计算化学公社

标题: 求助Polyrate 2015的安装 [打印本页]

作者
Author: ximi1986 时间: 2015-7-19 10:40
标题: 求助Polyrate 2015的安装
Sob老师曾经推荐过Win平台下计算Rate Constant的软件Kistelp,简单易用，但是我想将计算结果和Polyrate比较下，我个人觉得两款软件的主要差别可能在于tunnelling的修正。

polyrate是从其官网，通过申请得到的，还是比较方便的，版本是最新的2015。我的操作系统是ubuntu kylin 15.04的,按照Manual进行解压，./configure。产生的是RP-VTST的makefile。找到编译器是GNU fortran compiler、MPI compiler、GNU C compiler 以及 MPI C compiler，最后显示Makefile 正常安装。在polyrate2015/usr 下面，我检查了下Makefile, 有flag -fno-automatic的显示。

但是运行 textrun的时候遇到错误：
gmake: command not found
我搜索了下，网上说应该用 make 取代 gmake, 采用命令 sudo ln -s /usr/bin/make /usr/bin/gmake
但是运行完后出现 gmake -s // gmake[1]: C：命令为找到...CP:无法获取“poly.000/poly.fu6”的文件状态（stat）:没有那个文件或目录

想请教大家介绍下安装经验或者有什么办法解决这个错误

谢谢~~~~~

作者
Author: ximi1986 时间: 2015-7-19 11:17
我也是醉了，居然又可以运行了。除了第一个ch3文件的.jc文件，后面几个文件夹.jc文件都可以正常运行，与testo文件对比也是正确的。但是把nproc 的值调整>1就会出现类似错误。。但是mpirun 我运行test 里面的 hello_c是通过的...再想想...

作者
Author: 福建会 时间: 2016-4-14 18:54
您好！我是西安交大的研究生，我也想学习polyrate，您能不能给我发一份polyrate的软件包呢？
我的邮箱是y_f_y@sina.cn非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-14 20:52

福建会发表于 2016-4-14 18:54
您好！我是西安交大的研究生，我也想学习polyrate，您能不能给我发一份polyrate的软件包呢？
我的邮箱是非 ...

到这里免费申请就行了，很简单
http://comp.chem.umn.edu/polyrate/

作者
Author: 福建会 时间: 2016-4-14 21:10

sobereva 发表于 2016-4-14 20:52
到这里免费申请就行了，很简单
http://comp.chem.umn.edu/polyrate/

谢谢！

作者
Author: plus 时间: 2016-5-9 23:24
谁有makefile给我一份，自动生成的好像问题很大。

作者
Author: arsc 时间: 2016-5-29 16:38

plus 发表于 2016-5-9 23:24
谁有makefile给我一份，自动生成的好像问题很大。

錯誤的訊息是什麼? 你用哪一個FORTRAN compiler?

作者
Author: plus 时间: 2016-6-1 10:50

arsc 发表于 2016-5-29 16:38
錯誤的訊息是什麼? 你用哪一個FORTRAN compiler?

我打算安装RP-VSVT，configure提示是串行的

Starting from version 2008, POLYRATE has two kinds of executables:

1. RP-VTST for reactions with potential energy barriers (serial code)
2. VRC-VTST for barrierless bimolecular association reactions (MPI code)

识别的编译器,mpi的编译器也是intel2013
....found Intel Fortran compiler - ifort :/share/apps/intel2013/composer_xe_2013.1.117/bin/intel64/ifort
....found MPI compiler :/share/home/li/PROGRAMS/openmpi-1.8.1/bin/mpif77
....found Intel C compiler :/share/apps/intel2013/composer_xe_2013.1.117/bin/intel64/icc
....found MPI C compiler :/share/home/li/PROGRAMS/openmpi-1.8.1/mpicc

我也试过impi 4.0的并行环境。

自动产生的Makefile里面也没有设定并行编译器
F77C = /share/apps/intel2013/composer_xe_2013.1.117/bin/intel64/ifort -O -save
CC    = /share/apps/intel2013/composer_xe_2013.1.117/bin/intel64/icc
VERSION =2015
VPATH = ../poten

可是编译的时候，却有并行选项
poly_mpi.o: poly_mpi.F
      $(MPIF77C) -c poly_mpi.F

$(CH3PEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o vrctst_mpi.o ch3.o
      $(MPIF77C) -o $(CH3PEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o vrctst_mpi.o ch3.o $(SPRNGLIB)
......
CH5P:
      gmake -s $(CH5PEXE)
$(CH5PEXE):$(OBJ) poly_mpi.o ch5.o
      $(MPIF77C) -o $(CH5PEXE) $(OBJ) poly_mpi.o ch5.o
......

