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标题: 求助含1 M NaCl 的水溶液里Na+和Cl-的RDF计算的峰高问题 [打印本页]

作者
Author: noir 时间: 2019-9-26 10:50
标题: 求助含1 M NaCl 的水溶液里Na+和Cl-的RDF计算的峰高问题
我模拟了一个含有 1 M NaCl 的水溶液在 298 K，1 atm 下的体系，经过 min，nvt，npt 后，跑了 1 ns。计算此平衡状态下密度为 1026 kg/m^3，做 Na-Ow 的 RDF，均与文献一致，但是做 Na-Cl 的 RDF，峰位置与文献接近，但是峰高却远高于文献值。
(, 下载次数 Times of downloads: 36) 想问一下这是怎么回事，或者是计算 RDF 的方法有问题？跑平衡的命令为

gmx grompp -f min.mdp -o min -pp min -po min -c solution.gro
gmx mdrun -v -deffnm min
gmx grompp -f nvt.mdp -o nvt -pp nvt -po nvt -c min -t min
gmx mdrun -deffnm nvt
gmx grompp -f npt.mdp -o npt -pp npt -po npt -c nvt -t nvt
gmx mdrun -deffnm npt
gmx grompp -f prd.mdp -o prd -pp prd -po prd -c npt -t npt
gmx mdrun -deffnm prd

复制代码

计算 RDF 的命令为

gmx make_ndx -f prd.gro -o solution.ndx
gmx rdf -f prd.xtc -s prd.tpr -o gr-Na-Cl.xvg -cn Nr-Na-Cl.xvg -n solution.ndx
gmx rdf -f prd.xtc -s prd.tpr -o gr-Na-wat.xvg -cn Nr-Na-wat.xvg -n solution.ndx

复制代码

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作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-27 02:46
用的力场，水模型、计算非键作用的方法和设定等等都会明显影响这种问题。光看你的文件看不出什么

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