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标题: gromacs mdrun模拟报错 [打印本页]

作者
Author: mjluan 时间: 2019-10-16 17:08
标题: gromacs mdrun模拟报错
老师您好，我构建了一个包含蛋白质的菱形十二面体的液滴，之前的模拟都没有问题，这次把盒子边长扩大了一倍，然后报错了，请问老师，该如何解决呢？
Program: gmx mdrun, version 2018.4
Source file: src/gromacs/mdlib/nbnxn_atomdata.cpp (line 101)

Software inconsistency error:
In nbnxn_realloc_void: new size less than copy size

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-16 17:30
怎么扩的盒子？

作者
Author: mjluan 时间: 2019-10-20 12:45

sobereva 发表于 2019-10-16 17:30
怎么扩的盒子？

不好意思才看到，老师，我是在建液滴盒子这一步gmx editconf -f protein.gro -o protein-PBC.gro -c -bt dodecahedron -box 10，把原本的10扩大成20的。谢谢老师回复！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-20 19:47
不建议用dodecahedron盒子，破事多

光是直接这么增加盒子尺寸也没意义（除非你后来又填充了溶剂）

作者
Author: mjluan 时间: 2019-10-21 15:10

sobereva 发表于 2019-10-20 19:47
不建议用dodecahedron盒子，破事多

光是直接这么增加盒子尺寸也没意义（除非你后来又填充了溶剂）

老师您好，我用十二面体盒子是因为我想构建的是球形液滴，这个形状比较接近球体，我是添加了溶剂的，所以想问老师还有什么别的解决方法嘛？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-21 22:11

mjluan 发表于 2019-10-21 15:10
老师您好，我用十二面体盒子是因为我想构建的是球形液滴，这个形状比较接近球体，我是添加了溶剂的，所以 ...

球形液滴照样可以用立方盒子

作者
Author: mjluan 时间: 2019-10-22 10:02

sobereva 发表于 2019-10-21 22:11
球形液滴照样可以用立方盒子

非常感谢老师一直解答！！！

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