make的结果
c poly_mpi.F
make: c: Command not found
make: [poly_mpi.o] Error 127 (ignored)

没设定MPIF77当然会出错。
若在makefile加上MPIF77
MPIF77C =/share/home/li/PROGRAMS/openmpi-1.8.1/bin/mpif77

编译出错
/share/home/li/PROGRAMS/openmpi-1.8.1/bin/mpif77 -c poly_mpi.F
poly_mpi.F(3): error #7002: Error in opening the compiled module file.  Check INCLUDE paths. [PERCONPARAM]
   use perconparam
----------^
poly_mpi.F(4): error #7002: Error in opening the compiled module file.  Check INCLUDE paths. [KINTCM]
   use kintcm
----------^
....

好像是.F, .f90没有编译

问题太多了，不知道从哪里下手

作者
Author: arsc 时间: 2016-6-1 16:53

plus 发表于 2016-6-1 10:50
我打算安装RP-VSVT，configure提示是串行的

Starting from version 2008, POLYRATE has two kinds of ...

如果你只做RP-VTST，你不需要用到MPI, MPI是做VRC-VTST才用的。
你應該編譯時選擇非並行選項，應該就沒有問題~

作者
Author: plus 时间: 2016-6-2 10:48
本帖最后由 plus 于 2016-6-2 10:49 编辑

arsc 发表于 2016-6-1 16:53
如果你只做RP-VTST，你不需要用到MPI, MPI是做VRC-VTST才用的。
你應該編譯時選擇非並行選項，應該就沒 ...

我也觉得不应该用mpi，可是Makefile是它自动生成的，我应该只make 一部分模块吗？
这是我的Makefile，如果和你的一样，我在考虑下怎么编译

F77C = /share/apps/intel2013/composer_xe_2013.1.117/bin/intel64/ifort -O -save
CC    = /share/apps/intel2013/composer_xe_2013.1.117/bin/intel64/icc
VERSION =2015
VPATH = ../poten
# executables that can be built from this makefile

DUMSEXE = ../exe/polyrate$(VERSION).dum.serial.exe

CH5SEXE = ../exe/polyrate$(VERSION).ch5.serial.exe
CLHBRSEXE = ../exe/polyrate$(VERSION).clhbr.serial.exe
CH4OSEXE  = ../exe/polyrate$(VERSION).ch4o.serial.exe
CMCSEXE = ../exe/polyrate$(VERSION).cmc.serial.exe
CWMCSEXE  = ../exe/polyrate$(VERSION).cwmc.serial.exe
NH3SEXE = ../exe/polyrate$(VERSION).nh3.serial.exe
H2NISEXE  = ../exe/polyrate$(VERSION).h2ni.serial.exe
H3SEXE = ../exe/polyrate$(VERSION).h3.serial.exe
HNISEXE = ../exe/polyrate$(VERSION).hni.serial.exe
OH3SEXE = ../exe/polyrate$(VERSION).oh3.serial.exe
OHCLSEXE  = ../exe/polyrate$(VERSION).ohcl.serial.exe
HO2SEXE = ../exe/polyrate$(VERSION).ho2.serial.exe
#User may add new executables here

%.o: %.F
      $(F77C) -c $<
%.o: %.f90
      $(F77C) -c $<
%.o: %.c
      $(CC) -c $<
OBJ = aamod.o acespoly.o alloc.o dattim.o givtst.o intbsv3.o poly40.o \
polyrr.o headr.o interface.o polysz.o ef.o hooks.o ivtstm.o polyag.o rtpjac.o \
energetics.o intbsv1.o main.o polyhl.o fromblas.o intbsv2.o poly31.o \
polymq.o util.o torsion.o fromlapack.o

