计算化学公社

标题: cp2k运行MD过程中想实时打印两个原子的间距 [打印本页]

作者
Author: 菜鸡互啄 时间: 2019-10-10 16:07
标题: cp2k运行MD过程中想实时打印两个原子的间距

各位老师好，
我想在MTD运行过程中，使用了两个原子的配位数做为CV，现在我想实时打印两个原子的间距，请问下面的写法正确吗？我在HILLS.metadynLog文件中并没有找到这一项，在COLVAR.metadynLog文件下也没有找到。请各位老师帮忙指点一下，非常感谢！

&MOTION
  &MD
ENSEMBLE NVT
STEPS  500000
TIMESTEP 0.8
TEMPERATURE 1173.0
TEMP_TOL 100

...
  &PRINT
&TRAJECTORY
   &EACH
      MD 1
   &END
&END
&STRUCTURE_DATA
   &EACH
      MD 1
   &END
   DISTANCE 55 79
&END

作者
Author: youyno 时间: 2019-10-11 17:36
dif_Al_mtd-COLVAR.metadynLog里面会有配位数的信息，如果只是两个原子之间的配位数则可以反推出距离。或者直接用VMD打开轨迹，设置键长后就可以跟踪整个键长变化

作者
Author: 菜鸡互啄 时间: 2019-10-15 10:50

youyno 发表于 2019-10-11 17:36
dif_Al_mtd-COLVAR.metadynLog里面会有配位数的信息，如果只是两个原子之间的配位数则可以反推出距离。或者 ...

好的，非常感谢！因为我想用这个间距做横坐标，所以我感觉用配位数反推应该会更合适吧。

作者
Author: 菜鸡互啄 时间: 2019-10-15 10:57

youyno 发表于 2019-10-11 17:36
dif_Al_mtd-COLVAR.metadynLog里面会有配位数的信息，如果只是两个原子之间的配位数则可以反推出距离。或者 ...

请问通过配位数反推，该怎么计算，或者是否有相关的脚本呢？求大佬解惑！

作者
Author: elpa 时间: 2021-9-23 12:07

菜鸡互啄发表于 2019-10-15 10:57
请问通过配位数反推，该怎么计算，或者是否有相关的脚本呢？求大佬解惑！

你好，请问metadynLog里距离是原子单位，但配位数是正常单位吗？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)