计算化学公社

标题: Materials Studio 7.0至2017版本常见使用方法，数据分析长期答疑贴 [打印本页]

作者
Author: jiewei 时间: 2015-7-16 15:56
标题: Materials Studio 7.0至2017版本常见使用方法，数据分析长期答疑贴
本帖最后由 jiewei 于 2017-1-12 09:27 编辑

jiewei的使用范围局限于 AC、 forcite、castep、 dmol3、morphology 、 polymorph、dftb+ 模块
热诚欢迎其他高手例如开发卡卡等进入此贴答疑！

另请使用MS的新人最好先看两遍手册，做两个例子后再来看这个贴。

另外，强烈建议使用者遇到不懂的时候自己先去看MS自带的help，有什么不懂的再来问是最好的。

PS：一句，如果想及时有效得得到回复，最好艾特我一下

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-7-16 19:05
额，我顶多算个新手啊，perl脚本到现在用的还不是很利索呢

作者
Author: ca0yan9 时间: 2015-7-18 15:10
请问，为什么我测试MS中的gaussian的时候不出几秒钟情况下就会发生failare，软件进程自动停止？

作者
Author: jiewei 时间: 2015-7-19 09:49

ca0yan9 发表于 2015-7-18 15:10
请问，为什么我测试MS中的gaussian的时候不出几秒钟情况下就会发生failare，软件进程自动停止？

MS中的gaussian模块不能叫一个模块，它是和真正的gaussian软件连接的。首先你看一下是否装了gaussian软件？其次你看一下MS调用gaussian的路径是否合理？

作者
Author: ca0yan9 时间: 2015-7-19 20:55

jiewei 发表于 2015-7-19 09:49
MS中的gaussian模块不能叫一个模块，它是和真正的gaussian软件连接的。首先你看一下是否装了gaussian软 ...

那请问老师怎么改变调用路径捏？

作者
Author: jiewei 时间: 2015-7-20 18:27

ca0yan9 发表于 2015-7-19 20:55
那请问老师怎么改变调用路径捏？

这个我只是知道这个模块，具体还没有操作过。因为直接用高斯进行计算是一样的。
你MS的模型建好后保存为mol的格式，用GV打开，设置好输入文件就可以高斯计算了。

作者
Author: ca0yan9 时间: 2015-7-20 18:47

jiewei 发表于 2015-7-20 18:27
这个我只是知道这个模块，具体还没有操作过。因为直接用高斯进行计算是一样的。
你MS的模型建好后保存为 ...

谢谢老师。

作者
Author: EITian 时间: 2015-8-21 17:44
老师您好！请问，我想将Al2O3构建成一个lattice parameters为a = 5.587 Å, b = 8.413 Å, c = 8.068 Å, and β = 90.59°的模型，该如何构建？MS自带的结构库中Al2O3的晶体结构组是R-3C（167），其中a与b是相同的不能修改为上述值。

作者
Author: jiewei 时间: 2015-8-24 10:25

EITian 发表于 2015-8-21 17:44
老师您好！请问，我想将Al2O3构建成一个lattice parameters为a = 5.587 Å, b = 8.413 Å, c = 8.0 ...

首先需要申明的是，我是做有机的，对无机不是特别理解。
从你的问题来看，你是需要建立两个异质节吧？另外一个的参数是a = 5.587 Å, b = 8.413 Å, c = 8.068 Å, and β = 90.59°？
在解决问题之前，你需要知道一个原理。就是晶体的原胞的的晶格参数是固定的，它形成其他晶胞时的晶格参数只能是原胞的整数倍。所以Al2O3能不能形成a = 5.587 Å, b = 8.413 Å, c = 8.068 Å, and β = 90.59°的模型的模型，要看Al2O3的晶格参数是否是上面几个参数的几分之一。

此外，建立异质节的方法简单说来是这样两个晶体： a1，b1,c1 以及a2，b2,c2
取a1和a2的最小公倍数（大致即可，比如4.2和3。1的公倍数为12），依次类推。
至于角度，你最好在进行上一步操作之前转成两个晶体具有相同的角度。
上述步骤完成后，直接将其中一个晶体拷贝到另外一个晶体中，然后对a，b，c轴进行完全优化（晶体的角度不用，因为已调整好）即可。

此外，MS的学习手册我记得是有这方面的详细资料的，你可以去往上搜索一下。

祝学习进步！

作者
Author: EITian 时间: 2015-8-26 12:36

jiewei 发表于 2015-8-24 10:25
首先需要申明的是，我是做有机的，对无机不是特别理解。
从你的问题来看，你是需要建立两个异质节吧？ ...

