计算化学公社

标题: 求助：怎么样建立体系能避免高分子与自身镜像的作用呢？ [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-15 10:58
标题: 求助：怎么样建立体系能避免高分子与自身镜像的作用呢？
老师好，各位好，请问研究高分子A和B的共混相容性的话，建立盒子的时候要建周期性盒子吗？盒子里只有高分子A和B，那么怎么样避免高分子与自身镜像的作用呢？
谢谢！

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-10-15 13:53
要么盒子设的非常大，要么一般设置盒子的时候一般-d 1nm 也可以，你得看你的体系

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-15 16:59
假设你是有限长度的聚合物：
如果就考察一对分子，不需要用PBC
如果是考虑一堆分子在凝聚相中的情况，需要用PBC，盒子足够大才能保证避免与相邻镜像作用（尺寸应当比聚合物完全展开时候两边再长1nm）

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-16 07:21

sobereva 发表于 2019-10-15 02:59
假设你是有限长度的聚合物：
如果就考察一对分子，不需要用PBC
如果是考虑一堆分子在凝聚相中的情况，需 ...

是考虑一堆分子在凝聚相中的情况。这样的话高分子链就不能建的很长了是吗，比如盒子10nm，链长8nm？跑完MD,高分子A和B会填充满整个盒子。之前看到有研究说不同的链长度对结果有影响。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-17 00:58

yihanxu 发表于 2019-10-16 07:21
是考虑一堆分子在凝聚相中的情况。这样的话高分子链就不能建的很长了是吗，比如盒子10nm，链长8nm？跑完M ...

盒子10nm，链长8nm完全没问题

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-17 02:22

sobereva 发表于 2019-10-16 10:58
盒子10nm，链长8nm完全没问题

谢谢老师，请问对高分子来说链长8nm会不会太短呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-17 02:58

yihanxu 发表于 2019-10-17 02:22
谢谢老师，请问对高分子来说链长8nm会不会太短呢？

应该也不算短了
高分子模拟这块我读的文章不多，你看普遍都用多长的

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-17 04:16

sobereva 发表于 2019-10-16 12:58
应该也不算短了
高分子模拟这块我读的文章不多，你看普遍都用多长的

谢谢老师！

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-18 13:27
老师好，无限延展的石墨烯与它的镜像作用为什么就可以被接受呢？

作者
Author: agent99 时间: 2019-10-19 02:43

yihanxu 发表于 2019-10-17 23:27
老师好，无限延展的石墨烯与它的镜像作用为什么就可以被接受呢？

无限延展的话就没有镜像一说了

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-19 04:00

agent99 发表于 2019-10-18 12:43
无限延展的话就没有镜像一说了

谢谢您。请问为什么呢？不还是石墨烯自己的“头”和自己的“尾”相互作用了吗？这不是自身和自身镜像的某个部位相互作用了吗？

作者
Author: agent99 时间: 2019-10-19 05:30

yihanxu 发表于 2019-10-18 14:00
谢谢您。请问为什么呢？不还是石墨烯自己的“头”和自己的“尾”相互作用了吗？这不是自身和自身镜像的某 ...

无限长的话就没有“头”和“尾”了吧，跨越周期性边界的C-C键就是正常的C-C键，和盒子里面其他的C-C键都是等价的，不然你怎么描述无限长的体系呢

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-3-27 11:00
本帖最后由 yihanxu 于 2020-3-26 22:05 编辑

yihanxu 发表于 2019-10-16 12:22
谢谢老师，请问对高分子来说链长8nm会不会太短呢？

老师好，如果高分子链长3.2 nm，这个长度是否足以计算高分子链和其他小分子的interaction energy呢？静电相互作用在2nm的时候仍然不可忽略，也就是说小分子处在高分子链的中心处的话，高分子至少4nm多长才足够计算静电相互作用吗？亦或是该用其它角度理解“链长多长才足够（尤其是为了在MD中计算相互作用）”这个问题呢？
我做了能量分解，看到小分子与其邻近的高分子的三个重复单元有明显的静电相互作用，可以说明8个重复单元的高分子链长（3.2 nm）足够了吗？

谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-28 05:52

yihanxu 发表于 2020-3-27 11:00
老师好，如果高分子链长3.2 nm，这个长度是否足以计算高分子链和其他小分子的interaction energy呢？静电 ...

静电作用多远才能忽略要看溶剂环境（体现介电常数），以及原子电荷大小。诸如非极性-极性，或者非极性-非极性体系之间的静电作用比极性-极性体系间作用衰减快得多得多
对于诸如聚乙烯，有的力场可能直接把C、H电荷当做0，这时候都没静电作用了。

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