计算化学公社

标题: 求助高斯计算金属茂基配合物的配体离子link301错误 [打印本页]

---

作者
Author: FlabbergastMe    时间: 2019-10-4 23:48
标题: 求助高斯计算金属茂基配合物的配体离子link301错误


优化金属茂基配合物的配体离子，用pbe1pbe泛函做结构优化的时候遇到了link301的错误，用pople基组时是正常的，但因为pople基组优化二茂铁结果不太好(Fe用def2tzvp,茂环用pople基组都不太理想，甚至Fe会带负电)，所以用了tzvp加上6-31+g的弥散，但是出现了link301的错误，错误提示是IAtTyp=     61000 unrecognized in LdAtmC.，检查了一下发现前几轮的优化是正常的，atomic type的值都是0，如下

Trust Radius=3.00D-01 FncErr=1.00D-07 GrdErr=1.00D-06
Number of steps in this run=    187 maximum allowed number of steps=    198.
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
                          Input orientation:                          
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          7           0       -1.186998    0.685314    0.000000
      2          7           0        0.000000   -1.370628    0.000000
      3          7           0        1.186998    0.685314    0.000000
      4          6           0        0.000000    1.319014    0.000000
      5          6           0        0.000000    2.777226    0.000000
      6          6           0       -1.140706    3.619903    0.000000

但最后出错的一轮atomic type就变成61000或71000，如下
Trust Radius=3.00D-01 FncErr=1.00D-07 GrdErr=1.00D-07
Number of steps in this run=      2 maximum allowed number of steps=      2.
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
                          Input orientation:                          
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          7       61000       -1.186998    0.685314    0.000000
      2          7       71000        0.000000   -1.370628    0.000000
      3          7       61000        1.186998    0.685314    0.000000
      4          6       61000        0.000000    1.319014    0.000000
      5          6       71000        0.000000    2.777226    0.000000
      6          6       71000       -1.140706    3.619903    0.000000
……
……
Full point group                 C2V     NOp   4
Rotational constants (GHZ):      0.2833961      0.2833961      0.1416981
Standard basis: TZVP (5D, 7F)
IAtTyp=     61000 unrecognized in LdAtmC.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l301.exe at Thu Oct 03 10:28:10 2019.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    122 Int=      0 D2E=      0 Chk=     23 Scr=      1

估计是atomic type为61000为unrecognized，但是前几轮都没有这种情况，不知道是哪里出了问题。
输入文件的指令是# opt=(tight,rfo,calcall) freq pbe1pbe/tzvp symm=veryloose
1-5 0//1-5是茂基的碳
SP   1 1.00       0.000000000000
        0.4380000000D-01  0.1000000000D+01  0.1000000000D+01
****
N 0
SP   1 1.00       0.000000000000
        0.6390000000D-01       0.1000000000D+01       0.1000000000D+01
****
但是不管加不加C和N的弥散，只要用tzvp或def2tzvp都会出现一样的错误，这种情况要怎么解决呢？
另外还有个问题，我用pbe1pbe泛函和几个不同的基组算二茂铁的交错式，但是结果都有虚频，如果加了关键词calcfc都会优化到D5h，但二茂铁不应该是交错式稳定的吗？

---

作者
Author: FlabbergastMe    时间: 2019-10-4 23:48
有人吗？感觉是高斯的一个bug，有什么办法能让软件不生成错误的atomic type呢？

---

作者
Author: FlabbergastMe    时间: 2019-10-5 00:40
问题貌似是解决了……只要把opt和freq分开成两个文件就不会出错，atomic type 出错成61000应该是Gaussian续算时的一个bug……

---

作者
Author: sobereva    时间: 2019-10-5 05:02
对二茂铁，追求可靠，opt freq直接全都用def2-TZVP就完了，体系又小又有高对称性不可能算不动
Fe带负电绝不代表计算级别不合理。同样的波函数，不同的原子电荷计算方法本身就能导致Fe算出来有的为正有的为负

---

作者
Author: FlabbergastMe    时间: 2019-10-5 19:45

sobereva 发表于 2019-10-5 05:02
对二茂铁，追求可靠，opt freq直接全都用def2-TZVP就完了，体系又小又有高对称性不可能算不动
Fe带负电绝 ...

谢谢sob老师，学到了。
不过二茂铁只是结构里的比较重要的一部分，整个体系有三百个原子左右，1300个电子，除了铁以外是碳氢和几个氮原子，自己的电脑全用6-311g**也跑不动，所以打算金属用def2tzvp，有机骨架用tzvp（茂环上的C加上6-31+g的弥散，因为加了弥散时间差不多结果稍微好一点）。然后用二茂铁测试了下全用def2tzvp耗时差不多是tzvp/def2tzvp的两倍，而反而后者茂环距离更接近文献值3.32(前者3.3105，后者3.3163)，所以打算整个体系有机骨架和金属分别用tzvp/def2tzvp。
然后上面遇到的问题，配体只有用pople基组才不会出现问题，用tzvp、def2tzvp、def2qzvp都会出现无法识别的atomic type，我感觉是G09在优化完结构续算freq时的bug，只要把opt和freq分成两个输入文件有没有问题，所以我拿优化完的结构算freq已经解决了。
还有就是不知道为什么拿二茂铁测试的时候哪怕用了def2qzvp优化完的D5d构象都有虚频，D5h能量更低，但是却应该交错式能量更低才对，不知道为什么。

---

作者
Author: FlabbergastMe    时间: 2019-10-5 19:47

sobereva 发表于 2019-10-5 05:02
对二茂铁，追求可靠，opt freq直接全都用def2-TZVP就完了，体系又小又有高对称性不可能算不动
Fe带负电绝 ...

D5d构象的二茂铁不管用什么基组只要加了关键字opt=calcfc就会优化到D5h

---

作者
Author: sobereva    时间: 2019-10-6 06:58
二茂铁D5d和D5h构型能量差极小，不同理论方法可能得到明显不同的结果，不要光拘泥于基组上。搜二茂铁的理论研究，100%能找到文章专门讨论这个问题
300个原子最好用ORCA跑B97-3c，非常适合过渡金属体系，比Gaussian里能达到相仿佛精度的方法快一个数量级

---

作者
Author: renlangfen    时间: 2021-3-13 08:57
请问解决了吗，最近也遇到这个问题了

---

欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)

Powered by Discuz! X3.3