计算化学公社

标题: 请问从何种角度去比较两个络合反应的速度呢？ [打印本页]

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-7-17 17:56
标题: 请问从何种角度去比较两个络合反应的速度呢？
比如Cu离子和两种不同的配体络合反应？
看文献发现有的络合物虽然更稳定，但是络合反应较慢；反之，有的不够稳定但是很快。
谢谢sob老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-17 22:21
稳定性一般就计算配位能。
但络合反应速度比较复杂，从量化上不太好考虑。虽然可以做从头算（或半经验）动力学模拟来考察，但很昂贵。

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-7-18 16:53
本帖最后由 lastzealot 于 2015-7-18 20:01 编辑

sobereva 发表于 2015-7-17 22:21
稳定性一般就计算配位能。
但络合反应速度比较复杂，从量化上不太好考虑。虽然可以做从头算（或半经验）动 ...

谢谢老师
反应速率快慢我不大清楚是各种机理。
可否从过渡态或通过逐渐靠近过程中能量变化快慢的角度来分析。
我看有的文献中，固定金属与配体中某一个原子之间的距离，优化结构并计算能量；然后改变距离继续计算优化后的能量，用体系能量和距离做曲线，能量变化平缓的的反应速度快。
不知道是否合理？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-19 07:39

lastzealot 发表于 2015-7-18 16:53
谢谢老师
反应速率快慢我不大清楚是各种机理。
可否从过渡态或通过逐渐靠近过程中能量变化快慢的角度 ...

你说的就是金属和配体距离间的柔性扫描
如果文献用这种方法得到的结论比较合理，能被实验数据所支持，你也可以效仿。

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-7-19 09:46

sobereva 发表于 2015-7-19 07:39
你说的就是金属和配体距离间的柔性扫描
如果文献用这种方法得到的结论比较合理，能被实验数据所支持，你 ...

谢谢老师
请问柔性扫描有啥关键词没？需要注意什么

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-19 11:05

lastzealot 发表于 2015-7-19 09:46
谢谢老师
请问柔性扫描有啥关键词没？需要注意什么

柔性扫描会的每一步会对非扫描的变量进行优化，必须在冗余内坐标下进行。写opt=modredundant，然后在分子坐标后面空一行写要扫描的变量。
原子1 原子2 [原子3] [原子4] [初值] S 步数步长
例如17 15 1 2 0.0 S 18 10.0表示扫描7-15-1-2二面角，起始值为0.0，18步，步长10度
例如3 5 S 15 0.1代表扫描3-5键长，起始值就是坐标里定义的值，15步，每步0.1埃。

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-7-19 16:25
本帖最后由 lastzealot 于 2015-7-19 16:59 编辑

sobereva 发表于 2015-7-19 11:05
柔性扫描会的每一步会对非扫描的变量进行优化，必须在冗余内坐标下进行。写opt=modredundant，然后在分子 ...

谢谢老师
比如如果步数10次，那么是不是会出现十个优化后的输出文件呢？我想知道每一步的能量。
还有就是，如果其中某一步的优化没有成功，会咋样呢？

谢谢老师，麻烦您了。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-19 18:38

lastzealot 发表于 2015-7-19 16:25
谢谢老师
比如如果步数10次，那么是不是会出现十个优化后的输出文件呢？我想知道每一步的能量。
还有就 ...

只有一个输出文件，最后会有汇总，告诉你每一步柔性扫描的能量，用gview也可以看到扫描曲线。
其中一个优化失败任务就停止。

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-7-19 20:14

sobereva 发表于 2015-7-19 18:38
只有一个输出文件，最后会有汇总，告诉你每一步柔性扫描的能量，用gview也可以看到扫描曲线。
其中一个 ...

谢谢sob老师您太给力了

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