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标题: 关于jctc.9b00815一文的实现方法 [打印本页]

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-10-20 04:03
标题: 关于jctc.9b00815一文的实现方法
本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-10-20 04:05 编辑

我看到jctc.9b00815一文中，作者使用一些flat well restraint让一个磷脂层分为左右两块，左边是DLPC右边是DPPC，作者用的是OpenMM，我很感兴趣在我自己的系统（gromacs/plumed）实现他。

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我现在的实现方式是按照这样写plumed文件

x0: FIXEDATOM AT=0,0,0
x1: FIXEDATOM AT=7.0,0,0
DL0: DISTANCE ATOMS=2,x0 COMPONENTS
UPPER_WALLS ARG=DL0.x AT=4.5 KAPPA=1000 EXP=2 LABEL=Luwall_0
DP0: DISTANCE ATOMS=1612,x1 COMPONENTS
UPPER_WALLS ARG=DP0.x AT=4.5 KAPPA=1000 EXP=2 LABEL=Puwall_0

等于整个盒子是14.0*7.5 （nm）所以我的setup是在x=0和x=7.0处分别放两个虚拟原子，让左边的磷脂距离x=0不超过4.5，右边磷脂距离x=7.0不超过4.5。

但现在的问题就是如果只作用在两个原子上还好，作用在全部的200个左边的磷脂和右边的200个左边的磷脂就完全跑不动，真的是一步也要跑很久那样。

想问问各位大佬的意见。

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-10-20 17:23
你这样就是会很慢的，因为当cv里面包含的原子太多，计算cv就是很慢(colvars/plumed并没有GPU实现)

一般这种都需要用MD自身的接口实现，比如NAMD的tclBC或者OpenMM的python API，不清楚GMX有没有类似的接口

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-10-20 18:09

fhh2626 发表于 2019-10-20 17:23
你这样就是会很慢的，因为当cv里面包含的原子太多，计算cv就是很慢(colvars/plumed并没有GPU实现)

一般 ...

谢谢感觉哪怕是全CPU运行也不至于这么慢我看看gmx的写法吧

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