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标题: 是否可以在Z轴的两个边界设置限制，而XY继续保留周期性边界条件？ [打印本页]

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-10-23 20:44
标题: 是否可以在Z轴的两个边界设置限制，而XY继续保留周期性边界条件？
请问在Gromacs中是否可以在Z轴的两个边界设置限制 XY继续保留周期性边界条件

我的体系是中间是磷脂膜（垂直于Z轴）和膜蛋白
膜上下层（内外）的离子浓度不同想模拟在膜内外离子浓度差的驱动下离子的过膜过程但是如果XYZ都使用周期性边界条件离子会直接通过Z方向的边界达到离子平衡
所以想在Z轴边界加上限制不知道是否可以操作

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-23 23:58
可以pbc=xy的同时设wall挡住

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Author: 土拔鼠 时间: 2019-10-24 00:12

sobereva 发表于 2019-10-23 23:58
可以pbc=xy的同时设wall挡住

社长请问wall的密度一般多大比较合适我主要想挡住水分子和Cl离子向外扩散

一般wall 原子用 C 可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-24 06:58

土拔鼠发表于 2019-10-24 00:12
社长请问wall的密度一般多大比较合适我主要想挡住水分子和Cl离子向外扩散

一般wall 原子用 C 可以吗

这不是什么重点。实际试试便知

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