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标题: 求助如何初猜邻甲基肉桂酸光异构化反应过渡态结构的问题 [打印本页]

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Author: chuanghao 时间: 2019-10-22 10:03
标题: 求助如何初猜邻甲基肉桂酸光异构化反应过渡态结构的问题
本帖最后由 chuanghao 于 2019-10-22 10:09 编辑

各位老师，最近我用gaussian搜索一个光异构化反应的过渡态。如图所示。在找这个过渡态的时候，我尝试把双键拉远，变成单键旋转一定角度，都不奏效。请各位老师看看，这个反应的过渡态能是怎么样的，我应该做怎么样的尝试？
感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-23 01:48
对激发态做势能面扫描，旋转双键，看看扫描曲线上有无极大点

作者
Author: chuanghao 时间: 2019-10-23 10:05

sobereva 发表于 2019-10-23 01:48
对激发态做势能面扫描，旋转双键，看看扫描曲线上有无极大点

感谢sob。

作者
Author: chuanghao 时间: 2019-11-27 15:09

sobereva 发表于 2019-10-23 01:48
对激发态做势能面扫描，旋转双键，看看扫描曲线上有无极大点

请问sob老师，对激发态扫描双键之后，取曲线上的极大点为初猜构型去优化过渡态，但得到的结果的虚频对应甲基的旋转。这是不是说明这个反应可能不存在过渡态

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-28 02:21

chuanghao 发表于 2019-11-27 15:09
请问sob老师，对激发态扫描双键之后，取曲线上的极大点为初猜构型去优化过渡态，但得到的结果的虚频对应 ...

没具体情况不好说，至少得把结构图和IRC曲线发上来

作者
Author: chuanghao 时间: 2019-11-28 10:11

sobereva 发表于 2019-11-28 02:21
没具体情况不好说，至少得把结构图和IRC曲线发上来

对4-11-18-20柔性扫描，得到的极大值点恰好是双键翻转时的结构，以这个结构为初猜结构优化过渡态，得到的结果如图所示，但虚频对应的是5-13-14的键角变化，而不是双键翻转。IRC的结果也如图所示。另外，由于加了TD关键词，优化过渡态，使用的是“# opt=(ts,gdiis,noeigen,readfc) freq td b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=water) em=gd3”关键词，irc用的是“# irc=(gradientonly,euler) freq td b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=water) em=gd3”关键词。
现在就不知道是找过渡态的方法有问题，还是只是没有找到，或者是可能就没有过渡态。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-29 09:11

chuanghao 发表于 2019-11-28 10:11
对4-11-18-20柔性扫描，得到的极大值点恰好是双键翻转时的结构，以这个结构为初猜结构优化过渡态，得 ...

也许就是没过渡态。激发态势能面的情况不能以基态的角度来考虑

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Author: chuanghao 时间: 2019-11-29 10:41

sobereva 发表于 2019-11-29 09:11
也许就是没过渡态。激发态势能面的情况不能以基态的角度来考虑

好的，谢谢sob老师。

作者
Author: chuanghao 时间: 2019-12-10 11:00

sobereva 发表于 2019-11-29 09:11
也许就是没过渡态。激发态势能面的情况不能以基态的角度来考虑

请问sob老师，对于这个异构化反应，因为可能没有过渡态，要判断反应速度快慢的话，该以哪两个结构的自由能之差作为自由能垒来计算k呢？是以反应物和产物的，还是反应物和激发态的呢？

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