poly_mpi.o: poly_mpi.F
      $(MPIF77C) -c poly_mpi.F
ch3.o: ../poten/ch3.F
      $(MPIF77C) -c ../poten/ch3.F
ch4o.o: ../poten/ch4o_module.f90 ../poten/ch4o.F
      $(F77C) -c ../poten/ch4o_module.f90 ../poten/ch4o.F
ch5.o: ../poten/ch5.F
      $(F77C) -c ../poten/ch5.F
chain3.o: ../poten/chain3.F
      $(F77C) -c ../poten/chain3.F
chain4.o: ../poten/chain4.F
      $(F77C) -c ../poten/chain4.F
clhbr.o: ../poten/clhbr.F
      $(F77C) -c ../poten/clhbr.F
cmc.o: ../poten/cmc.F
      $(F77C) -c ../poten/cmc.F
coord3.o: ../poten/coord3.F
      $(F77C) -c ../poten/coord3.F
coord4.o: ../poten/coord4.F
      $(F77C) -c ../poten/coord4.F
cwmc.o: ../poten/cwmc.F
      $(F77C) -c ../poten/cwmc.F
dumpot.o: ../poten/dumpot.F
      $(F77C) -c ../poten/dumpot.F
h2ni.o: ../poten/h2ni.F
      $(F77C) -c ../poten/h2ni.F
h3.o: ../poten/h3.F
      $(F77C) -c ../poten/h3.F
hni.o: ../poten/hni.F
      $(F77C) -c ../poten/hni.F
ho2.o: ../poten/ho2.F
nh3.o: ../poten/nh3.F
      $(F77C) -c ../poten/nh3.F
oh3.o: ../poten/oh3.F
      $(F77C) -c ../poten/oh3.F
ohcl.o: ../poten/ohcl.F
      $(F77C) -c ../poten/ohcl.F
setup3.o: ../poten/setup3.F
      $(F77C) -c ../poten/setup3.F
setup4.o: ../poten/setup4.F
      $(F77C) -c ../poten/setup4.F
surf3.o: ../poten/surf3.F
      $(F77C) -c ../poten/surf3.F
surf4.o: ../poten/surf4.F
      $(F77C) -c ../poten/surf4.F
#User may add line here to compile potential file.  Start second line with a tab

#User may add lines here to make the executable.  Example:
#SURFACE:
#    gmake $(SURFACEEXE)
#$(SURFACEEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o surface.o
#    $(F77C) -o $(SURFACEEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o surface.o
DUMS:
      gmake -s $(DUMSEXE)
$(DUMSEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o dumpot.o
      $(F77C) -o $(DUMSEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o dumpot.o

CH4OS:
      gmake -s $(CH4OSEXE)
$(CH4OSEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o ch4o.o
      $(F77C) -o $(CH4OSEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o ch4o.o ch4o_module.o

CH5S:
      gmake -s $(CH5SEXE)
$(CH5SEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o ch5.o
      $(F77C) -o $(CH5SEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o ch5.o

CLHBRS:
      gmake -s $(CLHBRSEXE)
$(CLHBRSEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o clhbr.o setup3.o surf3.o coord3.o chain3.o
      $(F77C) -o $(CLHBRSEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o clhbr.o setup3.o surf3.o coord3.o chain3.o

CMCS:
      gmake -s $(CMCSEXE)
$(CMCSEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o cmc.o
      $(F77C) -o $(CMCSEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o cmc.o

CWMCS:
      gmake -s $(CWMCSEXE)
$(CWMCSEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o cwmc.o
      $(F77C) -o $(CWMCSEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o cwmc.o

H2NIS:
      gmake -s $(H2NISEXE)
$(H2NISEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o h2ni.o
      $(F77C) -o $(H2NISEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o h2ni.o

HNIS:
      gmake -s $(HNISEXE)
$(HNISEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o hni.o
      $(F77C) -o $(HNISEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o hni.o

HO2S:
      gmake -s $(HO2SEXE)
$(HO2SEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o ho2.o setup3.o surf3.o coord3.o chain3.o
      $(F77C) -o $(HO2SEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o ho2.o setup3.o surf3.o coord3.o chain3.o

NH3S:
      gmake -s $(NH3SEXE)
$(NH3SEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o nh3.o
      $(F77C) -o $(NH3SEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o nh3.o

OH3S:
      gmake -s $(OH3SEXE)
$(OH3SEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o oh3.o setup4.o surf4.o coord4.o chain4.o
      $(F77C) -o $(OH3SEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o oh3.o setup4.o surf4.o coord4.o chain4.o

OHCLS:
      gmake -s $(OHCLSEXE)
$(OHCLSEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o ohcl.o setup3.o surf3.o coord3.o chain3.o
      $(F77C) -o $(OHCLSEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o ohcl.o setup3.o surf3.o coord3.o chain3.o

CH3:
      gmake -s $(CH3PEXE)
$(CH3PEXE):$(OBJ) dummy_mpi.o vrctst_mpi.o ch3.o
      $(MPIF77C) -o $(CH3PEXE) $(OBJ) dummy_mpi.o vrctst_mpi.o ch3.o $(SPRNGLIB)

CH5P:
      gmake -s $(CH5PEXE)
$(CH5PEXE):$(OBJ) poly_mpi.o ch5.o
      $(MPIF77C) -o $(CH5PEXE) $(OBJ) poly_mpi.o ch5.o

clean:
      rm -f *.o

作者
Author: arsc 时间: 2016-6-3 23:03
本帖最后由 arsc 于 2016-6-3 23:07 编辑

plus 发表于 2016-6-2 10:48
我也觉得不应该用mpi，可是Makefile是它自动生成的，我应该只make 一部分模块吗？
这是我的Makefile，如 ...

