计算化学公社

标题: 关于谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算“的例子中的问题 [打印本页]

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-10-2 15:46
标题: 关于谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算“的例子中的问题
求助:
Sob老师在

中的最后给出了一个计算的例子，其中2、3、4都是依据1中优化出来的结构来计算的，是不是因为环氧乙烷作为中性分子受到溶剂对其分子构型的影响小至可以忽略的原因呢？对于一般的离子体系，很有可能在真空中和在溶剂中的最优构型完全不同，是不是最好在计算气相标况自由能的时候基于真空来优化分子构性；而计算溶解自由能的时候，先对于真空条件下优化好的分子计算其自由能，然后再在加了溶剂模型下重新优化分子构型之后，再来计算其电子能量呢？最后再将二者相加再加1.89kcal/mol，这样算对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-2 16:51
想多了
你这样做结果更差。文中的做法是严格的

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-10-2 20:50

sobereva 发表于 2019-10-2 16:51
想多了
你这样做结果更差。文中的做法是严格的

噢噢噢。不好意思，才看到：溶质分子在溶剂环境下的总能量Etot=溶剂化能deltaG(solv)+相同构象但是在真空中的能量Evac。

不好意思!

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-10-2 21:12

sobereva 发表于 2019-10-2 16:51
想多了
你这样做结果更差。文中的做法是严格的

对了，在您给的例子里没有看到关于频率因子的关键词（scale=...），是不需要么？

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-10-2 21:30

Kellyyyy 发表于 2019-10-2 20:50
噢噢噢。不好意思，才看到：溶质分子在溶剂环境下的总能量Etot=溶剂化能deltaG(solv)+相同构象但是在真空 ...

还有就是对于温度的考虑。只需要在1中加上temperature吗？
后面算真空下的电子能量和溶解自由能就不需要添加该关键词了吗？那结果也会包含温度对热力学的影响吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-3 03:15

Kellyyyy 发表于 2019-10-2 21:12
对了，在您给的例子里没有看到关于频率因子的关键词（scale=...），是不需要么？

影响不是特别大，就忽略了。加的话原理上有好处

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-3 03:24

Kellyyyy 发表于 2019-10-2 21:30
还有就是对于温度的考虑。只需要在1中加上temperature吗？
后面算真空下的电子能量和溶解自由能就不需要 ...

默认是常温

严格来说没有办法计算非常温的溶剂下的自由能，因为这些隐式溶剂模型都是对常温参数化的，就算你气相自由能是其它温度的，溶解自由能这部分也没法严格算其它温度的

温度与电子能量的关系仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423（http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html）

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-10-3 11:36

sobereva 发表于 2019-10-3 03:15
影响不是特别大，就忽略了。加的话原理上有好处

哦哦，知道了

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-10-3 11:41

sobereva 发表于 2019-10-3 03:24
默认是常温

严格来说没有办法计算非常温的溶剂下的自由能，因为这些隐式溶剂模型都是对常温参数化的， ...

噢噢噢。

仿照您的例子想做一个计算，输入文件指令如下：

#P UB3LYP/6-311++G** em=GD3BJ opt freq scrf（SMD,solvent=water）

但是一传到集群上的Linux系统上计算，立即错误终止：

QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#P UB3LYP/6-311++G** em=GD3BJ opt freq s

