计算化学公社

标题: 请教一下使用什么基组和方法计算锌离子的溶剂化能 [打印本页]

作者
Author: somacule 时间: 2019-10-9 21:38
标题: 请教一下使用什么基组和方法计算锌离子的溶剂化能
1.在http://sobereva.com/327这个帖子中，“在SMD模型下计算溶解自由能，一定要用M05-2X/6-31G*”，想请教一下如果是要算锌离子的话还使用6-31G*吗？还是可以使用Lanl2DZ？

2.在计算Zn(H2O)62+的生成自由能中，是不是Zn(H2O)62+，Zn2+和H2O都需要使用隐式模型进行计算？

万分感谢！

作者
Author: somacule 时间: 2019-10-9 22:10
关于第一个问题，我再详细看了一下，感觉应该还是使用6-31G*进行计算。
关于第二个问题，我觉得应该先用B3LYP/6-311++g(d,p)和Lanl2DZ对H2O和Zn进行结构优化，并得到热校正量，再用M052X/6-31G*来计算单点能。三个结构都通过这种方式得到自由能，再减一下就行

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-9 22:24
1 原文测试的都是有机体系，过渡金属没有这个必然要求。lanl2DZ亦可，但如今来说这个明显太烂了，看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）

2 你的计算严重不合理。三个物质的溶剂下的自由能的计算过程都应按照此文末尾的例子进行
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）
过渡金属用的基组参考前头的博文

没事别乱加弥散，仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

作者
Author: somacule 时间: 2019-10-9 22:37

sobereva 发表于 2019-10-9 22:24
1 原文测试的都是有机体系，过渡金属没有这个必然要求。lanl2DZ亦可，但如今来说这个明显太烂了，看
谈谈 ...

谢谢老师！
1.因为我们不是很专业做计算的，还以为Lanl2DZ还可以

我再研究下您之前的博客。

2.我反复看了几遍，大概知道应该计算的方式了---计算高精度的真空下的单点能再加通过M052X/6-31G*计算得到的溶剂化能，得到这个物质溶剂化的能量。

3.关于弥散函数，因为之前算得有阴离子，所以加上了，应该去掉的。

再次感谢！

作者
Author: somacule 时间: 2019-10-10 22:04

sobereva 发表于 2019-10-9 22:24
1 原文测试的都是有机体系，过渡金属没有这个必然要求。lanl2DZ亦可，但如今来说这个明显太烂了，看
谈谈 ...

老师您好，我仔细看了隐式模型那个链接里面的例子，发现在2.out文件中选用的是MP2后的值作为自由能，但是在4.out中选择的是HF的值作为自由能。想请问下是因为MP2更精确，所有有它选它，没有它就选HF吗

作者
Author: somacule 时间: 2019-10-11 20:21

sobereva 发表于 2019-10-9 22:24
1 原文测试的都是有机体系，过渡金属没有这个必然要求。lanl2DZ亦可，但如今来说这个明显太烂了，看
谈谈 ...

老师您好，我看到关于选择哪个数据作为能量了，谢谢老师的教程。

我今天进行计算的时候发现：Zn2+ + 6H2O---Zn(H2O)62+的过程中，如果都使用隐式模型的教程计算出溶剂化后的自由能，得到这个反应的自由能变化为38kcal。如果不使用溶剂化模型则是约-700kcal。

想请教一下，这种反应是不是不需要使用隐式模型进行计算？谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-11 21:11

somacule 发表于 2019-10-11 20:21
老师您好，我看到关于选择哪个数据作为能量了，谢谢老师的教程。

我今天进行计算的时候发现：Zn2+ + 6 ...

水环境下发生的过程当然得用溶剂模型

作者
Author: somacule 时间: 2019-11-4 20:26

sobereva 发表于 2019-10-11 21:11
水环境下发生的过程当然得用溶剂模型

老师您好！
之前我说：
Zn2+ + 6H2O---Zn(H2O)62+的过程中，如果都使用隐式模型的教程计算出溶剂化后的自由能，得到这个反应的自由能变化为38kcal。如果不使用溶剂化模型则是约-700kcal
我也觉得应该使用水做隐式溶剂，但是使用了隐式溶剂算出来的值都不对。是不是因为已经包括了溶剂化的一些作用，算重复了呀

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-5 08:39

somacule 发表于 2019-11-4 20:26
老师您好！
之前我说：
Zn2+ + 6H2O---Zn(H2O)62+的过程中，如果都使用隐式模型的教程计算出溶剂化后的 ...

没有什么“重复”
水环境会极大地屏蔽静电主导的相互作用。但算出来自由能变为正比较异常，怀疑你的计算有问题

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