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标题: 求助模拟离子液体的分子力场的选择 [打印本页]

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-9-28 09:56
标题: 求助模拟离子液体的分子力场的选择
老师您好，请问在模拟离子液体时，选用什么力场比较合适？我用的软件是gromacs，请问可以用amber力场吗？

作者
Author: 紫丹渡津 时间: 2019-9-28 11:25
用OPLSAA

https://github.com/orlandoacevedo/IL

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-28 13:41
GAFF也可以，但是不能有硼
参考DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b00689

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-9-28 13:55

sobereva 发表于 2019-9-28 13:41
GAFF也可以，但是不能有硼
参考DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b00689

谢谢老师的解答！请问AMBER是不可以的吗？

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-9-28 13:56

sobereva 发表于 2019-9-28 13:41
GAFF也可以，但是不能有硼
参考DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b00689

我记得也在文献中看到过用AMBER的。

作者
Author: naoki 时间: 2019-9-28 14:31
OPLSAA用得比较多

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-9-28 14:45

sobereva 发表于 2019-9-28 13:41
GAFF也可以，但是不能有硼
参考DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b00689

请问老师，oplsaa力场文件的原子类型的描述太少了，有没有详细的参考文献可供参考呢?

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-9-28 15:13

naoki 发表于 2019-9-28 14:31
OPLSAA用得比较多

请问胺溶液也适用吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-29 02:06

模拟小菜鸟发表于 2019-9-28 13:55
谢谢老师的解答！请问AMBER是不可以的吗？

AMBER是给生物分子体系用的，GAFF是对AMBER的广义化，新添了更多原子类型和参数，专门描述五花八门的有机分子。描述离子液体用AMBER而不用GAFF是很莫名其妙的事

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-9-29 09:18

少年爱吃地三鲜发表于 2019-9-28 14:45
请问老师，oplsaa力场文件的原子类型的描述太少了，有没有详细的参考文献可供参考呢?

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-9-29 09:34

模拟小菜鸟发表于 2019-9-28 13:55
谢谢老师的解答！请问AMBER是不可以的吗？

你搜索一下GAFF的全称再问这个问题

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