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标题: castep结构优化后出现原子消失 [打印本页]

作者
Author: 战泽天 时间: 2019-10-20 12:48
标题: castep结构优化后出现原子消失
各位老师好，我在用MS castep模块进行结构优化然后能量计算时发现一个很奇怪的现象，结构优化时结构还是正常的，如图一，但把结构优化后的结构再投入能量计算时发现有部分原子消失了（如图2），或者将display style先改成in cell，再改成default，也是这种情况。想请教造成这种现象的可能原因是什么呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-21 12:22
消失正常啊，边界上重复的原子就不显示了啊。

作者
Author: 战泽天 时间: 2019-10-21 21:30

卡开发发发表于 2019-10-21 12:22
消失正常啊，边界上重复的原子就不显示了啊。

明白了，谢谢卡卡老师。再请教您一个问题，我现在在很多文献中看到用第一性原理计算过渡态，进而得到原子在固体中的扩散系数的，但没有分子的，请问用过渡态理论可以计算分子在固体中的扩散系数吗？比如氢气分子

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-21 22:44

战泽天发表于 2019-10-21 21:30
明白了，谢谢卡卡老师。再请教您一个问题，我现在在很多文献中看到用第一性原理计算过渡态，进而得到原子 ...

原子和分子应该并没有什么显著差别，原理上可以这样做。

作者
Author: 战泽天 时间: 2019-10-21 22:46

卡开发发发表于 2019-10-21 22:44
原子和分子应该并没有什么显著差别，原理上可以这样做。

好的，谢谢卡卡老师的指导

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-21 23:01

战泽天发表于 2019-10-21 22:46
好的，谢谢卡卡老师的指导

要做扩散的话格子可能还得再大点。

作者
Author: 战泽天 时间: 2019-10-26 08:50

卡开发发发表于 2019-10-21 23:01
要做扩散的话格子可能还得再大点。

抱歉，卡卡老师，这几天一直没有上网站，没看您的消息。这个格子大是根据什么判断的呢？我一直都是用之前师兄做吸附的结构，没有考虑过这个问题

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-26 11:22

战泽天发表于 2019-10-26 08:50
抱歉，卡卡老师，这几天一直没有上网站，没看您的消息。这个格子大是根据什么判断的呢？我一直都是用之前 ...

尽量避免扩散的粒子间有相互作用即可。

作者
Author: 战泽天 时间: 2019-10-26 11:35

卡开发发发表于 2019-10-26 11:22
尽量避免扩散的粒子间有相互作用即可。

明白了。再请教您一个关于结构优化的问题，我在fine的精度下进行结构优化，虽然并没有收敛，但得到一个相对优化的结构，我用这个结构调整参数重新优化，跟用之前完全没有优化的结构相比，可以节省优化时间吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-26 14:08

战泽天发表于 2019-10-26 11:35
明白了。再请教您一个关于结构优化的问题，我在fine的精度下进行结构优化，虽然并没有收敛，但得到一个相 ...

看调整哪些参数，有些可以节省，有些反而不行。

作者
Author: 战泽天 时间: 2019-10-26 14:27

卡开发发发表于 2019-10-26 14:08
看调整哪些参数，有些可以节省，有些反而不行。

想要把cut-off energy提高一些，从400eV调到500eV，然后把SCF tolerance 降低，从1.0e-6调到5.0e-6,调整这两个参数的话可以节省时间吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-10-26 16:09

战泽天发表于 2019-10-26 14:27
想要把cut-off energy提高一些，从400eV调到500eV，然后把SCF tolerance 降低，从1.0e-6调到5.0e-6,调整 ...

可以这么做，但效果怎样我不好说。

作者
Author: 战泽天 时间: 2019-10-26 20:07

卡开发发发表于 2019-10-26 16:09
可以这么做，但效果怎样我不好说。

好的

作者
Author: PESPES 时间: 2021-6-8 20:34
有没有能显示的方法啊？

作者
Author: 寻找Medusa 时间: 2021-10-15 13:23
本帖最后由寻找Medusa 于 2021-10-15 13:40 编辑

卡开发发发表于 2019-10-21 12:22
消失正常啊，边界上重复的原子就不显示了啊。

卡卡老师，做吸附的时候出现这种情况还能再继续进行计算吗

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-10-15 14:46

寻找Medusa 发表于 2021-10-15 13:23
卡卡老师，做吸附的时候出现这种情况还能再继续进行计算吗

可以继续算，实在不行你确定一下.castep文件下面的坐标部分原子数目和类型对不对。

作者
Author: 寻找Medusa 时间: 2021-10-15 15:04

卡开发发发表于 2021-10-15 14:46
可以继续算，实在不行你确定一下.castep文件下面的坐标部分原子数目和类型对不对。

好哒，太感谢卡卡老师了，我还有个疑问，这会不会和在进行表面吸附计算结构优化时没选optimize cell有关呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-10-15 15:13

寻找Medusa 发表于 2021-10-15 15:04
好哒，太感谢卡卡老师了，我还有个疑问，这会不会和在进行表面吸附计算结构优化时没选optimize cell有关 ...

无关，可能是display style的问题。

作者
Author: 寻找Medusa 时间: 2021-10-15 15:16

卡开发发发表于 2021-10-15 15:13
无关，可能是display style的问题。

好哒，谢谢卡卡老师了，太感谢了

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2023-3-27 20:53

PESPES 发表于 2021-6-8 20:34
有没有能显示的方法啊？

请问您知道如何全部显示了吗

作者
Author: CCC显瘦 时间: 2023-5-29 15:31
您好楼主想问一下您解决了小时的问题了吗

作者
Author: 安好 时间: 2023-7-10 17:08

寻找Medusa 发表于 2021-10-15 13:23
卡卡老师，做吸附的时候出现这种情况还能再继续进行计算吗

您好，同样想问一下做吸附的时候出现这种情况还能继续进行计算吗？

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