非常感谢老师！

作者
Author: EITian 时间: 2015-9-15 08:46
前辈您好！我优化一个氧化铝110表面，总是得不到结果，是不是参数的选取出现了问题？输出文件和结构以及计算参数文件如下，望指点迷津！

作者
Author: EITian 时间: 2015-9-15 08:59
就是这个任务总是中断，显示failure communication，但其他任务没事，而且中断时都没有出现能量优化

作者
Author: jiewei 时间: 2015-9-15 09:23

EITian 发表于 2015-9-15 08:46
前辈您好！我优化一个氧化铝110表面，总是得不到结果，是不是参数的选取出现了问题？输出文件和结构以及计 ...

1. 我不知道LDA在描述这类体系时效果如果，不过我相信GGA/PBE能狗具有较好的描述，要不VASP前几年的文章就没法发表了，是吧？
2. 你的模型的底部很多氧都是单键的成键方式，我不知道AL2O3在这样的表面是否稳定，你需要考虑一下这种底部是否稳定？因为氧的单键很容易是自由基，自由基可以稳定，但是一个体系中很多自由基一般都是不稳定的。
3. 收敛精度建议使用fine，核电子的处理建议用DFT半核赝势。基组可以先用DNP优化，再用DNP+进行优化
4. 你的SCF才50圈，由于你的体系应该不是稳定的，所以建议你写上500圈，建议你以后每次都写上500圈。
5. smearing 可以帮助不容易收敛的体系进行收敛。所以建议你用smearing，先写个00.01-0.02 Ha，如果收敛了再逐步减小，直到最后去掉。
6. orbital cutoff这个值是需要测试的，medium一般是不够的，如果你实在不想测试，建议至少也要用fine的精度。
7. 最后，为保证优化的可靠性，kpoints一般要保证fine。

作者
Author: librakitty 时间: 2015-9-15 09:40
老师，您好，我需要利用CONNOLLY model计算一个晶胞中某个晶面的溶剂可及面积面积以及盒子中该晶面的总表面积，可是我设置了半天，要么只能得到体积类的参数，要不然计算得到的两个参数的比值很大，我感觉是有问题的，请您指导一下。或者给个例子也行，麻烦您了。

作者
Author: EITian 时间: 2015-9-20 11:10

jiewei 发表于 2015-9-15 09:23
1. 我不知道LDA在描述这类体系时效果如果，不过我相信GGA/PBE能狗具有较好的描述，要不VASP前几年的文章 ...

多谢前辈解答！

作者
Author: EITian 时间: 2015-9-20 11:12
各位前辈，我这里还有一个问题，我在晶体结构数据库里找了一个AL2O3模型，可优化时却出现下面这种状况，就是能量值反复跳跃，还恳请前辈帮忙看下哪里出问题了~

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-20 23:45

jiewei 发表于 2015-9-15 09:23
1. 我不知道LDA在描述这类体系时效果如果，不过我相信GGA/PBE能狗具有较好的描述，要不VASP前几年的文章 ...

3、固体还是不要用DNP+比较好，计算量实在太大了，而且也起不到根本性的改善作用，另外对于v4.4的基组还是心有余悸；
5、把先该测试的参数测试了，如果这些都没问题，建议还是在体系的初始结构、磁矩等因素上做些微调，如果还是难收敛再考虑一些charge mix和DIIS，smearing尽可能避免这么使用；
6、7，持相反建议，一般建议测试k，cutoff至少取fine，cutoff的精度还是有测试上的定义的

The reference energy is assumed to be that calculated using the Fine quality setting and with a real space cutoff of 6.5 Å.
Coarse - 1.0 eV atom-1
Medium - 0.3 eV atom-1
Fine - 0.1 eV atom-1

相反，k的fine通常应该是按照固定的actual space来划分精度，但不同体系还是测试下比较好。一般还是避免使用偶数k吧，尤其是六方格子，如果有经验的话无所谓，手工将网格平移过Gamma点就行了，不过k很密集的时候也很麻烦。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-20 23:53

EITian 发表于 2015-9-20 11:12
各位前辈，我这里还有一个问题，我在晶体结构数据库里找了一个AL2O3模型，可优化时却出现下面这种状况，就 ...

outmol文件：

Lattice_optimization on

估计是这个玩意搞的鬼。但建议DMol3下面还是不要使用优化晶格比较好，以不同的精度优化某些晶格，结果偏差非常严重。这点castep的方法要好得多。

作者
Author: EITian 时间: 2015-9-21 15:27

卡开发发发表于 2015-9-20 23:45
3、固体还是不要用DNP+比较好，计算量实在太大了，而且也起不到根本性的改善作用，另外对于v4.4的基组还 ...

