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标题: 高斯在内坐标下如何设置一个二面角 [打印本页]
作者
Author: Abandon-fmt    时间: 2019-10-8 19:50
标题: 高斯在内坐标下如何设置一个二面角
做一个分子的二面角刚性扫描，参照了sob老师的帖子（http://sobereva.com/474）中的2.2，发现在GaussView自动生成的内坐标输入文件中，没有想要扫描的二面角（原子18、8、7、17组成的二面角），请问各位老师这该怎么设置扫描的二面角？
结构优化后得到的二面角为-60°，想从-45°扫描到-75°，即在最优结构的角度±15°范围内进行扫描，是不是应该先把输入文件的这个二面角设成-45°，再一步步变成-75°？
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2019-10-8 23:58
本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-10-9 00:05 编辑

调整坐标的顺序使你的二面角是其中一个即可。例如，我构建了如下分子，构建完的原子顺序是这样的。

(, 下载次数 Times of downloads: 47)


此时要扫描上面这个奇怪的分子里的 Cl-N-B-Si 二面角，内坐标里肯定是没有的。

  2. 0 1
  3. C              
  4. C                  1            B1
  5. C                  2            B2    1            A1
  6. H                  1            B3    2            A2    3            D1    0
  7. H                  2            B4    1            A3    3            D2    0
  8. H                  3            B5    2            A4    1            D3    0
  9. B                  1            B6    2            A5    3            D4    0
  10. H                  7            B7    1            A6    2            D5    0
  11. N                  7            B8    1            A7    2            D6    0
  12. H                  9            B9    7            A8    1            D7    0
  13. Si                 1           B10    2            A9    3            D8    0
  14. Cl                11           B11    1           A10    2            D9    0
复制代码

此时将其调整为Cartesian形式的坐标


  2. 0 1
  3. C                 -0.29843444   -0.36203522    0.00000000
  4. C                  1.09672556   -0.36203522    0.00000000
  5. C                  1.79426356    0.84571578    0.00000000
  6. H                 -0.84819344   -1.31435222    0.00045000
  7. H                  1.64623356   -1.31454822    0.00131500
  8. H                  2.89394356    0.84579578    0.00063400
  9. B                 -0.29821544    2.05414678   -0.00167800
  10. H                 -0.88803172    3.07616204   -0.00292578
  11. N                  1.09660956    2.05422478   -0.00119900
  12. H                  1.59660674    2.92025166   -0.00171478
  13. Si                -0.99581644    0.84594078   -0.00068200
  14. Cl                -3.15581636    0.84567652   -0.00018758
复制代码

并按照二面角定义的顺序，将你想要的四个原子分别放成第4、1、2、3号原子，此处我想扫描的是 Cl-N-B-Si 二面角，所以将笛卡尔坐标调整成如下的顺序：



(, 下载次数 Times of downloads: 34)


  2. 0 1
  3. N                  1.09660956    2.05422478   -0.00119900
  4. B                 -0.29821544    2.05414678   -0.00167800
  5. Si                -0.99581644    0.84594078   -0.00068200
  6. Cl                -3.15581636    0.84567652   -0.00018758
  7. C                 -0.29843444   -0.36203522    0.00000000
  8. C                  1.09672556   -0.36203522    0.00000000
  9. C                  1.79426356    0.84571578    0.00000000
  10. H                 -0.84819344   -1.31435222    0.00045000
  11. H                  1.64623356   -1.31454822    0.00131500
  12. H                  2.89394356    0.84579578    0.00063400
  13. H                 -0.88803172    3.07616204   -0.00292578
  14. H                  1.59660674    2.92025166   -0.00171478
复制代码
保存为gjf文件，并用GaussView打开，就会发现 Cl-N-B-Si 分别是 4、1、2、3 号原子，且D1肯定是这四个原子组成的：
  1. 0 1
  2. N              
  3. B                  1            B1
  4. Si                 2            B2    1            A1
  5. Cl                 3            B3    2            A2    1            D1    0
  6. C                  3            B4    2            A3    1            D2    0
  7. C                  5            B5    3            A4    2            D3    0
  8. C                  6            B6    5            A5    3            D4    0
  9. H                  5            B7    3            A6    2            D5    0
  10. H                  6            B8    5            A7    3            D6    0
  11. H                  7            B9    6            A8    5            D7    0
  12. H                  2           B10    1            A9    7            D8    0
  13. H                  1           B11    2           A10    3            D9    0

  15. ...
  16.    D1           179.96213750
  17. ...


