计算化学公社

标题: 求助：怎么让盒子内的分子有序排列？ [打印本页]

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-9-24 23:07
标题: 求助：怎么让盒子内的分子有序排列？
看到文献中的分子链都是平行排列的
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通过packmol生成的是随机的，即使是限制平行于z轴也会是杂乱的，请问要怎么生成像这种平行排列的？
(, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-25 01:53
使用constrain_rotation避免随意旋转，或者定义两端的原子出现的盒子位置范围

这里都提了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-9-25 20:10

sobereva 发表于 2019-9-25 01:53
使用constrain_rotation避免随意旋转，或者定义两端的原子出现的盒子位置范围

这里都提了

谢谢老师，之前限制加的不对，现在好了

作者
Author: 暖空 时间: 2019-9-25 22:08

sobereva 发表于 2019-9-25 01:53
使用constrain_rotation避免随意旋转，或者定义两端的原子出现的盒子位置范围

这里都提了

sob老师好，我想模拟纯有机分子的固态发光性能，打算在晶体结构的基础上用QM/MM来考虑MM层分子对QM层分子的影响，但是实验文献中没有给出单晶结构。请问可以用Packmol先跑一个有序排列的结构，再在NPT下跑一下MD，然后在跑完MD得到结构的基础上再做QM/MM可以么？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-26 03:44

暖空发表于 2019-9-25 22:08
sob老师好，我想模拟纯有机分子的固态发光性能，打算在晶体结构的基础上用QM/MM来考虑MM层分子对QM层分子 ...

可以试试，但跑成理想的晶体没那么容易

作者
Author: 暖空 时间: 2019-9-26 09:57

sobereva 发表于 2019-9-26 03:44
可以试试，但跑成理想的晶体没那么容易

好的，谢谢老师。

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