非常感谢前辈，不过我还是不太明白您给出的cutoff精度测试的定义具体是什么意思，您可以解答得再详细一些么？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-21 16:07

EITian 发表于 2015-9-21 15:27
非常感谢前辈，不过我还是不太明白您给出的cutoff精度测试的定义具体是什么意思，您可以解答得再详细一些 ...

我的意思是，dmol3一般的cutoff已经是在一定条件（fine精度6.5A截断）测试过，如果希望误差大致在0.1eV per atom以内则可以不用测试，反而k点测试更加重要。

作者
Author: EITian 时间: 2015-9-21 19:23

卡开发发发表于 2015-9-21 16:07
我的意思是，dmol3一般的cutoff已经是在一定条件（fine精度6.5A截断）测试过，如果希望误差大致在0.1eV p ...

原来是这样

多谢前辈指点~

作者
Author: EITian 时间: 2015-9-23 11:24
前辈，我这里有一个任务，开始一会儿就报错结束，麻烦您帮我检查一下

这是一个CeO2（1 1 0）表面，我想建立一个25A真空层之后对其优化

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-23 11:32
本帖最后由卡开发发于 2015-9-23 11:37 编辑

EITian 发表于 2015-9-23 11:24
前辈，我这里有一个任务，开始一会儿就报错结束，麻烦您帮我检查一下
这是一个CeO2（1 1 0）表面，我 ...

减小模型吧，内存爆了
real array elements, matrices vectors etc: 5752.6 MB
integer arrays                         :    68.9 MB
min recommended for all-incl workspace : 5778.9 MB
Total memory allocated for arrays       : 7030.4 MB
。。。。
increase Max_memory if possible to    7030.4 MB
养成看输出文件的好习惯
整个体系有504个原子，就算降低计算精度可能也无济于事，DMol3对于周期体系标度大致是O(N^1.5)，指前因子也不低。实在不行也只好截取团簇或者使用半经验TB的方法，如果研究不涉及到电子结构问题力场也行。

作者
Author: EITian 时间: 2015-9-23 22:16

卡开发发发表于 2015-9-23 11:32
减小模型吧，内存爆了
real array elements, matrices vectors etc: 5752.6 MB
integer arrays ...

好的，我以后会注意，多谢前辈！

作者
Author: EITian 时间: 2015-10-4 18:45
各位老师节日快乐！我这里有个小问题，就是想参考前人的文章构建一个V2O5二聚体的模型，但是一直没有构造出如图所示的结构，而且使我疑惑的是这种结构难道不是V2O7么？劳烦各位前辈有空时解答~

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-10-31 12:23
老师，我用高斯优化完了一个结构，然后想用MS画一下结构图，想用虚线表示配位键，但是不知道如何来画虚线。
请问老师MS可以画虚线吗？

作者
Author: zhangj 时间: 2015-11-1 11:55
老师您好，我在用forcite模块进行动力学模拟的时候，我模拟一段时间以后发现能量已经基本没有变化，但是温度仍然随着时间在波动，看文章说动力学模拟的平衡状态应该是能量和温度随之间都基本不变，所以我增加了模拟的时间发现温度仍然是在波动（上下20k左右），这种情况我应该怎么办呢？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-1 17:43

zhangj 发表于 2015-11-1 11:55
老师您好，我在用forcite模块进行动力学模拟的时候，我模拟一段时间以后发现能量已经基本没有变化，但是温 ...

温度的瞬时波动是正常的，波动幅度和体系及热浴参数有关。如果平均化之后基本是一条直线且处在期望的温度值上就可以。

作者
Author: zhangj 时间: 2015-11-1 18:11

sobereva 发表于 2015-11-1 17:43
温度的瞬时波动是正常的，波动幅度和体系及热浴参数有关。如果平均化之后基本是一条直线且处在期望的温 ...

好的，谢谢老师！

作者
Author: zhangj 时间: 2015-11-1 18:15
老师，还有一个问题就是我模拟金属氧化物表面吸附有机分子的体系，我发现动力学模拟一段时间以后分子都跑到了真空层的顶部，我查看了一下动力学模拟过程的轨迹发现分子也是从放置的位置逐渐的远离金属氧化物的表面，这与实际情况是不符合的呀，按道理来说在模拟的过程中有机分子应该逐渐靠近表面才对，这种情况我应该怎么办呢？谢谢老师（我有改变真空层的厚度以及初始的放置分子的位置与结构发现结果并没有改善）

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-2 07:08

zhangj 发表于 2015-11-1 18:15
老师，还有一个问题就是我模拟金属氧化物表面吸附有机分子的体系，我发现动力学模拟一段时间以后分子都跑到 ...

