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标题: 关于linux系统MS的请教 [打印本页]

作者
Author: panger 时间: 2015-7-24 20:07
标题: 关于linux系统MS的请教
本帖最后由 panger 于 2015-7-24 21:43 编辑

linux系统中MS任务如果不是通过windows客户端提交的任务，而是直接在linux系统中提交的任务。例如castep，dmol等模块，在Linux系统计算结束以后缺少.xsd文件，不能在windows下可视化，这个问题该怎么解决呢？有经验的同行帮帮忙，谢谢。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-7-24 23:23
在win端的计算选项卡中save files之后把产生的文件夹拷贝到服务器，然后执行.../MS/etc/DMol3（或CASTEP）/bin/RunDMol3.sh（或RunCASTEP.sh），之后把文件传回win端。这个win端可以是其他电脑，也可以是linux上安装的虚拟机，原则上在虚拟机配置MS后应该也能够调用host。

作者
Author: panger 时间: 2015-7-25 00:12

卡开发发发表于 2015-7-24 23:23
在win端的计算选项卡中save files之后把产生的文件夹拷贝到服务器，然后执行.../MS/etc/DMol3（或CASTEP）/ ...

谢谢，我想知道如何将linux系统中的结果可视化，在哪里能刷新一下，还是怎么样操作一下。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-7-25 00:33

panger 发表于 2015-7-25 00:12
谢谢，我想知道如何将linux系统中的结果可视化，在哪里能刷新一下，还是怎么样操作一下。

你把服务器的结果拷贝回来后放到对应的project下面，然后在CASTEP或DMol3的Analysis下面有个Structure，之后update一下，能量、力、位移的曲线有个Energy Evolution的选项。

作者
Author: panger 时间: 2015-7-27 00:14
谢谢，是不是这种形式提交任务，各种性质都要分别计算，多次提交任务？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-7-27 13:46

panger 发表于 2015-7-27 00:14
谢谢，是不是这种形式提交任务，各种性质都要分别计算，多次提交任务？

不必，性质可以提前勾选，这样的话会在input文件中包含于“# Calculated properties”，这样该性质就会被计算，如计算DOS和BandStr的时候在properties会出现关键词，额外还会产生DOS或BandStr的input文件，里面是描述DOS或能带的k点以及空带数目等。

但有些性质计算过程可能容易出错一般建议分开算，比如Freq计算采用有限差分的方法，个别原子被移动某个距离后产生的结构SCF可能会比较难收敛。如果分开计算这些性质，也不妨采用续算的方法，当然体系不太大的情况多做一次SCF也无妨。

作者
Author: zorow 时间: 2018-7-9 10:45

卡开发发发表于 2015-7-24 23:23
在win端的计算选项卡中save files之后把产生的文件夹拷贝到服务器，然后执行.../MS/etc/DMol3（或CASTEP）/ ...

卡开发发老师，这里请教您一个问题：我用PBS提交DMol3时，出现了这样的错误，请问是哪里的问题？烦劳您解答一下！
输出的错误文件见附件所示

作者
Author: flwboka 时间: 2018-7-11 10:02
本帖最后由 flwboka 于 2018-7-11 11:31 编辑

如果是使用dmol做结构优化计算的话，优化的最新结构保存在.car文件中，优化的每一步轨迹保存在.arc文件中。不管计算是否完成，都可以吧这两个文件下载下来，直接拖到ms中可视化查看的

作者
Author: Elvis_flying 时间: 2020-11-4 22:13

卡开发发发表于 2015-7-25 00:33
你把服务器的结果拷贝回来后放到对应的project下面，然后在CASTEP或DMol3的Analysis下面有个Structure， ...

您好，我按您说的方法尝试了一下，显示“No results file available”，不知道是什么原因

作者
Author: Elvis_flying 时间: 2020-11-10 22:36

Elvis_flying 发表于 2020-11-4 22:13
您好，我按您说的方法尝试了一下，显示“No results file available”，不知道是什么原因

已经解决，因为没有保持结构文件是被选中的活跃状态，-_-||

作者
Author: 陈小北 时间: 2022-7-18 22:30

Elvis_flying 发表于 2020-11-10 22:36
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

您好！

我想问一下您的问题解决了吗？因为我们最近拿超算平台上的MS做了CASTEP模块的结构优化，计算完成后平台输出结果如图1，我查找了很多资料，感觉这些输出结果中缺少.check 文件，正常情况下是应该有check文件是吗？

另外您说的保持结构文件是选中活跃状态，想请问您指的是什么文件呢，我们导入之后也显示“No results file avaiable”。。

谢谢您！
图1
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