复制代码
但此时因为GaussView自动按距离判断成键的原因，D1是Cl-Si-B-N，不是想要的 Cl-N-B-Si。所以在Atom List里做相应修改：


(, 下载次数 Times of downloads: 69)

只需把Cl的二面角NA项改为1，D1的定义就自动变成了Cl-Si-B-N:


(, 下载次数 Times of downloads: 43)

再保存成内坐标，扫描D1即可

  2. 0 1
  3. N              
  4. B                  1            B1
  5. Si                 2            B2    1            A1
  6. Cl                 1            B3    2            A2    3            D1    0
  7. C                  3            B4    2            A3    1            D2    0
  8. C                  5            B5    3            A4    2            D3    0
  9. C                  6            B6    5            A5    3            D4    0
  10. H                  5            B7    3            A6    2            D5    0
  11. H                  6            B8    5            A7    3            D6    0
  12. H                  7            B9    6            A8    5            D7    0
  13. H                  2           B10    1            A9    7            D8    0
  14. H                  1           B11    2           A10    3            D9    0

  16.   ...
  17.    D1            -0.05861070
  18.   ...
复制代码

检查发现定义确实正确：



(, 下载次数 Times of downloads: 36)


这个方法对刚性扫描多个变量的时候也有用，只不过要利用这个特性调整多个原子的顺序、并在Atom List中做相应调整。
不手动调整原子顺序、直接在atom-list里调其实经常也可以，但有些奇奇怪怪的问题没搞明白，还是直接手动调编号到前几个之后简单。





作者
Author: Abandon-fmt    时间: 2019-10-9 07:50
liyuanhe211 发表于 2019-10-8 23:58
调整坐标的顺序使你的二面角是其中一个即可。例如，我构建了如下分子，构建完的原子顺序是这样的。

太感谢了！很有用！
作者
Author: Abandon-fmt    时间: 2019-10-12 11:06
liyuanhe211 发表于 2019-10-8 23:58
调整坐标的顺序使你的二面角是其中一个即可。例如，我构建了如下分子，构建完的原子顺序是这样的。

请问老师，怎么样在扫描4-1-2-3二面角的同时，固定住18-2-3这个键角，我没有在内坐标gjf文件中找到这个键角的数据，请问扫描同时固定一个角的输入文件应该怎么写呢？
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2019-10-13 01:57
Abandon-fmt 发表于 2019-10-12 11:06
请问老师，怎么样在扫描4-1-2-3二面角的同时，固定住18-2-3这个键角，我没有在内坐标gjf文件中找到这个键 ...

和前面一回事。
作者
Author: Abandon-fmt    时间: 2019-10-14 12:19
本帖最后由 Abandon-fmt 于 2019-10-14 12:44 编辑
liyuanhe211 发表于 2019-10-13 01:57
和前面一回事。

谢谢老师，还有一个问题，我把需要固定的键设成5-2-3了，还是没有具体对应的键角出现，请问老师这个应该怎么办？还有，高斯内坐标的键角和二面角的定义规则是怎么样的呢？
麻烦老师了
作者
Author: Jasminer    时间: 2019-10-14 13:23
本帖最后由 Jasminer 于 2019-10-15 08:54 编辑

--deleted--
作者
Author: Abandon-fmt    时间: 2019-10-14 19:35
本帖最后由 Abandon-fmt 于 2019-10-14 19:50 编辑
Jasminer 发表于 2019-10-14 13:23
固定键角也好，扫描二面角也好，直接modredundant，最后加上F或S即可，gauss会自动加上相应的内坐标，详见 ...

请问老师，我做的是刚性扫描，是不是不需要加opt？不加opt的话，可以直接写modredundant么？
作者
Author: sobereva    时间: 2019-10-15 01:33
Abandon-fmt 发表于 2019-10-14 19:35
请问老师，我做的是刚性扫描，是不是不需要加opt？不加opt的话，可以直接写modredundant么？

相关知识仔细看
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）
里面都充分体现了
作者
Author: Jasminer    时间: 2019-10-15 08:53
Abandon-fmt 发表于 2019-10-14 19:35
请问老师，我做的是刚性扫描，是不是不需要加opt？不加opt的话，可以直接写modredundant么？

道歉，捂脸走……
看帖不仔细，浮躁了



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