Last state="GCL"
TCursr= 1046 LCursr= 23

这是为什么呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-4 04:44

Kellyyyy 发表于 2019-10-3 11:41
噢噢噢。

仿照您的例子想做一个计算，输入文件指令如下：

括号打成全角了

另外如果用的是G09 D.01以前的版本，没法用D3校正

没事甭给氢用弥散，这里明确说了
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-10-4 20:47

sobereva 发表于 2019-10-4 04:44
括号打成全角了

另外如果用的是G09 D.01以前的版本，没法用D3校正

您说得对，集群上的版本是A01，不支持D3校正。。。
那么除了用B3LYP+D3以外，还有其它A01也支持的方式吗？

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-10-4 21:04

sobereva 发表于 2019-10-4 04:44
括号打成全角了

另外如果用的是G09 D.01以前的版本，没法用D3校正

那么可以直接用M06-2X代替b3lyp+d3来计算ZPE吗？

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-10-4 21:16

sobereva 发表于 2019-10-4 04:44
括号打成全角了

另外如果用的是G09 D.01以前的版本，没法用D3校正

还有想请教一下：
用频率因子对热力学参数进行校正的时候，你说到最好的方法是用Gaussian自带的freqchk工具，它会从chk文件中读取储存的Hessian矩阵并作分析。启动它之后，输入chk文件路径，然后依次输入
N //不输出Hyperchem文件
323 //温度。如果输入0则为默认的298.15K
1 //压力。如果输入0则为默认的1atm
0.8905 //校正因子
[回车]
[回车]

能否举一个简单的例子说明如何用Gaussian自带的freqchk工具（这个是什么）呢？如何在上一个频率因子校正完频率之后的基础上重新输入另一个热力学参数校正因子再算呢（即gjf的前几行包括调用等怎么写）？

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2019-10-5 05:07

Kellyyyy 发表于 2019-10-4 20:47
您说得对，集群上的版本是A01，不支持D3校正。。。
那么除了用B3LYP+D3以外，还有其它A01也支持的方式吗 ...

给自己目录下装一个高级版本就好了 m062x我记得也是晚一点的版本才有的估计A01没有

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-5 05:21

Kellyyyy 发表于 2019-10-4 21:04
那么可以直接用M06-2X代替b3lyp+d3来计算ZPE吗？

可以。或者用wB97XD

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-5 05:21

Kellyyyy 发表于 2019-10-4 21:16
还有想请教一下：
用频率因子对热力学参数进行校正的时候，你说到最好的方法是用Gaussian自带的freqchk ...

没法说得更清楚了
做个freq任务显然就有含有Hessian的chk文件

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-10-5 06:20

sobereva 发表于 2019-10-5 05:21
可以。或者用wB97XD

这个可以在A01上使用哈？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-5 06:54

Kellyyyy 发表于 2019-10-5 06:20
这个可以在A01上使用哈？

just try

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-10-5 23:12

sobereva 发表于 2019-10-5 06:54
just try

抱歉，还是不大会在零点能校正和构型优化了的基础上，直接更换热力学校正因子。

%oldchk=C:\Users\K\Desktop\20191003\irc1\1narawopt-2.chk
N
303.15
1
1.0102

直接就终止了。
Route card not found.
Error termination

所以，求助

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-6 07:10

Kellyyyy 发表于 2019-10-5 23:12
抱歉，还是不大会在零点能校正和构型优化了的基础上，直接更换热力学校正因子。

%oldchk=C:%users\K\D ...

完全不知道你想做什么
用freqchk按照提示敲就完了

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-10-24 23:18
您好！按照您给的算例已经把反应物和产物的能量算完了。在计算过渡态的能量时候出现了一些问题，最终计算终止：
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.

不知道这是什么原因呢？
输入文件是：
#p opt freq ub3lyp/6-311++g(d,p) scrf=(solvent=water,smd) geom=connect
ivity em=gd3bj scale=0.9887 temperature=303.15

不知道计算过渡态的能量与计算其他稳定化合物的能量有什么区别吗？
还烦请sob大神给与解答，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-26 04:53

Kellyyyy 发表于 2019-10-24 23:18
您好！按照您给的算例已经把反应物和产物的能量算完了。在计算过渡态的能量时候出现了一些问题，最终计算终 ...

这不是报错
没完整输出文件看不出来
没有区别

没事别给氢加弥散函数，这里说了
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

另外，频率校正因子是对气相下拟合的，对于隐式溶剂下的势能面不一定适用。如果你想直接得到算热力学数据，去掉更妥

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-10-27 11:11
哦哦，谢谢你！那我再试试。

还想请问一下，模拟出来了物质的紫外吸收谱图之后，能够通过计算得到该物质的摩尔吸光系数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-28 01:36

Kellyyyy 发表于 2019-10-27 11:11
哦哦，谢谢你！那我再试试。

还想请问一下，模拟出来了物质的紫外吸收谱图之后，能够通过计算得到该物质 ...

模拟出的紫外谱的纵坐标本身就对应摩尔吸收系数epsilon，此文说了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224

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