gmx grompp -f em.mdp -c waterbox.gro -p topol.top -o em.tpr
离子替换（1mol/L）       gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o CaCl.gro -pname CA -np 20 -nname CL -nn 40
能量极小化                   gmx grompp -f em.mdp -c CaCl.gro -p topol.top -o em.tpr
                                    gmx mdrun -v -deffnm em -nt 7 -pin on
平衡相MD                      gmx grompp -f eq.mdp -c em.gro -p topol.top -o eq.tpr
                                    gmx mdrun -v -deffnm eq -nt 7 -pin on
固定一个中心水分子分子 gmx make_ndx -f eq.gro
产生相MD                      gmx grompp -f prod.mdp -c eq.gro -t eq.cpt -p topol.top -o prod.tpr -n index.ndx
                                    gmx mdrun -v -deffnm prod -nt 7 -pin on
修正轨迹          gmx trjconv -f prod.xtc -s prod.tpr -pbc mol -o prod_trj.xtc
SDF                               gmx make_ndx -f prod.gro -n index.ndx
                                    gmx spatial ゝ prod_trj.xtc -s prod.tpr -bin 0.02 -n index.ndx

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Author: sobereva 时间: 2019-9-20 23:39
sdf从定义上就不可能是负的
“等值面值有的是负的有的是正”意义不明，等值面数值是你在可视化程序里自己设的

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Author: wgg1181543722 时间: 2019-9-23 08:38

sobereva 发表于 2019-9-20 23:39
sdf从定义上就不可能是负的
“等值面值有的是负的有的是正”意义不明，等值面数值是你在可视化程序里自己 ...

老师，就是isovalue的值是负的

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Author: sobereva 时间: 2019-9-25 03:19
没细节没法说，你可以尝试用VMD来计算sdf，或者用最近发布的另一个来计算http://bbs.keinsci.com/thread-14616-1-1.html

作者
Author: 曹波波 时间: 2019-9-25 11:04

sobereva 发表于 2019-9-20 23:39
sdf从定义上就不可能是负的
“等值面值有的是负的有的是正”意义不明，等值面数值是你在可视化程序里自己 ...

老师，我也遇到了，发帖者遇到的问题。用gmx spatial算完以后用VMD作图，isovalue选用负值才能出线等值面。我可否将文件打包上传发给您看一下？

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Author: sobereva 时间: 2019-9-26 04:06

曹波波发表于 2019-9-25 11:04
老师，我也遇到了，发帖者遇到的问题。用gmx spatial算完以后用VMD作图，isovalue选用负值才能出线等值面 ...

可以把cub文件载入到Multiwfn里，如果载入后屏幕上的统计信息显示最小值就是负值，说明gmx spatial本身就有问题（可以试试最新版本），或者gmx spatial用的参数有问题。sdf为负值没有任何物理意义

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