这种情况相当于分子吸附到了金属氧化物板的下放了。下方和上方表面的原子排布有没有什么差异？如果由于什么原因，板的下方更容易吸附分子，可能倒是会有这情况。

作者
Author: zhangj 时间: 2015-11-2 15:44

sobereva 发表于 2015-11-2 07:08
这种情况相当于分子吸附到了金属氧化物板的下放了。下方和上方表面的原子排布有没有什么差异？如果由于什 ...

明白老师的意思了，谢谢老师！

作者
Author: jiewei 时间: 2016-4-26 09:50

lastzealot 发表于 2015-10-31 12:23
老师，我用高斯优化完了一个结构，然后想用MS画一下结构图，想用虚线表示配位键，但是不知道如何来画虚线。 ...

当然可以咯，在画键的那个地方啊。

作者
Author: jiewei 时间: 2016-4-26 09:51

EITian 发表于 2015-10-4 18:45
各位老师节日快乐！我这里有个小问题，就是想参考前人的文章构建一个V2O5二聚体的模型，但是一直没有构造出 ...

它这个只是一个示意图，最左和最右的V原子属于下一个V2O5重复单元的原子

作者
Author: 卒之爱 时间: 2016-5-12 22:16
我想用MS计算无机物的键能，比如TiO2，想算Ti-O键能，但是优化结果没有该项数据，我是依据总的能量推导吗？

作者
Author: 海门恶霸 时间: 2016-10-6 13:57
请问如何去构建一个g-c3n4的模型，是直接画，还是用创建晶体的方法去做，哪个简单一点，搞了半天都没搞成。还有如何把他变成单层的模型？请求老师帮助

作者
Author: hopedream 时间: 2016-11-29 21:54
想构建范德华力结合材料，分子动力学模拟溶剂分子和层状结构材料的作用.如图, C:\Users\hopedream\Desktop\figure1.jpg但是几何优化后，层的结构就散架了C:\Users\hopedream\Desktop\figure 2.jpg.如何材料不散架了。我用constraint，但是不能几何优化。还望各位赐教。万分感谢

作者
Author: hopedream 时间: 2016-11-29 21:57
我理想中的情况，和我实际作出来的情况(没加溶剂分子，是想提前看看，因为我用笔记本算的)，如图所示。最后一个图是没优化前的图。

作者
Author: 来巡老和山 时间: 2016-12-26 15:44
老师我想咨询个问题：我将vasp计算出的contcar，通过vesta转为cif文件然后将其导入ms中，发现晶胞上顶面的原子全部消失是怎么回事。？该怎么解决。谢谢老师啦！

作者
Author: PhoenixYeti 时间: 2017-1-10 19:03
老师，请问MS的并行计算效率如何？还有，在windows和linux下速度有没有较大区别？

作者
Author: zyj19831206 时间: 2017-1-10 21:35

PhoenixYeti 发表于 2017-1-10 19:03
老师，请问MS的并行计算效率如何？还有，在windows和linux下速度有没有较大区别？

linux并行效率应该比win厉害吧，MS本身的dmol3我感觉比gaussian快一些，因此可以用作预优化。

作者
Author: PhoenixYeti 时间: 2017-1-11 14:49

zyj19831206 发表于 2017-1-10 21:35
linux并行效率应该比win厉害吧，MS本身的dmol3我感觉比gaussian快一些，因此可以用作预优化。

谢谢。我主要使用CASTEP，不太清楚对硬件要求如何

作者
Author: zyj19831206 时间: 2017-1-11 14:54

PhoenixYeti 发表于 2017-1-11 14:49
谢谢。我主要使用CASTEP，不太清楚对硬件要求如何

CASTEP使用平面波，对硬件要求应该比dmol3更加高。

作者
Author: jiewei 时间: 2017-1-12 09:20

卒之爱发表于 2016-5-12 22:16
我想用MS计算无机物的键能，比如TiO2，想算Ti-O键能，但是优化结果没有该项数据，我是依据总的能量推导吗？

键能肯定优化不能得到啊

作者
Author: jiewei 时间: 2017-1-12 09:22

海门恶霸发表于 2016-10-6 13:57
请问如何去构建一个g-c3n4的模型，是直接画，还是用创建晶体的方法去做，哪个简单一点，搞了半天都没搞成。 ...

找到CIF文件导入MS即可。
如果没有CIF，利用文献中给出的坐标和晶格参数，先根据晶格参数构建晶格，然后依次输入原子坐标即可。
特定单曾，按照你的需求删除其他原子即可。如果是XXX面，直接cleave surface即可。

作者
Author: jiewei 时间: 2017-1-12 09:23

hopedream 发表于 2016-11-29 21:57
我理想中的情况，和我实际作出来的情况(没加溶剂分子，是想提前看看，因为我用笔记本算的)，如图所示。最后 ...

