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标题: GAFF力场下有关原子类型的问题请教 [打印本页]

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Author: 乐嘻嘻嘻 时间: 2019-10-10 20:27
标题: GAFF力场下有关原子类型的问题请教
以如图所示的分子为例，O2属于oh，那么O7具体属于什么原子类型呢？
而六个H是否都属于hc呢，麻烦老师

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Author: wuzhiyi 时间: 2019-10-10 20:49
本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-10-10 20:53 编辑

O2就是O? carbonyl oxygen 感覺不是ohO7感覺是OS
HC 沒問題

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Author: Daniel_Arndt 时间: 2019-10-10 23:03
我都是直接用antechamber来做的。觉得有些原子，手动对照着$AMBERHOME/dat/leap/parm/gaff.dat看原子类型，总是模棱两可。

作者
Author: 乐嘻嘻嘻 时间: 2019-10-11 20:46

wuzhiyi 发表于 2019-10-10 20:49
O2就是O? carbonyl oxygen 感覺不是ohO7感覺是OS
HC 沒問題

谢谢您，我在学习一下

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Author: 乐嘻嘻嘻 时间: 2019-10-11 20:46

Daniel_Arndt 发表于 2019-10-10 23:03
我都是直接用antechamber来做的。觉得有些原子，手动对照着$AMBERHOME/dat/leap/parm/gaff.dat看原子类型， ...

谢谢~

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