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标题: molclus调用xtb进行构象搜索失败的问题 [打印本页]

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pleasant1789    时间: 2019-10-23 16:54
标题: molclus调用xtb进行构象搜索失败的问题
本帖最后由 pleasant1789 于 2019-10-23 18:03 编辑

我是把下载的molclus和xtb解压缩xtb是从https://github.com/grimme-lab/xtb/releases里下载的

xtb-190828.tar.xz
然后编辑了用户目录下的.bashrc文件,加入了此语句:source /路径/Config_xtb_env.bash。
用molculs里的gentor产生了traj.xyz文件

然后用molculs运行的时候提示(对每个configuration都是这么提示的,这里贴出其中一段

   *** Configuration    31  ***
Current date: 2019-10-23   Time: 16:42:41
Loading geometry        31 from traj.xyz
Checking geometry...
Generating xtb.xyz file...
Running xtb: "/路径/bin/xtb" xtb.xyz  --opt
--gfn 1 --chrg 0 --uhf 0 > xtb.out
FATAL: kernel too old
sh: line 1: 85669 Segmentation fault      (core dumped) "/路径/bin/xtb" xtb.xyz --opt --gfn 1 --chrg 0 --uhf 0 > xtb.out
Cannot found .xtboptok, the task may be failed
Wall clock time elapsed in this cycle:       0s
不知道是哪里出了问题?是说缺少.xtboptok这个文件的意思?但是这个文件在xtb-190828.tar.xz压缩包里没有



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liyuanhe211    时间: 2019-10-23 17:26
本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-10-23 20:56 编辑

<s>"the task may be failed"</s>
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pleasant1789    时间: 2019-10-23 17:51
本帖最后由 pleasant1789 于 2019-10-23 18:02 编辑
liyuanhe211 发表于 2019-10-23 17:26
"the task may be failed"

这个是失败描述,但是失败的原因是前面那句吧……就是Cannot found .xtboptok,所以是不知道该如何解决这个问题?
另外更靠前的一句提到“ kernel too old”,但是这个已经是最新的版本了,另外还有一个xtb-190828_old_kernel.tar.xz,跟这个版本不知道是否有关?

ps:我用xtboptok关键字在论坛里搜索了一下没有看到相关帖子……

用find命令也找了一下xtb文件夹里的.xtboptok,没有找到这个文件

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snljty    时间: 2019-10-23 18:29
FATAL: kernel too old指的是系统内核文件版本吧,比如glibc之类的,您的操作系统版本是什么呀?不过我不清楚fortran和glibc有没有关系。
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chrinide    时间: 2019-10-23 19:31
下载old kernel的版本用,应该就可以了
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pleasant1789    时间: 2019-10-23 22:14
chrinide 发表于 2019-10-23 19:31
下载old kernel的版本用,应该就可以了

我换成xtb-190828_old_kernel.tar.xz这次成功了
非常感谢
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sobereva    时间: 2019-10-24 06:35
凡是molclus调用某程序做搜索前,应当手动确保当前机子里能用这个程序顺利跑完一个标准的任务
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leen090729    时间: 2020-4-12 10:37
本帖最后由 leen090729 于 2020-4-12 10:46 编辑

老师好,我也遇到了类似的问题,但是我用xtb优化单个结构是没问题的,跑MD也得到了不同的构象,但是用molclus调用xtb优化构象结构的时候出现了类似的报错,不知道问题出在哪,望老师给予解答,谢谢。
Current date: 2020-04-12   Time: 08:29:46
Loading geometry      1996 from the inputted geometry file
Generating xtb.xyz file...
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 0 --uhf 0 > xtb.out
abnormal termination of xtb
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
Wall clock time elapsed for this configuration:       0s

作者
Author:
leen090729    时间: 2020-4-12 10:45
已经找到原因了,我这个版本的xtb不支持gfn 0,换成gfn 2就可以了,谢谢
作者
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Hanz    时间: 2020-11-4 08:37
本帖最后由 Hanz 于 2020-11-4 10:24 编辑
leen090729 发表于 2020-4-12 10:45
已经找到原因了,我这个版本的xtb不支持gfn 0,换成gfn 2就可以了,谢谢

您好!我也遇到了这样的问题,XTB跑分子动力学可以正常结束,但是在molclus调用xtb进行优化的时候,就会在成功优化一些构象之后出现这样的问题,GFN 0, GFN 1和GFN 2都会出现这样,我用的是xtb-6.3.1和xtb-6.3.3,xtb-200709-old-kernel也不行,请问您后来用的哪个版本?
作者
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wzkchem5    时间: 2020-11-4 12:43
Hanz 发表于 2020-11-4 08:37
您好!我也遇到了这样的问题,XTB跑分子动力学可以正常结束,但是在molclus调用xtb进行优化的时候,就会 ...

是只出现了the task may be failed,还是FATAL: kernel too old也出现了?
作者
Author:
Hanz    时间: 2020-11-4 13:54
本帖最后由 Hanz 于 2020-11-4 14:13 编辑
wzkchem5 发表于 2020-11-4 12:43
是只出现了the task may be failed,还是FATAL: kernel too old也出现了?

没有出现FATAL: kernel too old
作者
Author:
wzkchem5    时间: 2020-11-4 15:05
Hanz 发表于 2020-11-4 13:54
没有出现FATAL: kernel too old

错误信息已经写得很清楚了,读取traj.xyz遇到了I/O错误,所以你应该检查traj.xyz。
估计是结构跑散了,坐标数值太大,数字溢出了
作者
Author:
Hanz    时间: 2020-11-4 15:34
wzkchem5 发表于 2020-11-4 15:05
错误信息已经写得很清楚了,读取traj.xyz遇到了I/O错误,所以你应该检查traj.xyz。
估计是结构跑散了, ...

刚才用VMD看了轨迹,确实是结构跑偏了!麻烦问下老师再跑动力学的时候该调整什么参数?目前的是temp= 400,time=100.0, dump= 50.0, step=1.0, hmass=1, shake=1, 这个是学习论坛里sob老师对瑞德西韦进行构象搜索的参数。
作者
Author:
wzkchem5    时间: 2020-11-4 15:54
Hanz 发表于 2020-11-4 15:34
刚才用VMD看了轨迹,确实是结构跑偏了!麻烦问下老师再跑动力学的时候该调整什么参数?目前的是temp= 400 ...

你的分子体系是非共价复合物吗?
可以考虑降低温度,减少跑散的概率。更好的办法是加个盒子,让分子跑散到一定距离后会撞到器壁弹回来,我忘了xtb自己支持不支持这个了,但是如果把xtb接到orca里肯定是支持的。
作者
Author:
Hanz    时间: 2020-11-4 17:02
wzkchem5 发表于 2020-11-4 15:54
你的分子体系是非共价复合物吗?
可以考虑降低温度,减少跑散的概率。更好的办法是加个盒子,让分子跑散 ...

是有1个过氧键,就是过氧键跑偏了!我先查查在xtb里加盒子,和把xtb接到orca里,谢谢您的答复!感谢!
作者
Author:
shenmh3    时间: 2023-5-10 15:32
pleasant1789 发表于 2019-10-23 22:14
我换成xtb-190828_old_kernel.tar.xz这次成功了
非常感谢

不好意思打扰了,请问这个版本是在那里下载呀?我在官网没搜索到old_kernel版本的
作者
Author:
shenmh3    时间: 2023-5-10 15:40
shenmh3 发表于 2023-5-10 15:32
不好意思打扰了,请问这个版本是在那里下载呀?我在官网没搜索到old_kernel版本的

噢噢找到了,不好意思打扰了




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