你这个我不太懂，静等其他人回答。

作者
Author: jiewei 时间: 2017-1-12 09:24

来巡老和山发表于 2016-12-26 15:44
老师我想咨询个问题：我将vasp计算出的contcar，通过vesta转为cif文件然后将其导入ms中，发现晶胞上顶面的 ...

原子消失不消失，它都在晶格中，你让它在晶格中看风景，它才能让你看到它的风景。
在MS中点击原子显示方式用 origin 才是它真正的风景~

作者
Author: jiewei 时间: 2017-1-12 09:26

PhoenixYeti 发表于 2017-1-10 19:03
老师，请问MS的并行计算效率如何？还有，在windows和linux下速度有没有较大区别？

MS70和80后的并行效率非常好。linux可以暴力超频，另外，MS win版本的并行效率似乎不如linux，所以，没有特别强烈的要求，都在linux下计算。

作者
Author: 海门恶霸 时间: 2017-1-12 09:47

jiewei 发表于 2017-1-12 09:22
找到CIF文件导入MS即可。
如果没有CIF，利用文献中给出的坐标和晶格参数，先根据晶格参数构建晶格，然后 ...

好的非常感谢已经搞定

作者
Author: PhoenixYeti 时间: 2017-1-12 15:51

jiewei 发表于 2017-1-12 09:26
MS70和80后的并行效率非常好。linux可以暴力超频，另外，MS win版本的并行效率似乎不如linux，所以，没有 ...

谢谢老师解惑~

作者
Author: 猴子的茶树菇 时间: 2017-1-14 22:01
老师，你好，我正用MS的Dmol2模块算α-Fe2O3的001面吸附COS，为什么我在优化好的α-Fe2O3的001面晶体上加入c=o的部分的时候，晶体会有部分的原子消失，这是什么原因呢？

作者
Author: cdh1075 时间: 2017-2-6 12:27
老师，我在用ms2017的amorphous cell模块，但这个模块好像不支持多核，所以速度超慢，有什么解决方法吗，或者代替方法？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-2-6 13:28

cdh1075 发表于 2017-2-6 12:27
老师，我在用ms2017的amorphous cell模块，但这个模块好像不支持多核，所以速度超慢，有什么解决方法吗，或 ...

这不是MS2017问题，这个问题都有“传承性”了

我不知道你是不是用的construction的部分，如果是这个部分，慢其实最主要慢在MC生成结构之后分别跑动力学的过程，这里的动力学只能单核跑，体系比较大的话速度自然很慢。你可以在Construct中取消勾选“Refine configurations following construction”，之后直接将MC产生的结构分别都挑出来用其他的分子动力学程序（MS下的Forcite或者MS之外的GMX之类都行）。

作者
Author: 498746012 时间: 2017-2-6 16:38
各位前辈好！能不能请教一下：我现在有SnO2的CIF文件，用什么软件可以画出像结构化学书里那样的晶胞，感觉Mercury不太好？如果我想把部分氧原子替换成氟原子该用什么软件，是gview吗？

作者
Author: cdh1075 时间: 2017-2-7 15:27

卡开发发发表于 2017-2-6 13:28
这不是MS2017问题，这个问题都有“传承性”了

我不知道你是不是用的construction的部分，如果是 ...

老师，我用的是calculation部分，怎么解

另外不是说construction算法已经过时，现在都是用calculation吗？（创腾给我的邮件这么说的）

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-2-7 15:51

cdh1075 发表于 2017-2-7 15:27
老师，我用的是calculation部分，怎么解另外不是说construction算法已经过时，现在都是用calculat ...

setup->options->refinement->去除勾选opt geom，你看看这样速度如何。

作者
Author: cdh1075 时间: 2017-2-7 16:06

卡开发发发表于 2017-2-7 15:51
setup->options->refinement->去除勾选opt geom，你看看这样速度如何。

速度依然是有生之年，关键是有办法让他多核吗，我的机器有128个核，但他只用一个.....

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-2-7 19:53
本帖最后由卡开发发于 2017-2-7 20:00 编辑

cdh1075 发表于 2017-2-7 16:06
速度依然是有生之年，关键是有办法让他多核吗，我的机器有128个核，但他只用一个.....

