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标题: 求助！跑完nvt后，阳离子为什么聚集在一起了 [打印本页]

作者
Author: sjl 时间: 2019-9-30 09:02
标题: 求助！跑完nvt后，阳离子为什么聚集在一起了
各位老师同学们好：

      在gromacs中跑完nvt后。水溶液中出现了钠离子聚集在一起的现象，如图的左边，这是为什么呢？是否与非键参数（采用amber中的非键参数）的设置有关系？

      另外，我想分析沸石（图中间部分）与其孔道内离子的相互作用能，那是应该分析孔道内全部离子与骨架的相互作用能，还是分析孔道内一个离子与骨架的相互作用能呢？我只是想通过这个判断沸石骨架与不同阳离子结合能力的强弱。

      希望哪位大神能够帮忙解答一下，谢谢！

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作者
Author: yuclark 时间: 2019-9-30 21:21
请问沸石的力场参数您是自己写的还是从相关网站上下载的（若果是能否发一下网址），谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-1 02:43
1 仔细检查拓扑文件内容，看看电荷设置。钠离子都带正电荷，正常情况下靠静电互斥绝对不可能堆在一起（除非那一团里面还有阴离子，相当于出现了盐的结晶）

2 一个

作者
Author: sjl 时间: 2019-10-9 18:37

sobereva 发表于 2019-10-1 02:43
1 仔细检查拓扑文件内容，看看电荷设置。钠离子都带正电荷，正常情况下靠静电互斥绝对不可能堆在一起（除非 ...

sob老师您好：
top文件中电荷设置正确，那一团中的确存在阴离子（氯离子）、可是为什么会出现盐的结晶呢？（我算过，并未超过其溶解度）

作者
Author: sjl 时间: 2019-10-9 18:39

yuclark 发表于 2019-9-30 21:21
请问沸石的力场参数您是自己写的还是从相关网站上下载的（若果是能否发一下网址），谢谢！

我用的clayff力场，可以参考这篇文献：Molecular Models of Hydroxide, Oxyhydroxide, and Clay Phases and the Development of a General Force Field

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-10 09:14

sjl 发表于 2019-10-9 18:37
sob老师您好：
top文件中电荷设置正确，那一团中的确存在阴离子（氯离子）、可是为什么会出现盐的 ...

amber力场的离子参数有的不太合理，浓度高的时候容易产生虚假的结晶现象。可以降低浓度或者尝试别的力场

作者
Author: sjl 时间: 2019-10-10 10:39

sobereva 发表于 2019-10-10 09:14
amber力场的离子参数有的不太合理，浓度高的时候容易产生虚假的结晶现象。可以降低浓度或者尝试别的力场

好的，谢谢sob老师！

作者
Author: yuclark 时间: 2019-10-11 13:35

sjl 发表于 2019-10-9 18:39
我用的clayff力场，可以参考这篇文献：Molecular Models of Hydroxide, Oxyhydroxide, and Clay Phases a ...

好的，多谢！

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