你執行configure script時，它會問你用不用MPI，你可以答No.

你可以試試將你在MAKEFILE紅字的那堆文字COMMENT OUT，試看得到什麼結果。

作者
Author: hfh 时间: 2020-5-6 13:58

plus 发表于 2016-6-2 10:48
我也觉得不应该用mpi，可是Makefile是它自动生成的，我应该只make 一部分模块吗？
这是我的Makefile，如 ...

您好我是一名刚刚开始学习polyrate的研究生，看手册好多地方不太明白，希望向您请教一些问题，不知道您方不方便。

作者
Author: hhwang 时间: 2021-6-1 10:58
各位老师，我安装的是polyrate17C_20190728_withSSQRRK_20190110.tar.gz结合gaussrate17-B_20170808.tar.gz，在网上看到需要先安装polyrate，再安装gaussrate,安装polyrate的时候没有出现问题，但是安装gaussrate的时候出现了下面错误：
(base) [mezzy@login1 gaussrate17-B]$ ./configure

Welcome to GAUSSRATE!

... installing
grep: ../src/Makefile: No such file or directory
cp: cannot create regular file ‘../exe/’: Not a directory
cp: cannot create regular file ‘../src/’: Not a directory
cp: cannot create regular file ‘../src/’: Not a directory
cp: cannot create regular file ‘../src/’: Not a directory
cp: cannot create regular file ‘../src/’: Not a directory
cp: cannot create regular file ‘../src/’: Not a directory

Is this installation for RP-VTST or VRC-VTST?
[ Choose 'RP' or 'VRC' ]: RP
.... creating Makefile
.... done with Makefile
gmake: *** No rule to make target `GRS'.  Stop.

---- GAUSSRATE INSTALLATION COMPLETE ----

Have a nice day! :)

现在有以下几个问题：
1.Gaussrate安装的时候必须和polyrate放在同一个文件夹吗？还是说可以分别放在不同的文件夹安装？
2.上面提到的src文件夹是自己手动创建还是自动生成的呢？手动创建了之后出现了同样的错误，这个是什么原因引起的？
3.gmake: *** No rule to make target `GRS'.  Stop. 这一句是什么原因呀？在网上看到gaussrate解压后需要在shuttle文件里添加g16的路径，
  我只更改了 set gausspath后面的路径部分，我看到后面还有setenv GAUSS_EXEDIR $gausspath 和setenv GAUSS_SCRDIR $scratchdir，这些也
都需要更改为当前g16的安装路径吗？
4.polyrate安装中没有报错，还需要在makefile或者别的脚本中添加G16的路径吗？另外，polyrate和gaussrate安装之后环境变量该怎样写呢？
问题有点多，希望能得到各位老师的指导！谢谢各位老师！

作者
Author: hhwang 时间: 2021-6-3 22:23

hhwang 发表于 2021-6-1 10:58
各位老师，我安装的是polyrate17C_20190728_withSSQRRK_20190110.tar.gz结合gaussrate17-B_20170808.tar.gz ...

没有等到各位老师们的回复，问题已经解决啦，自问自答一下

1.安装的时候gaussrate应该放到polyrate文件里面进行解压。
2.这样就可以解决src文件夹的问题，因为guassrate.exe放在了polyrate解压后的exe文件夹里
3.只需要在set gausspath=后面添加g16或者g09的路径
4.polyrate安装的时候其他部分不需要添加G16路径，提交作业的脚本需要用到 .jc文件

作者
Author: qiqi7 时间: 2021-10-18 15:00
本帖最后由 qiqi7 于 2021-11-1 22:31 编辑

hhwang 发表于 2021-6-3 22:23
没有等到各位老师们的回复，问题已经解决啦，自问自答一下
1.安装的时候gaussrate应该放到polyrate ...

