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标题: 体系半径的计算问题 [打印本页]

作者
Author: mjluan 时间: 2019-9-24 18:02
标题: 体系半径的计算问题
老师您好，我构建了一个类似球状的包含一个蛋白质分子的水盒子液滴，我的md过程是让水分子一点点蒸发，液滴半径不断缩小，而且我的模拟过程是分为几十个500ps的小段的，每个小段模拟结束会删除跑走的水分子，我现在想计算一下液滴半径随时间的变化曲线，或者如果可以计算某个时刻的液滴半径也行，请问可以通过什么方式呢，我有想过合并xtc文件然后进行Rg的分析，但是由于每个小段的top文件水分子数都不一样，所以也没办法合并xtc文件，想请教老师有没有更好的分析手段呢，谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-25 01:55
pairdist命令的-type max可以考察最大距离的变化

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