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标题: 关于gromacs2019模拟膜和膜蛋白力场选择的问题 [打印本页]

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-10-6 00:17
标题: 关于gromacs2019模拟膜和膜蛋白力场选择的问题
请教一下各位老师，从认可程度和便利性两个角度，下面这种体系在gromacs2019下用什么力场比较好

体系包括膜蛋白磷脂组成的膜 NaCl
和一个不含蛋白的对照体系组成就只有膜 NaCl

1. 我想用OPLSAA的力场不知道是否可行
2. 我之前在进行蛋白/小分子体系用的是Gromos54A7 这个力场为什么在新版本里会出现警报我读了一下警报内容我不是很理解是这个力场有什么问题吗？
3. 还有一个问题 Gromacs模拟酸性和碱性溶剂环境对蛋白的影响从蛋白角度可以通过指认氨基酸质子化状态去进行模拟如果从溶剂角度，比如水环境下改如何设置分子去近似体现酸碱环境呢？Amber里constant pH 在gromacs是不是没有办法实现

谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-6 07:02
1 不推荐OPLS-AA。此力场模拟蛋白质不如很多其它主流力场（至少对于gmx自带的版本而言）。何况OPLS-AA也不直接支持磷脂。
2 直接忽略warning，开发者小题大做而已
3 gmx不支持Amber的contant pH，未来也不太可能支持，因为gmx把隐式溶剂模型都给砍了。pH不从溶剂角度体现。

作者
Author: bobosiji 时间: 2019-10-6 09:52
我想用OPLSAA的力场不知道是否可行: 社长建议很好，最好不要用这个。你查查模拟类似体系的文章，看看人家用啥力场。CHARMM，Amber力场用的人很多，gmx也都能用。

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-10-6 20:06

sobereva 发表于 2019-10-6 07:02
1 不推荐OPLS-AA。此力场模拟蛋白质不如很多其它主流力场（至少对于gmx自带的版本而言）。何况OPLS-AA也不 ...

谢谢sob老师

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Author: 土拔鼠 时间: 2019-10-6 20:06

bobosiji 发表于 2019-10-6 09:52
我想用OPLSAA的力场不知道是否可行: 社长建议很好，最好不要用这个。你查查模拟类似体系的文章，看看人家 ...

谢谢谢谢

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Author: wuzhiyi 时间: 2019-10-6 20:39
本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-10-6 20:46 编辑

gmx的开发者有说争取在2021版加入lambda-dynamics的cpHMD 这样就不需要隐式溶剂模型了而且退一万步讲算质子化状态用GB模型不考虑水的作用算什么神仙逻辑

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-7 07:44
Amber的常pH有早期完全依赖于GB的，也有后来的显式溶剂+GB混合的（J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1341），哪个都脱离不了GB
不依赖于GB的倒是有诸如NAMD那种的实现（J. Chem. Theory Comput. 2017, 13, 5933），但不属于LZ提到的Amber的常pH

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Author: ezez 时间: 2019-11-24 22:43
看了膜蛋白的MD文章，一般用CHARMM力场的多～

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Author: sobereva 时间: 2019-11-25 20:10

ezez 发表于 2019-11-24 22:43
看了膜蛋白的MD文章，一般用CHARMM力场的多～

用较新的GROMOS96描述蛋白，结合兼容GROMOS的磷脂力场如Kukol、Poger以及最近提出的54A8_v1，效果还是不错的，而且比起用CHARMM一大好处是GROMOS是联合原子力场，对于这种烃链多的体系原子数能少很多，节约时间

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