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标题: 一个新的基于GROMOS力场的磷脂力场G54A8_v1 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-9 23:17
标题: 一个新的基于GROMOS力场的磷脂力场G54A8_v1
Lipid Head Group Parameterization for GROMOS 54A8: A Consistent Approach with Protein Force Field Description
Irene Marzuoli, Christian Margreitter, and Franca Fraternali
Journal of Chemical Theory and Computation 2019 15 (10), 5175-5193
DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00509
(, 下载次数 Times of downloads: 97)

以前基于GROMOS力场模拟常用的是Poger 2010年基于G54A6搞的（JCTC, 6, 325、JCC, 31, 1117），以及Kukol 2009年也是基于G54A6搞的（JCTC, 5, 615）。此文提出的G54A8_v1对G54A8用于磷脂头部的残基的电荷做了明确定义，调整了个别范德华参数，使得模拟磷脂有较好的效果。力场目录gromos54a8.ff_v1，DLPC、DMPC、DOPC、DPPC、POPC、POPG的拓扑文件、含512个磷脂平衡后的结构文件可在此下载：http://fraternalilab.kcl.ac.uk/wordpress/biomembrane-simulations/

2020-Sep-7注：上面的网址已经挂了，文件我直接放在这了
(, 下载次数 Times of downloads: 140)
(, 下载次数 Times of downloads: 156)

作者
Author: amagi 时间: 2019-10-11 21:10
老师，我想用这个力场的单体pdb建模，但网址给的是平衡后的磷脂分子，扭曲都很大不好建模。
我按照您http://sobereva.com/23的教程取其中一个磷脂分子想用chem3D掰直这些烷烃链，但由于是这个力场是United-Atom，连上键后就自动加氢了，优化后结果也很不理想C:\Users\Administrator\Desktop。
请问有什么办法能给这个力场建模呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-11 21:14

amagi 发表于 2019-10-11 21:10
老师，我想用这个力场的单体pdb建模，但网址给的是平衡后的磷脂分子，扭曲都很大不好建模。
我按照您http: ...

下文里给了视频演示，可以用SAMSON程序把弯的磷脂掰成直的
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

作者
Author: amagi 时间: 2019-10-12 09:31

sobereva 发表于 2019-10-11 21:14
下文里给了视频演示，可以用SAMSON程序把弯的磷脂掰成直的
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genm ...

哇这个软件也太强了，谢谢老师

作者
Author: AKB2005 时间: 2020-8-20 18:23
真是不好意思，看到这个贴子，我还想问一下：
我的化合物结构是从ATB'网址上生成的，用的多肽也是54A7力场，想问下能直接用54A8力场构建的磷脂层吗？两个力场的参数还是有一定差异的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-28 04:08

AKB2005 发表于 2020-8-20 18:23
真是不好意思，看到这个贴子，我还想问一下：
我的化合物结构是从ATB'网址上生成的，用的多肽也是54A7力场 ...

多肽也用54A8不就完了

作者
Author: AKB2005 时间: 2020-8-29 19:54

sobereva 发表于 2020-8-28 04:08
多肽也用54A8不就完了

谢谢老师的回复，凌晨这么早就起来了，真是打扰您！
因为我想做混合磷脂双分子层，有些磷脂是从ATB上下载的，所以担心使用54A8会不会有影响？还是要处理一下？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-30 14:04

AKB2005 发表于 2020-8-29 19:54
谢谢老师的回复，凌晨这么早就起来了，真是打扰您！
因为我想做混合磷脂双分子层，有些磷脂是从ATB上下 ...

绝对不要拿ATB上的磷脂拓扑文件描述磷脂，那都不是专门给磷脂膜模拟优化的

作者
Author: AKB2005 时间: 2020-8-31 08:59

sobereva 发表于 2020-8-30 14:04
绝对不要拿ATB上的磷脂拓扑文件描述磷脂，那都不是专门给磷脂膜模拟优化的

原来是这样，谢谢老师的指点！但是现在我查了Berger lipid 还有lipidbook上，针对gromos力场，没找到我想要的POPS和胆固醇，但我的多肽是用gromos 54A7构建的，这个请问下老师能有什么办法吗？还是更换力场？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-31 18:06

AKB2005 发表于 2020-8-31 08:59
原来是这样，谢谢老师的指点！但是现在我查了Berger lipid 还有lipidbook上，针对gromos力场，没找到我想 ...

Berger早就过时了，那是基于GROMOS87的，如今毫无考虑的必要
胆固醇自己用ATB搞就行了，没有的磷脂用现有的磷脂的拓扑信息恰当自行拼接，也可以在ATB产生的基础上把参数恰当改成已发布的磷脂力场的

作者
Author: AKB2005 时间: 2020-9-1 08:52

sobereva 发表于 2020-8-31 18:06
Berger早就过时了，那是基于GROMOS87的，如今毫无考虑的必要
胆固醇自己用ATB搞就行了，没有的磷脂用现 ...

谢谢老师的指点，太感谢了！原来可以这样操作，收获真是好多

作者
Author: 308866814 时间: 2020-9-5 11:42
本帖最后由 308866814 于 2020-9-5 11:45 编辑

一楼提供的下载地址好像无法访问，有顺利下载到平衡后结构文件的同学吗？求上传附件，分享下哈

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-7 06:41

308866814 发表于 2020-9-5 11:42
一楼提供的下载地址好像无法访问，有顺利下载到平衡后结构文件的同学吗？求上传附件，分享下哈

我直接把压缩包上传了，见1L

作者
Author: 308866814 时间: 2020-9-7 22:32

sobereva 发表于 2020-9-7 06:41
我直接把压缩包上传了，见1L

多谢社长回复，辛苦了！抱拳

作者
Author: niehua007 时间: 2021-12-3 21:47
为什么用1楼下载的磷脂模型无法用G54A8_v1生成TOP文件，提示无法找到原子类型CA

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-24 03:00

niehua007 发表于 2021-12-3 21:47
为什么用1楼下载的磷脂模型无法用G54A8_v1生成TOP文件，提示无法找到原子类型CA

GROMOS力场里本来就没有叫CA的原子类型
是你用法不对

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