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标题: 求助Gromacs固液模拟的案例 [打印本页]

作者
Author: adong 时间: 2019-10-6 10:14
标题: 求助Gromacs固液模拟的案例
想根据案例学习一下固液体系的分子动力学模拟，求分享

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-7 07:03
话题太大，固液体系多了去了，确切到什么类型固体和液体。不同类型体系处理流程截然不同

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Author: adong 时间: 2019-10-7 11:15

sobereva 发表于 2019-10-7 07:03
话题太大，固液体系多了去了，确切到什么类型固体和液体。不同类型体系处理流程截然不同

老师，我想模拟固体是锂金属（slab平板），液体是含有LiPF6的EC：DEC混合溶剂体系，模拟电池体系。
EC：DEC是有机小分子，我用TPPmktop生成了相应的**.itp文件；锂金属想用g_x2top生成锂slab的拓扑，想请问一下n2t文件改如何更改？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-8 07:30
Li slab都不用用额外程序产生拓扑信息。Li slab是固定不动的，直接冻结就行了，就像一大堆独立的Li原子一样，每个Li是独立的[moleculetype]

作者
Author: adong 时间: 2019-10-8 11:41

sobereva 发表于 2019-10-8 07:30
Li slab都不用用额外程序产生拓扑信息。Li slab是固定不动的，直接冻结就行了，就像一大堆独立的Li原子一样 ...

老师，冻结使用freeze吗？Li原子的[moleculetype]是直接写入主top中吗？

作者
Author: bobosiji 时间: 2019-10-8 21:02

adong 发表于 2019-10-8 11:41
老师，冻结使用freeze吗？Li原子的[moleculetype]是直接写入主top中吗？

是的。可以。
好奇问问，你见过有人用classical MD模拟你类似体系的么？用的是可极化力场还是普通fixed charge的力场？

作者
Author: adong 时间: 2019-10-9 15:45

bobosiji 发表于 2019-10-8 21:02
是的。可以。
好奇问问，你见过有人用classical MD模拟你类似体系的么？用的是可极化力场还是普通fixed ...

好的，谢谢。有类似的，大多是研究电解液的成分对电池性能的影响。力场这块不太懂，只知道可以用OPLS-AA这类的全原子力场，刚接触

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