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标题: 如何获得data文件中所需的角信息？ [打印本页]

作者
Author: 渣渣息子 时间: 2019-10-11 17:41
标题: 如何获得data文件中所需的角信息？
大家好，我是lammps初学者，想模拟一些玻璃体系的性质。根据一些文献中玻璃初始结构的建立往往是“随机的原子放在立方体盒子内”，参见。 (, 下载次数 Times of downloads: 24)
及
(, 下载次数 Times of downloads: 28)
我是通过MS里的AC模块，将我所需的原子比例混合导出了一个需要的非晶态格子，因为初期测试，所以只用了47个原子。（听说packmol也可以做这样工作？不知道两者比起来孰优孰劣？）
然后通过查阅本论坛和其他一些信息，我知道得出data文件的方法有：
1.在MS中用discover的cvff力场算一下，再导出car文件，再用msi2lmp转换。
但，我的体系含有F，cvff力场计算总是失败，提示“Failed to add energy server contribution to the Job.
Failed to prepare structure for a forcefield based calculation.
The typing engine has failed to calculate a forcefield type for 7 atoms.
The charging engine has failed to calculate a charge for 7 atoms.”（这7个原子就是F，构建AC时如果选用cvff力场也无法成功构建）
2.在VMD中topo命令得到键角，参考该帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-1666-1-1.html
但是也无法得出键角。
(, 下载次数 Times of downloads: 28)
所以想请问一下还有什么方法给data文件引入键角，谢谢各位！

作者
Author: 李佳佳 时间: 2020-1-9 11:35
请问您的问题解决了吗？我最近也遇到了相关的问题，想和您交流一下

作者
Author: 江湖采花贼 时间: 2020-7-30 09:35
请问您的问题解决了吗？我也遇到相似的问题

作者
Author: szw236 时间: 2020-7-30 10:11
1、我一般的操作是：Modules----AC----Energy，选择‘forcefield’其中的一个力场，点击后边的‘more’，自己去找合适的原子力场参数，例：我的体系里有碳纳米管，在cvff力场中，有一个“cp”(描述：carbon，SP2，aromatic，with partial double bonds)，很符合碳纳米管上C的类型，于是，我就选中体系中的所有C原子，在“Properties”工具框中，将其“forcefield”改为cp。这样就可以直接导出.car文件，然后msi2lmp导出data文件。我看了一下cvff力场中没有F的信息，估计不能用cvff模拟F原子，在compass力场中，有F原子的描述。
2、参考下这个帖子吧，http://bbs.keinsci.com/thread-4753-1-1.html

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