没，要不然考虑一下其他程序。不过有什么程序可以替代之我就不清楚了。

作者
Author: cdh1075 时间: 2017-2-9 16:32

卡开发发发表于 2017-2-7 19:53
没，要不然考虑一下其他程序。不过有什么程序可以替代之我就不清楚了。

谢谢老师，还是个问题，ms在linux下性能会不会更好一点，16核32线程 2.9ghz 的机器速度大约多少，老师能不能几个例子对比下速度~

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-2-9 16:59

cdh1075 发表于 2017-2-9 16:32
谢谢老师，还是个问题，ms在linux下性能会不会更好一点，16核32线程 2.9ghz 的机器速度大约多少，老师能 ...

分子力场的模块我不是很清楚，DMol3和CASTEP以前测过，但数据我没存（当时就是为了劝我们学校某个课题组换linux系统才做的测试），目前只记得Linux确实比Windows好不少。

作者
Author: PhoenixYeti 时间: 2017-3-2 07:10
老师，请问有没有什么比较好的CASTEP入门学习资料？刚刚开始学习，有点无从下手的感觉

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-2 07:41

PhoenixYeti 发表于 2017-3-2 07:10
老师，请问有没有什么比较好的CASTEP入门学习资料？刚刚开始学习，有点无从下手的感觉

先把程序自带的教程看了

作者
Author: PhoenixYeti 时间: 2017-3-2 07:45

sobereva 发表于 2017-3-2 07:41
先把程序自带的教程看了

好的，谢谢老师

作者
Author: cdh1075 时间: 2017-3-15 16:53
老师好，我在用Forcite，完全一样的东西，有时成功，有时失败，平均失败九次成功一次，可能是什么原因？

作者
Author: Mirror 时间: 2017-3-16 11:07
赞

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-3-16 12:20
老师你好，我想获得有机分子的最优初始构象，高斯计算比较麻烦，需要手动输入不同的初始构象。好像
MS中的comformer模块可以搜索有机分子的构象，请问一下老师，这个可以实现么？另外MS破解版是否是将msi.lic文件直接放入到C:\Program files\Accelrys\LicensePack\Licenses中就可以了。谢谢

作者
Author: 海门恶霸 时间: 2017-3-19 15:23
请问楼主我想一共有三层原子，固定底下两层，只有最上面一层与吸附物质进行优化
这个如何操作？@jiewei

作者
Author: 14xlliu 时间: 2017-3-20 09:23
你好，我想问一下，用MS中的Dmol3模块进行动力学模拟，结果怎么分析？可不可以得到可视化的过程？我是用Dmol3模块进行NACL解离所需温度的求解，自旋多重度不知是01还是03，另外是做多几种温度模拟直到它的键断开所对应的温度就是所求的温度吗？

作者
Author: 14xlliu 时间: 2017-3-20 10:50
Dmol3动力学模块能不能算单个原子的(如果不行，可不可以推荐一个能算的软件)？提交出错显示是 not enough degree of freedom。

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2017-3-26 19:44
用CASTEP做一个简单的石墨烯拉伸计算，结果stress收敛的特别慢，而且能量会很震荡（虽然收敛了），我的真空层给的40A。能量cutoff给的450eV（测试过），k-point set给的4*6*1。我的问题是这样的收敛现象正常么，有没有什么办法能够提高收敛速度的，谢谢大家！

作者
Author: sleeping 时间: 2017-4-17 23:32
老师，您好，有几个问题想请教您
1 请问一下CASTEP中Mulliken布居分析中键布居为负可以定性分析为该化学键键级为负吗？
2 在用键布居分析原子间成共价键还是离子键是在键布居为正的情况才能讨论吗？键布居为负是不是与共价键没什么关系？
谢谢耐心回答

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-17 23:44

sleeping 发表于 2017-4-17 23:32
老师，您好，有几个问题想请教您
1 请问一下CASTEP中Mulliken布居分析中键布居为负可以定性分析为该化学键 ...

一般意义上的键级没有负值。
只有Mulliken重叠布居，往往被解释为Mulliken键级，才可能有负值，有时体现反键作用。
Mulliken重叠布居没法很好用于讨论是共价键还是离子键。作ELF图通过图形观察更容易确切考察原子间是否是共价相互作用，参见（文中的Multiwfn暂不支持CASTEP，CASTEP自己也可以算ELF）
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63

作者
Author: sleeping 时间: 2017-4-18 10:06

sobereva 发表于 2017-4-17 23:44
一般意义上的键级没有负值。
只有Mulliken重叠布居，往往被解释为Mulliken键级，才可能有负值，有时体 ...

谢谢解答

作者
Author: jiewei 时间: 2017-4-19 14:55
本帖最后由 jiewei 于 2017-4-19 14:56 编辑

dark_cosmos 发表于 2017-3-26 19:44
用CASTEP做一个简单的石墨烯拉伸计算，结果stress收敛的特别慢，而且能量会很震荡（虽然收敛了），我的真空 ...

