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标题: 求助~关于初始盒子粒子数的问题 [打印本页]

作者
Author: 乐嘻嘻嘻 时间: 2019-10-14 21:24
标题: 求助~关于初始盒子粒子数的问题
如图，npt之后，粒子没有紧密排布，猜测是初始粒子数过少或者盒子过大，所以想要在增加初始构型的粒子数，出现了如图所示的问题，不允许继续添加粒子。
我的初始itp文件和top文件的获取步骤是除了RESP电荷是在Multiwfn中获得，其余与GAFF力场的相关参数是在antechamber中获得，且没有修改直接使用，不知道是不是因为初始的itp文件有问题~
麻烦老师了。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-15 00:28
我不晓得你算的是什么分子，一开始密度也太低了
如果你用insert-molecules建的结构，由于不会优化朝向，插入最大数目时密度严重偏低，建议用packmol建
如果是小分子构成的体系，如果一切都正常的话，真空区会被控压自动给搞掉

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