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标题: 求助Born-Oppenheimer 分子动力学模拟均方根偏差值(RMSD) [打印本页]

作者
Author: zidu113 时间: 2015-7-17 22:26
标题: 求助Born-Oppenheimer 分子动力学模拟均方根偏差值(RMSD)
本帖最后由 zidu113 于 2015-7-17 22:34 编辑

各位老师：
      学生近来看一篇文献，文献作者对计算叙述如下：
      为了进一步评估 P-01 异构体的动力学稳定性，我们对 ptC（平面四配位碳分子）在 323K 和 373K温度下进行了 Born-Oppenheimer 分子动力学模拟。在 B3LYP/6-31G(d)水平下所产生的动力学模拟,如图 1 和  2，轨迹中较小的均方根偏差值(RMSD)显示了ptC分子在30ps时间段下能够保持完好。动力学模拟轨迹暗示了每个ptC结构有很好的动力学稳定性。

请教1：看上下文，作者说所有计算都使用Gaussian一03程序包完成。想知道，作者是怎样使用Gaussian一03作出以下均方根偏差值(RMSD)图的？
  请教2：作者根据下图3说：
      直接的Bom一oppenheimer分子动力学模拟(BoMD 轨迹计算表明closo(4)一closo(4)型Al8H12内在是很稳定的,它在300K时至少能存在9.2Ps(图4.5)。
      想问下图3怎么能看出Al8H12是稳定的？标准是什么？图3也是使用Gaussian一03作出的吗》

作者
Author: stecue 时间: 2015-7-18 02:23
RMSD可以用VMD计算出来（注意要先align)。我反正是从来没用过Gaussian干过这事儿。这篇文章可能只是“计算”用的是Gaussian，而“分析结果”不一定吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-18 05:53
先把高斯的轨迹用这个工具转换为pdb轨迹：
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126

再用VMD载入此轨迹，进extensions-analysis-trajectory tool，取消noh复选框，点ALIGN，然后点plot复选框，再点RMSD，就可以看到这种RMSD图，默认是相对于第一帧作的RMSD图。

光从这样的图没法简单判断稳不稳定，RMSD图一定要结合轨迹来看、来讨论。

能量波动曲线用gview载入文件选results-trajectory就能看到。

作者
Author: zidu113 时间: 2015-7-18 08:22

sobereva 发表于 2015-7-18 05:53
先把高斯的轨迹用这个工具转换为pdb轨迹：
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
htt ...

太谢谢sobereva 老师的及时回复了，明白了很多，但是还是有一些疑问。
疑问一：您说：“光从这样的图没法简单判断稳定不稳定，RMSD图一定要结合轨迹来看、来讨论”。能大致展开说说吗？我看文献中的作者好像只是说；“由于较小的均方根偏差值(RMSD)，显示了ptC分子在30ps时间段下能够保持完好”。作者光根据均方根偏差值这样解释图一，图二合理吗？所谓的较小的均方根偏差值，较小的均方根偏差值的标准是什么？
疑问二：根据图三，作者说：直接的Bom一oppenheimer分子动力学模拟(BoMD)轨迹计算表明closo(4)一closo(4)型Al8H12内在是很稳定的,它在700K时至少能存在7ps。请问sobereva老师，作者这样解释图三有道理吗？如果有道理，作者又是怎么看出Al8H12在700K时至少能存在7ps，如何判断图三在7ps内和7ps以外能量波动差别？

作者
Author: zidu113 时间: 2015-7-18 08:22

stecue 发表于 2015-7-18 02:23
RMSD可以用VMD计算出来（注意要先align)。我反正是从来没用过Gaussian干过这事儿。这篇文章可能只是“计算 ...

谢谢您的回复。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-18 08:53

zidu113 发表于 2015-7-18 08:22
太谢谢sobereva 老师的及时回复了，明白了很多，但是还是有一些疑问。
疑问一：您说：“光从这样 ...

你得看轨迹，如果轨迹上看在7ps后结构完蛋了，从曲线图上看又趋势突然发生了明显波动，那就很明确了。

培训班结束之前都特别忙，没时间仔细说。

作者
Author: zidu113 时间: 2015-7-18 08:58

sobereva 发表于 2015-7-18 08:53
你得看轨迹，如果轨迹上看在7ps后结构完蛋了，从曲线图上看又趋势突然发生了明显波动，那就很明确了。

...

，谢谢sobereva 老师，言简意赅，明白了。

作者
Author: 3044305615 时间: 2016-1-8 15:39

zidu113 发表于 2015-7-18 08:58
，谢谢sobereva 老师，言简意赅，明白了。

你好，请问你看的那个文章，可以把名字或者链接给我么，谢谢。

作者
Author: zidu113 时间: 2016-1-10 09:49

3044305615 发表于 2016-1-8 15:39
你好，请问你看的那个文章，可以把名字或者链接给我么，谢谢。

不好意思，回复的晚了。我是在一篇博士论文中看的，博士论文的名称是关于铝烷的类硼性的理论研究。

作者
Author: 3044305615 时间: 2016-1-28 08:58

zidu113 发表于 2016-1-10 09:49
不好意思，回复的晚了。我是在一篇博士论文中看的，博士论文的名称是关于铝烷的类硼性的理论研究。

哈哈谢谢您，我也是不总上来

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