很明显，你在拉伸过程设置后，你的结构在优化的过程中一直在某个结构附近震荡。这样的优化过程显然是不合理的。看你的收敛标准比较高，我估计你的拉伸设置后的结构在这么高的收敛标准下可能不存在，或者说你强制设定的环境（加了拉伸的力）达不到这么高的收敛标准。现在尝试低标准下看是否可以收敛吧。

作者
Author: jiewei 时间: 2017-4-19 14:57

14xlliu 发表于 2017-3-20 10:50
Dmol3动力学模块能不能算单个原子的(如果不行，可不可以推荐一个能算的软件)？提交出错显示是 not enough d ...

你这个问题问到我了，我还真没有试过。你自旋多重度设置好了吗？设置后还是这样显示吗？

作者
Author: jiewei 时间: 2017-4-19 15:00

14xlliu 发表于 2017-3-20 09:23
你好，我想问一下，用MS中的Dmol3模块进行动力学模拟，结果怎么分析？可不可以得到可视化的过程？我是用Dmo ...

没有可视化的过程，只有一个随着温度和时间变化的能量变化过程。动力学的实现过程是直接在里面选择动力学（俗尘AIMD）。由于是一个体系自旋设置为1，就算解离后自选还是1啊（Na离子和Cl离子）。键断开后所对应的温度就是所求的温度。

作者
Author: jiewei 时间: 2017-4-19 15:02

海门恶霸发表于 2017-3-19 15:23
请问楼主我想一共有三层原子，固定底下两层，只有最上面一层与吸附物质进行优化
这个如何操作？@jiewei

很简单啊，初学手册上都有啊，选中你需要固定的原子，在modify里面选择固定住就行了啊

作者
Author: jiewei 时间: 2017-4-19 15:03

yezhonghua 发表于 2017-3-16 12:20
老师你好，我想获得有机分子的最优初始构象，高斯计算比较麻烦，需要手动输入不同的初始构象。好像
MS中的 ...

comformer没有用过。。。
后面那个问题确实是

作者
Author: jiewei 时间: 2017-4-19 15:04

cdh1075 发表于 2017-3-15 16:53
老师好，我在用Forcite，完全一样的东西，有时成功，有时失败，平均失败九次成功一次，可能是什么原因？

确定所有东西都一模一样？不会吧，我还没有遇到过你这样的问题。

作者
Author: jiewei 时间: 2017-4-19 15:06

猴子的茶树菇发表于 2017-1-14 22:01
老师，你好，我正用MS的Dmol2模块算α-Fe2O3的001面吸附COS，为什么我在优化好的α-Fe2O3的001面晶体上加入 ...

你把你优化好的晶体先选择用original视角看，晶体的部分原子就不会消失了。不明白我这话，就先去看看教程吧？

作者
Author: jiewei 时间: 2017-4-19 15:07

498746012 发表于 2017-2-6 16:38
各位前辈好！能不能请教一下：我现在有SnO2的CIF文件，用什么软件可以画出像结构化学书里那样的晶胞，感觉M ...

用砖石软件画。
将cif导入MS选中要修改的原子，在modify中把原子改成你想要的原子即可。

作者
Author: zorow 时间: 2017-4-19 17:11
各位老师好，我目前在算分子在CeO2表面的吸附能，根据公式吸附能应是吸附构型能量减去小分子的能量和CeO2表面的能量。
请问CeO2表面的能量应该怎么算呢，我对CeO2表面加了真空层和2*2的supercell，并固定了下面三层原子的坐标，算的时候是否需要取消对下面三层的固定？2*2supercell后与原表面的能量是否有差别？

作者
Author: 498746012 时间: 2017-4-19 21:34

jiewei 发表于 2017-4-19 15:07
用砖石软件画。
将cif导入MS选中要修改的原子，在modify中把原子改成你想要的原子即可。

感谢老师您的耐心讲解

作者
Author: LL5312 时间: 2017-5-10 15:53
暗转MS失败界面不结束也不出现可以建模但是无法计算

作者
Author: HusterYiLiu 时间: 2017-5-31 17:19
老师，您好！请教好我在超算上用MS的Dmol3模块做TS Comformation计算，返回的结果没有xcd格式的文件，怎么通过.outmol分析已找到的过渡态是不是正确的？谢谢您！@jiewei

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2017-6-4 12:09
老师，您好！我最近开始使用Materials Studio。我想做的是用Forcite模块计算金纳米线的应力-应变曲线。我目前面临的问题是不知道该如何建立一个<1 1 1>的金纳米线。谢谢！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-6-4 14:40

HusterYiLiu 发表于 2017-5-31 17:19
老师，您好！请教好我在超算上用MS的Dmol3模块做TS Comformation计算，返回的结果没有xcd格式的文件，怎么 ...

