计算化学公社

标题: VMD的氢键分析插件输入求助 [打印本页]

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-10-13 10:28
标题: VMD的氢键分析插件输入求助
各位大神，小弟正在用VMD分析插件研究计算体系氢键，但具体参数不知道怎么输入，代表的什么意思，还有图片中的错误提示表示什么意思啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-13 13:43
仔细看此文了解选择语句的语法
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

路径别有中文，以免乱七八糟麻烦

还不行把plot data with...复选框取消再试

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-10-14 08:28

sobereva 发表于 2019-10-13 13:43
仔细看此文了解选择语句的语法
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.kei ...

谢谢sob老师

作者
Author: WB1040720479 时间: 2021-12-7 17:09
请问一下，selections应该如何设置呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-24 02:51

WB1040720479 发表于 2021-12-7 17:09
请问一下，selections应该如何设置呀？

找两个组之间的氢键就分别输入两个没有交集的选择语句在selection1和selection2里，找某个组内的氢键就只设selection 1。语法我已经回复过了

作者
Author: hangmint 时间: 2022-1-11 10:16
sob老师，您好，如果我想找到氢键涉及的原子该怎么做呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-22 17:09

hangmint 发表于 2022-1-11 10:16
sob老师，您好，如果我想找到氢键涉及的原子该怎么做呢？

gmx hbond可以把两个组之间曾经形成过氢键的原子序号给出来
用VMD需要自己写tcl脚本，10行以内足够实现

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