请问您使用gaussrate的时候有类似于 ERROR: illegal digit in an integer: 5 这样的报错吗？这个提示有些看不懂

作者
Author: mxr21 时间: 2021-12-16 11:04

sobereva 发表于 2016-4-14 20:52
到这里免费申请就行了，很简单
http://comp.chem.umn.edu/polyrate/

求问，申请后一般多久能达到使用权限？

作者
Author: mxr21 时间: 2021-12-20 14:22

福建会发表于 2016-4-14 21:10
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

请问POLYRATE申请后一般多久会有回复呢？

作者
Author: mxr21 时间: 2021-12-20 14:24

hhwang 发表于 2021-6-3 22:23
没有等到各位老师们的回复，问题已经解决啦，自问自答一下
1.安装的时候gaussrate应该放到polyrate ...

您好，请问POLYRATE申请后一般多久会有回复呢？

作者
Author: hhwang 时间: 2021-12-21 10:28

qiqi7 发表于 2021-10-18 15:00
请问您使用gaussrate的时候有类似于 ERROR: illegal digit in an integer: 5 这样的报错吗？这个提示有 ...

遇到过，好像是数字格式设置的有问题会报错

作者
Author: hhwang 时间: 2021-12-21 10:29

hhwang 发表于 2021-12-21 10:28
遇到过，好像是数字格式设置的有问题会报错

没有太注意，感觉不超过一周吧

作者
Author: qiqi7 时间: 2021-12-30 12:14

hhwang 发表于 2021-12-21 10:28
遇到过，好像是数字格式设置的有问题会报错

谢谢您，我已经解决了，是格式问题

作者
Author: younggood 时间: 2022-10-8 17:36

hhwang 发表于 2021-6-3 22:23
没有等到各位老师们的回复，问题已经解决啦，自问自答一下
1.安装的时候gaussrate应该放到polyrate ...

您好，我现在有个问题是，安装完Gaussrate后，guassrate.exe没有出现在polyrate解压后的exe文件夹里，我试了很多次，那个exe文件夹只有shuttle，万分感谢！

作者
Author: hhwang 时间: 2022-10-8 21:21

younggood 发表于 2022-10-8 17:36
您好，我现在有个问题是，安装完Gaussrate后，guassrate.exe没有出现在polyrate解压后的exe文件夹里，我 ...

安装的有点久了，试着回复一下，我在官网申请的Polyrate版本是polyrate17C_20190728_withSSQRRK_20190110.tar.gz,申请的gaussrate版本是gaussrate17-B_20170808.tar.gz，把gaussrate压缩到了polyrate解压后的文件里，这样就包含在内了，希望对你有帮助

作者
Author: adminer 时间: 2024-1-5 10:15
VRC版本的安装会有很多警告polyrate:C:\Users\administor\Desktop\polyrate.png，gaussrate:C:\Users\administor\Desktop\gaussrate.png,intel编译器我用的19.Fortran 是18，会是编译器的问题吗，运行测试用例也不行，任务都提交不上，报了mv: cannot stat 'poly.fu6': No such file or directory“的问题，需要怎么解决呢

作者
Author: adminer 时间: 2024-1-5 10:17

qiqi7 发表于 2021-10-18 15:00
请问您使用gaussrate的时候有类似于 ERROR: illegal digit in an integer: 5 这样的报错吗？这个提示有 ...

这个问题你解决了吗，我也是有这样子的

作者
Author: qiqi7 时间: 2024-1-5 10:53

adminer 发表于 2024-1-5 10:17
这个问题你解决了吗，我也是有这样子的

好久没用过gaussrate了，我记得是格式问题，后面我基于他给的算例进行修改，严格保持格式一致就OK了

作者
Author: adminer 时间: 2024-1-5 16:41

qiqi7 发表于 2024-1-5 10:53
好久没用过gaussrate了，我记得是格式问题，后面我基于他给的算例进行修改，严格保持格式一致就OK了

是算例的格式问题吗，方便的话能不能把你以前计算的例子发我一份呀，2263393795@qq.com

作者
Author: adminer 时间: 2024-1-5 16:42

qiqi7 发表于 2021-12-30 12:14
谢谢您，我已经解决了，是格式问题

这个要怎么解决呢，

作者
Author: qiqi7 时间: 2024-1-7 18:21

adminer 发表于 2024-1-5 16:42
这个要怎么解决呢，

这个我真不记得了，我印象中我好像是在定义内坐标的时候报的这个错，然后我就把Polyrate目录里面带的算例的格式复制过去，然后把里面的数值修改，然后就好了。这个报错你可以对应到你输入具体啥地方错了，然后去找算例对应部分的格式，复制然后修改里面的数值。另外，编译的时候最好用intel编译器，编译器的版本的和种类也会有影响。

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