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标题: 温度平衡之后盒子中分子的位置出现异常 [打印本页]

作者
Author: 乐嘻嘻嘻 时间: 2019-9-25 09:01
标题: 温度平衡之后盒子中分子的位置出现异常
温度平衡后盒子中分子的位置出现了异常，nvt.mdp文件如图。初学gromacs，麻烦大家

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-9-25 10:26
保持分子完整性看看什么样

作者
Author: 乐嘻嘻嘻 时间: 2019-9-25 14:27

少年爱吃地三鲜发表于 2019-9-25 10:26
保持分子完整性看看什么样

能麻烦问一下，我应该设置什么来保持分子完整性呢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-26 04:26
异常指的什么？如果是粒子跨越盒子，用trjconv的-pbc选项修正就完了
如果你是指的没有紧密排布，那是因为你用了太大的盒子，还没开控压

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-9-26 10:48
gmx trjconv -f *.xtc -s *.tpr -pbc mol -o *.xtc

作者
Author: 乐嘻嘻嘻 时间: 2019-9-26 14:30

少年爱吃地三鲜发表于 2019-9-26 10:48
gmx trjconv -f *.xtc -s *.tpr -pbc mol -o *.xtc

非常感谢

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