计算化学公社

标题: 计算模拟轨迹中蛋白质各残基RMSF的VMD脚本 [打印本页]

作者
Author: ene 时间: 2019-10-2 18:39
标题: 计算模拟轨迹中蛋白质各残基RMSF的VMD脚本
本帖最后由 ene 于 2019-10-2 21:06 编辑

今天看到有人问怎么使用VMD计算模拟中蛋白质每个残基的RMSF。由于vmd只能够计算单个原子的RMSF，所以要对残基中每个原子的RMSF做平方平均才能够得到残基RMSF。对应的TCL脚本可以在这里下载：
(, 下载次数 Times of downloads: 443)

脚本里面outfile定义了输出文件名，start_frame，end_frame，step分别是计算RMSF所使用的初始帧数，结束帧数和每隔多少步取一个构象用来计算。sel是要分析RMSF的结构，一般定义成蛋白质。
对泛素（1UBQ）的模拟轨迹的计算结果：

(, 下载次数 Times of downloads: 240)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-3 03:07
顺带一提对于gromacs用户，用gmx rmsf加上-res可以直接算

作者
Author: ene 时间: 2019-10-3 09:02

sobereva 发表于 2019-10-3 03:07
顺带一提对于gromacs用户，用gmx rmsf加上-res可以直接算

gmx这些分析工具确实方便

作者
Author: WB1040720479 时间: 2022-2-17 15:21
请问单个原子的RMSF在VMD中如何计算呀？

作者
Author: boxhan_147 时间: 2022-11-20 16:34

WB1040720479 发表于 2022-2-17 15:21
请问单个原子的RMSF在VMD中如何计算呀？

同学麻烦请问您会单个原子的rmsf的怎么计算了吗

作者
Author: 睎xii 时间: 2022-12-20 21:05
对单个原子的 RMSF 求平方平均就是残基的 RMSF?

作者
Author: dxf 时间: 2024-6-23 16:10

sobereva 发表于 2019-10-3 03:07
顺带一提对于gromacs用户，用gmx rmsf加上-res可以直接算

请问老师，我的命令是gmx_mpi rmsf -f md_50a.xtc -s md_50.tpr -o rmsf_residues.xvg -res，还是需要我选组，这个要怎么操作呀

Command line:
  gmx_mpi rmsf -f md_50a.xtc -s md_50.tpr -o rmsf_residues.xvg -res

Reading file md_50.tpr, VERSION 2024.2 (single precision)
Reading file md_50.tpr, VERSION 2024.2 (single precision)
Select group(s) for root mean square calculation
Group    0 (       System) has 36460 elements
Group    1 (       Protein) has  3158 elements
Group    2 (    Protein-H) has  1567 elements
Group    3 (       C-alpha) has 202 elements
Group    4 (    Backbone) has 606 elements
Group    5 (    MainChain) has 809 elements
Group    6 ( MainChain+Cb) has 992 elements
Group    7 ( MainChain+H) has  1002 elements
Group    8 (    SideChain) has  2156 elements
Group    9 ( SideChain-H) has 758 elements
Group 10 ( Prot-Masses) has  3158 elements
Group 11 ( non-Protein) has 33302 elements
Group 12 (       Water) has 33297 elements
Group 13 (          SOL) has 33297 elements
Group 14 (    non-Water) has  3163 elements
Group 15 (          Ion) has    5 elements
Group 16 ( Water_and_ions) has 33302 elements
Select a group: 1
Selected 1: 'Protein'
Last frame    5000 time 50000.000

作者
Author: dxf 时间: 2024-6-23 16:38

dxf 发表于 2024-6-23 16:10
请问老师，我的命令是gmx_mpi rmsf -f md_50a.xtc -s md_50.tpr -o rmsf_residues.xvg -res，还是需要我 ...

已解决，谢谢老师

作者
Author: boinboinxu 时间: 2025-7-8 09:15
请问使用这个脚本计算得到的RMSF单位就是Å吗？

作者
Author: JCenter 时间: 2026-3-15 01:24

sobereva 发表于 2019-10-3 03:07
顺带一提对于gromacs用户，用gmx rmsf加上-res可以直接算

卢老师，请教您一个问题。gmx rmsf计算得到的是原子组中每个原子的rmsf值。加了-res后，计算的应该是原子组中在拓扑文件中具有相同Residue ID的所有原子的整体rmsf。那计算这个整体的rmsf时，是采用的质量加权平均还是单纯取平均（rmsf1+.....+rmsfn）/n呢

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-15 02:42

JCenter 发表于 2026-3-15 01:24
卢老师，请教您一个问题。gmx rmsf计算得到的是原子组中每个原子的rmsf值。加了-res后，计算的应该是原子 ...

没有质量加权

作者
Author: JCenter 时间: 2026-3-15 12:28

sobereva 发表于 2026-3-15 02:42
没有质量加权

感谢卢老师

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