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标题: 关于Multiwfn生成范德华表面静电势极点个数问题—BUG？ [打印本页]
作者
Author: 好奇怪啊你    时间: 2019-9-21 14:19
标题: 关于Multiwfn生成范德华表面静电势极点个数问题—BUG？
图1是我首先直接用Multiwfn找静电势极点的结果，从图中可以看出4号和5号极小点重叠，一共有6个极小点+16个极大点
图2是我用http://sobereva.com/443中脚本得到的surfanalysis的结果，一共有5个极小点+17个极大点
前后极点为什么会存在差异？
作者
Author: sobereva    时间: 2019-9-21 16:50
先确认用的是最新的Multiwfn版本，如果最新版也这样，最好把你的fch文件压缩后上传，我这里试一下弄清楚原因
作者
Author: 好奇怪啊你    时间: 2019-9-21 20:58
sobereva 发表于 2019-9-21 16:50
先确认用的是最新的Multiwfn版本，如果最新版也这样，最好把你的fch文件压缩后上传，我这里试一下弄清楚原 ...

3.7版本测试结果与3.6版本相同。附件是fchk文件
作者
Author: sobereva    时间: 2019-9-22 01:48
这是当前版本我用你的文件计算得到的surfanalysis.pdb，没发现你的问题

  1. REMARK   Unit of B-factor field (i.e. ESP) is eV
  2. HETATM    1  C   MOL A   1      -8.072   0.384  -2.631  1.00 -1.35          C
  3. HETATM    2  C   MOL A   1      -6.752  -3.038  -2.243  1.00 -1.44          C
  4. HETATM    3  C   MOL A   1      -6.444   3.186  -1.424  1.00 -1.63          C
  5. HETATM    4  C   MOL A   1      -3.757  -3.768  -0.599  1.00 -1.95          C
  6. HETATM    5  C   MOL A   1      -3.555   3.155  -0.113  1.00 -2.52          C
  7. HETATM    6  C   MOL A   1      -1.554   3.463  -0.504  1.00 -2.55          C
  8. HETATM    7  C   MOL A   1      -0.907  -3.565   0.149  1.00 -2.13          C
  9. HETATM    8  C   MOL A   1       0.044   1.355  -3.950  1.00 -2.71          C
  10. HETATM    9  C   MOL A   1       0.328  -2.451  -4.421  1.00 -2.33          C
  11. HETATM   10  C   MOL A   1       0.553   5.545   0.682  1.00 -1.66          C
  12. HETATM   11  C   MOL A   1       1.790  -5.503   1.377  1.00 -1.34          C
  13. HETATM   12  C   MOL A   1       2.124   6.051  -0.514  1.00 -1.30          C
  14. HETATM   13  C   MOL A   1       3.516  -5.625   0.193  1.00 -1.15          C
  15. HETATM   14  C   MOL A   1       5.011   4.723  -2.221  1.00 -1.04          C
  16. HETATM   15  C   MOL A   1       5.726   0.575  -2.020  1.00 -1.03          C
  17. HETATM   16  C   MOL A   1       6.248  -3.661  -1.676  1.00 -1.02          C
  18. HETATM    1  O   MOL A   1      -4.697   0.299   2.029  1.00 -5.65          O
  19. HETATM    2  O   MOL A   1      -2.546  -0.251  -2.423  1.00 -4.51          O
  20. HETATM    3  O   MOL A   1      -1.806   0.943   3.866  1.00 -6.12          O
  21. HETATM    4  O   MOL A   1       1.825  -1.044  -2.153  1.00 -4.44          O
  22. HETATM    5  O   MOL A   1       1.861  -0.655  -2.241  1.00 -4.44          O
  23. HETATM    6  O   MOL A   1       1.929   1.231   2.198  1.00 -4.06          O
  24. END
复制代码


作者
Author: 好奇怪啊你    时间: 2019-9-22 12:51
sobereva 发表于 2019-9-22 01:48
这是当前版本我用你的文件计算得到的surfanalysis.pdb，没发现你的问题

sob能不能上传一下你用的Multiwfn整个文件夹，我看一下是不是我电脑的问题
作者
Author: sobereva    时间: 2019-9-23 07:42
好奇怪啊你 发表于 2019-9-22 12:51
sob能不能上传一下你用的Multiwfn整个文件夹，我看一下是不是我电脑的问题

和官网上最新能下载到的是一样的
作者
Author: 风起时想你    时间: 2020-3-8 11:49
楼主找出问题所在了吗？当时看过此帖子，没在意，结果我在计算静电势时也出现了此问题。通过脚本绘制（Multiwfn+VMD快速绘制静电势着色的分子范德华表面图）与采用Multiwfn定量分子表面分析（功能12），两种方式极值点个数不一致。
作者
Author: sobereva    时间: 2020-3-9 08:06
风起时想你 发表于 2020-3-8 11:49
楼主找出问题所在了吗？当时看过此帖子，没在意，结果我在计算静电势时也出现了此问题。通过脚本绘制（Mult ...

原理上不可能不一致。

《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》（http://sobereva.com/443）博文里的脚本就是直接调用的Multiwfn主功能12做的定量分子表面分析然后导出的表面顶点，不熟悉重定向方式运行的话看Multiwfn手册5.2节。照着重定向文件里记录的命令在Multiwfn窗口里敲一遍就知道完全一致。
如果自己用主功能12发现和脚本产生的表面极值点数目不一致，几乎一定是自己用的定量分子表面分析的设置和重定向文件里记录的命令对应的设置不同所致。脚本里为了提高精度，如ESPext.txt里的命令所示，用的是0.15 Bohr作为格点间隔，而不是默认值。

ESPext.txt脚本内容：
12
3
0.15
0
5
mol.pdb
6
2

如果还有疑惑，先更新到Multiwfn官网上最新版本，若依然有同样的问题，把你的输入文件上传（压缩后还太大就传网盘），以及自己在Multiwfn里敲入的所有命令都贴出来便于我检查。

作者
Author: 风起时想你    时间: 2020-3-9 17:39
sobereva 发表于 2020-3-9 08:06
原理上不可能不一致。

《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》（ ...

感谢老师的解答~忽视了Multiwfn默认的格点间距为0.25Bohr，而脚本中的格点间距为0.15Bohr。



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