试试dmol3 analysis中的energy evolution能否正常分析。

作者
Author: nextnest 时间: 2017-6-14 08:10
本帖最后由 nextnest 于 2017-6-14 08:11 编辑

老师，您好！最近在学校的集群上编译了MS2016，可以远程提交任务，但是任务的计算在管理节点上，请问应该如何设置任务提交，使任务在计算节点上运行？集群系统是CentOS5.4，管理系统是ROCKS.

作者
Author: nextnest 时间: 2017-6-16 09:16

nextnest 发表于 2017-6-14 08:10
老师，您好！最近在学校的集群上编译了MS2016，可以远程提交任务，但是任务的计算在管理节点上，请问应该如 ...

问题已经解决 ~/Gateway/config/configure queue TORQUE

作者
Author: zorow 时间: 2017-6-25 16:12
如图，我用DMol3模块研究HCl在CeO2表面分解，这是计算完成后(没报错)找到的过渡态，频率计算后发现全部为正。这个过渡态显然是错了，不过请问原因在哪里呢... @jiewei 请老师指点！

作者
Author: zyj19831206 时间: 2017-6-25 21:30

HusterYiLiu 发表于 2017-5-31 17:19
老师，您好！请教好我在超算上用MS的Dmol3模块做TS Comformation计算，返回的结果没有xcd格式的文件，怎么 ...

出现极小值就可以了，从极小值接着进行过渡态优化计算。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2017-6-25 21:31

zorow 发表于 2017-6-25 16:12
如图，我用DMol3模块研究HCl在CeO2表面分解，这是计算完成后(没报错)找到的过渡态，频率计算后发现全部为正 ...

初始结构和终态结构不合理导致的。

作者
Author: zorow 时间: 2017-6-25 22:08

zyj19831206 发表于 2017-6-25 21:31
初始结构和终态结构不合理导致的。

感谢回复！我的初态和终态都是来自一篇文献上的，不过我对终态并没有进行过几何优化，请问这就是终态能量比过渡态都高的原因吗？我之前对终态做过几何优化发现并不能收敛，现在降低了精度正在重新进行优化

作者
Author: zyj19831206 时间: 2017-6-26 12:58

zorow 发表于 2017-6-25 22:08
感谢回复！我的初态和终态都是来自一篇文献上的，不过我对终态并没有进行过几何优化，请问这就是终态能量 ...

必须都要进行优化才行，否则根本不可能得到过渡态。

作者
Author: zorow 时间: 2017-6-26 13:46

zyj19831206 发表于 2017-6-26 12:58
必须都要进行优化才行，否则根本不可能得到过渡态。

好的谢谢您的指点！

作者
Author: zorow 时间: 2017-7-6 20:14

zyj19831206 发表于 2017-6-26 12:58
必须都要进行优化才行，否则根本不可能得到过渡态。

不好意思老师还得麻烦您一下：您指导后我一直在继续进行着反应物和产物的优化，但计算到现在不论是何种精度下产物一直无法收敛。这种情况正常吗，是不是我假定的所有产物构型都不合理？

作者
Author: zyj19831206 时间: 2017-7-7 09:17

zorow 发表于 2017-7-6 20:14
不好意思老师还得麻烦您一下：您指导后我一直在继续进行着反应物和产物的优化，但计算到现在不论是何种 ...

你可能是某些参数没有选择对导致不收敛，或者是多重度没有选择对，导致不收敛？

作者
Author: zorow 时间: 2017-7-7 10:29

zyj19831206 发表于 2017-7-7 09:17
你可能是某些参数没有选择对导致不收敛，或者是多重度没有选择对，导致不收敛？

但是在计算吸附过程进行的几何优化是成功的，我优化反应物和产物的方法是在优化成功的吸附构型的基础上加上另一个反应物继续进行几何优化，参数没变。
是不是我这样做不正确呢...

作者
Author: zyj19831206 时间: 2017-7-7 15:29

zorow 发表于 2017-7-7 10:29
但是在计算吸附过程进行的几何优化是成功的，我优化反应物和产物的方法是在优化成功的吸附构型的基础上加 ...

无图无真相，你把你的参数选择面板传上来看看，是否是模型设计不合理？

作者
Author: zorow 时间: 2017-7-7 16:06

zyj19831206 发表于 2017-7-7 15:29
无图无真相，你把你的参数选择面板传上来看看，是否是模型设计不合理？

好的麻烦您帮我看一下谢谢了！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)