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标题: Metadynamics计算，配合物分子一直在低能量附近振动，不往高能量方向走 [打印本页]

作者
Author: 菜鸡互啄 时间: 2019-10-7 10:20
标题: Metadynamics计算，配合物分子一直在低能量附近振动，不往高能量方向走
各位老师大家好。最近在学习CP2K软件上面的Metadynamics模块，看到一篇文献，我想实现的是类似的功能，即图1。但是我在计算的时候发现，跑了4ps以后我的分子还是一直在初始的低能量附近振动，不像文献中这样向另外一个笼运动。不清楚是哪里除了问题。我参考文献用Cu-Al的配位数做CV，先跑了MD，然后用得到的COLVAR.metadynLog进行metadynamics计算，这个文件和input我一起传到了附件，请老师们帮我看看问题出在哪里呢？谢谢啦！

作者
Author: silencesola 时间: 2021-5-7 15:46
可能是由于ND值不对吧，默认值为12，你修改为了6。这在配位数中的计算公式里会出问题。

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