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标题: 在molclus做团簇构型搜索时怎么利用VMD显示团簇的构型 [打印本页]

作者
Author: 李海波 时间: 2019-10-19 12:32
标题: 在molclus做团簇构型搜索时怎么利用VMD显示团簇的构型
本帖最后由李海波于 2019-10-19 12:32 编辑

我想照着《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》这篇文章用molclus程序做团簇构型搜索（没有用分子动力学的部分），得到了cluster.xyz文件，想把优化出的结构画出来，请问是直接把cluster.xyz放到VMD里面吗？但是我放进去之后显示的是一堆线，刚刚下载的VMD，还不会用，请问怎么才能得到图里这种的样子呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-19 12:54
graphics - representation，把drawing method改成CPK

作者
Author: 李海波 时间: 2019-10-31 22:09
感谢老师的回答，还想请问老师，怎么设置才能把所有计算出的结构显示出来呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-1 07:36

李海波发表于 2019-10-31 22:09
感谢老师的回答，还想请问老师，怎么设置才能把所有计算出的结构显示出来呢？

xyz轨迹文件拖进去，在VMD Main窗口下方有滑条，可以切换帧。如果是指平铺显示，只能自行ps

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