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标题: 求助：如何消除NPT混合物体系中的气泡（大缝隙） [打印本页]

作者
Author: amagi 时间: 2019-9-24 16:36
标题: 求助：如何消除NPT混合物体系中的气泡（大缝隙）
这是我的压力耦合参数：
; Pressure coupling
pcoupl             = berendsen
pcoupltype             = semiisotropic
nstpcouple             = -1
; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
tau-p                   = 4.0
compressibility       = 0 4.5e-5
ref_p                   = 1.0 1.0

听说加大compressibility可以增加压缩效率，但我的体系加大这个参数就会报错（氢原子不稳定会飞走）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-25 03:01
别在compressibility上做文章，加快控压还不如改小tau-p
另外注意检查初始结构。如果对低层石墨烯用了freeze，建议改成限制势方式固定

作者
Author: amagi 时间: 2019-9-25 09:31

sobereva 发表于 2019-9-25 03:01
别在compressibility上做文章，加快控压还不如改小tau-p
另外注意检查初始结构。如果对低层石墨烯用了free ...

老师限制势方式是不是在mdp里设置position restrained呀
我一直用的是在mdp里写freeze group

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-26 04:10

amagi 发表于 2019-9-25 09:31
老师限制势方式是不是在mdp里设置position restrained呀
我一直用的是在mdp里写freeze group

位置限制体现在拓扑文件里，手册里搜position restraint

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