计算化学公社

标题: 如何约束防止高斯计算时断键？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2019-10-16 16:14
标题: 如何约束防止高斯计算时断键？
构建一个酶催化体系！考虑到计算量，只构建酶催化中心。但是，由于无外围体系的约束，计算的时候，原本应该连接到酶金属中心位点上的键，计算时却断开。其他周围部分（固定被催化分子的位置的约束官能团）却连接上，请问对于此种情况，应该如何计算约束？
谢谢！

作者
Author: 冰释之川 时间: 2019-10-16 16:43
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

作者
Author: lao7 时间: 2019-10-16 17:01
本帖最后由 lao7 于 2019-10-16 17:04 编辑

冰释之川发表于 2019-10-16 16:43
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

谢谢！之前没有看到这篇文献。下面我把Sob文章中的一段引述下来，以免遇到类似问题的人，打开本提问感到失望：“...讨论原子间是否成键这个问题前，首先要明确，原子间是否成键，绝对没有一刀切的标准。键本来就是个人为定义的抽象的概念，从实验上也没法直接观测到“键”这个东西，只能通过实验或理论计算得到的一些可观测性质去试图反映，或者通过一些纯理论的分析方法去试图具象化“键”这个概念。因此原子间是否成键，绝对不是一个非黑即白的问题。对明显成键的情况，无论用什么方法去分析讨论，结论都会是“成键了”；对明显没成键的情况，无论用什么方法去分析讨论，结论都会是“没成键”；而对于非典型、模棱两可的“灰色地带”，非要讨论是否成键，是没有太大意义的，而且从不同角度去讨论，结论可能大相径庭。...”

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