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标题: gmx select用法求助 [打印本页]

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Author: 土拔鼠 时间: 2019-10-21 17:48
标题: gmx select用法求助
老师好请问一下我想用gmx select 在index里建立一个group 这个group包括Z>80的所有水分子我输入gmx select -s md.tpr -on 之后出现了一个控制台但我不太清楚在哪里输入我定义的选择范围

我看sob老师关于VMD选择语法的帖子 water z>80 这么选择之后在index中没有出现相应的group 请问老师这是哪里出错了

还有想问一下 VMD中如何删除选择的分子

谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-21 19:20
和VMD的语法有一定差异。而且VMD里也不是那么输入的，中间要加and
gmx的selection语法看2019版手册Selection syntax and usage部分，并且注意理解屏幕上的提示
(, 下载次数 Times of downloads: 95)

VMD里没法删除原子，只能保存结构的时候加上not ...去除不想要的部分

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-10-21 21:56

sobereva 发表于 2019-10-21 19:20
和VMD的语法有一定差异。而且VMD里也不是那么输入的，中间要加and
gmx的selection语法看2019版手册Selecti ...

谢谢社长

我按照您的建议把除了我要删除的部分的其余部分保存为了一个新的pdb文件

并用gmx editconf -f a.pdb -o a2.pdb 对新的pdb文件进行了转化

但是我发现 pdb文件里水的OW HW1 HW2 并不是全部按照这个顺序进行的排列到某一部分都是乱的比如HW1 HW2 HW1 OW这个顺序出现在进行grompp的时候出现报错与topol文件的顺序不符

我想过手动修改OW HW1 HW2顺序，但后来发现后面的元素对应不上我又考虑对数据进行二次排序但因为盒子里的分子数较多在9999号之后又重1开始了所以也没法按序号进行排序

请问社长这种情况我改怎么处理

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-21 22:15

土拔鼠发表于 2019-10-21 21:56
谢谢社长

我按照您的建议把除了我要删除的部分的其余部分保存为了一个新的pdb文件

尝试用VMD保存指定的选区

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-10-21 22:53

sobereva 发表于 2019-10-21 22:15
尝试用VMD保存指定的选区

社长我发现问题存在于我选择的方法上

我用 {resname Ace or resname Pdc} or {water z<30 or z>115}这个语法进行选择水和小分子，但有一部分水没有选择完整只选了一部分的氢或者氧导致了后面的OW HW1 HW2顺序乱了

请问社长我该怎么修改语法完整的选择水分子呢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-21 22:58

土拔鼠发表于 2019-10-21 22:53
社长我发现问题存在于我选择的方法上

我用 {resname Ace or resname Pdc} or {water z115}这个语法进 ...

same resid as ...
强烈建议在VMD里用选择语句，所见即所得

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-10-21 23:41
本帖最后由土拔鼠于 2019-10-21 23:51 编辑

sobereva 发表于 2019-10-21 22:58
same resid as ...
强烈建议在VMD里用选择语句，所见即所得

谢谢社长已经解决了

定一百个闹钟参加今年末或者明年初的Groamcs培训光光VMD这部分就太值得听了

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-10-22 00:42

sobereva 发表于 2019-10-21 22:58
same resid as ...
强烈建议在VMD里用选择语句，所见即所得

社长再请问一下 VMD中选择7开启平移我该如何去同时拖动一个三聚体的小团簇呢我的做法是手动在三个单体之间加一个键再拖动请问还有其他方便一点的方法吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-22 04:53

土拔鼠发表于 2019-10-22 00:42
社长再请问一下 VMD中选择7开启平移我该如何去同时拖动一个三聚体的小团簇呢我的做法是手动在三个单 ...

在graphics - representation用选择语句把三聚体选中，然后Mouse - Move - Rep，拖动时就会按照选择语句整体拖动

作者
Author: byqyb 时间: 2021-4-13 18:18

土拔鼠发表于 2019-10-21 22:53
社长我发现问题存在于我选择的方法上

我用 {resname Ace or resname Pdc} or {water z115}这个语法进 ...

您好，想咨询一下您gmx select范围选择生成index的方法。我想选择box最外侧0.5nm的水，box大小是9.15084 9.15084 12，我用gmx select -f md.gro -on →rdist = distance from com of group→resname TIP3 and rdist > 5.5，出来的结果不对。想问一下你是怎么选的呀？

作者
Author: byqyb 时间: 2021-4-14 22:17

byqyb 发表于 2021-4-13 18:18
您好，想咨询一下您gmx select范围选择生成index的方法。我想选择box最外侧0.5nm的水，box大小是9.15084 ...

没有问题了，已经解决了，group "TIP3" and z > 5.5 or z <-5.5

作者
Author: motidfox 时间: 2022-3-18 10:11

byqyb 发表于 2021-4-14 22:17
没有问题了，已经解决了，group "TIP3" and z > 5.5 or z

感谢解决方案

作者
Author: 一条君 时间: 2022-6-2 15:31
本帖最后由一条君于 2022-6-2 15:32 编辑

sobereva 发表于 2019-10-21 19:20
和VMD的语法有一定差异。而且VMD里也不是那么输入的，中间要加and
gmx的selection语法看2019版手册Selecti ...

老师，请问为什么vmd选择的原子和gmx select选择后-on输出的不一样呢
两个都是name OW and within 4 of resid 1355，（within 4 of 坐标试了也不对）谢谢~

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-3 03:35

一条君发表于 2022-6-2 15:31
老师，请问为什么vmd选择的原子和gmx select选择后-on输出的不一样呢
两个都是name OW and within 4 of ...

用VMD输出就完了，所见即所得，而且比gmx的selection更灵活强大

作者
Author: lonemen 时间: 2022-6-3 14:05

sobereva 发表于 2019-10-22 04:53
在graphics - representation用选择语句把三聚体选中，然后Mouse - Move - Rep，拖动时就会按照选择语句 ...

哇，谢谢！终于知道怎么一起移动了

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