计算化学公社

标题: 研究不同压力和温度时分子动力学的初始模型选择的问题 [打印本页]

作者
Author: huangyoyo 时间: 2019-9-27 15:39
标题: 研究不同压力和温度时分子动力学的初始模型选择的问题
想研究某个物质50-300GPa，300K-600K之间的结构变化以及相关的一些性质，那么我们初始结构可以选择别人做MD的结果么？目前有人用MD研究从3GPa-60Gpa,100K-300K的结构变化，我可以直接拿他50GPa，300K的结构作为我的初始结构么？（重新在该条件下跑一遍MD以保证这个结构的稳定性），还是说我需要从实验结果出发，目前做到15GPa，300K。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-28 02:57
如果你用的力场、各种计算细节设定都和原文里一样或非常接近，用文章里直接给的结构当初始结构即可

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“分子动力学的初始模型选择”改了，以后务必注意

作者
Author: huangyoyo 时间: 2020-3-19 22:58

sobereva 发表于 2019-9-28 02:57
如果你用的力场、各种计算细节设定都和原文里一样或非常接近，用文章里直接给的结构当初始结构即可

如置 ...

如果这个初始结构是压力为5GPa的结构，我想通过分子动力学得到他600GPa的结构，设置多大的压力间隔较为合适？或者可以直接把压力设置到600GPa，延长模拟的时间？我之前一直是压力间隔设置为50，跑一次需要一个星期，跑到600GPa差不多需要两个月。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-22 15:30

huangyoyo 发表于 2020-3-19 22:58
如果这个初始结构是压力为5GPa的结构，我想通过分子动力学得到他600GPa的结构，设置多大的压力间隔较为合 ...

先直接跑600GPa，看看结果，之后觉得有必要的话再在之间插一些点

作者
Author: huangyoyo 时间: 2020-7-1 11:48

sobereva 发表于 2020-3-22 15:30
先直接跑600GPa，看看结果，之后觉得有必要的话再在之间插一些点

初始为5Gpa的结构，压力设置为600GPa的话会直接报错，只能将间隔设置为10-50Gpa。但是，当压力大概到300GPa左右，即使把间隔设置成5GPa最终也会报错（比如我INCAR中设置跑10000步，可能跑到几千步就报错停止了），想请问下这主要是什么原因，需要如何解决？

作者
Author: yygong 时间: 2022-8-6 14:26
请问，能发下相关论文连接吗？这个MD是Gromacs计算的？

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