计算化学公社

标题: 求助：segmentation fault (core dumped) [打印本页]

作者
Author: 呆宝可乐 时间: 2019-10-15 09:09
标题: 求助：segmentation fault (core dumped)
在运行NPT平衡的时候，出现：segmentation fault (core dumped)，如图，求解答解决方法。 (, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-15 17:08
不要用那么老的版本

(, 下载次数 Times of downloads: 28)
(, 下载次数 Times of downloads: 30)

作者
Author: 呆宝可乐 时间: 2019-10-30 19:06
首先谢谢老师。我将Gromacs升到2019.3，然后确实解决了崩溃的问题，但现在又出现一个问题：就是NPT时候，压力异常，如图所示 (, 下载次数 Times of downloads: 26) ，后来又尝试对压力耦合方法进行更改，但感觉还是不太正常 (, 下载次数 Times of downloads: 26) ，求解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-31 06:29

呆宝可乐发表于 2019-10-30 19:06
首先谢谢老师。我将Gromacs升到2019.3，然后确实解决了崩溃的问题，但现在又出现一个问题：就是NPT时候，压 ...

第一个图肯定不正常。第二个图没什么问题（前提是你的ref_p就是设的170 bar左右）
如果能确认是2019.3的毛病，可以尝试2018.8

作者
Author: xiaoj 时间: 2022-11-1 22:21

sobereva 发表于 2019-10-15 17:08
不要用那么老的版本

您好，老师，请教您一个问题。如果分子模型的密度特别低，经过能量最小化和弛豫之后，分子间相靠近，导致盒子里有很多空隙。在MD并行计算的过程中我常会遇到Segmentation fault这种问题，不过我换成单核串行计算的时候就不会有这种问题，对于这种情况是为什么呢，有没有什么解决方法？谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-2 08:30

xiaoj 发表于 2022-11-1 22:21
您好，老师，请教您一个问题。如果分子模型的密度特别低，经过能量最小化和弛豫之后，分子间相靠近，导致 ...

你这是两个明显不同的问题

有空隙就做NPT动力学消掉

Segmentation fault问题看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

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