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标题: AMBER、GROMOS、OPLS、CHARMM最新版本的GROMACS力场包 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-24 07:29
标题: AMBER、GROMOS、OPLS、CHARMM最新版本的GROMACS力场包
群里有人问怎么GROMACS自带的力场老不更新，实际上在以下网址可以获取最新的四大力场的GROMACS包，解压到top目录里直接就能用
CHARMM36力场（目前最新的CHARMM力场）：http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs
OPLS-AA/M力场（是目前gmx自带的OPLS-AA/L改进版，也是OPLS原作者搞的最新版本）：http://zarbi.chem.yale.edu/oplsaam.html
GROMOS 54A8（目前最新的GROMOS官方力场）：http://vienna-ptm.univie.ac.at/?page_id=100
AMBER14SB+parmbsc1（除尚未在期刊正式发表的19SB以外最佳的Amber蛋白质力场结合核酸的补丁包）：http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields（此地址已失效。新地址：https://www.gromacs.org/user_contributions.html）

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Author: yjmaxpayne 时间: 2019-10-24 10:04
这个太赞了，谢谢社长！

作者
Author: yuclark 时间: 2019-10-24 13:43
本帖最后由 yuclark 于 2019-10-24 13:49 编辑

太好了，多谢sob老师！

作者
Author: xiaowu759 时间: 2019-10-24 13:55
谢谢分享！

作者
Author: lxybaby 时间: 2019-10-31 17:04
sob老师好，我看到原课题组的OPLS/M网页上的论文是关于蛋白质和核酸的，那本次最新的OPLS/M力场可以用于石油类的烷烃分子么？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-1 07:17

lxybaby 发表于 2019-10-31 17:04
sob老师好，我看到原课题组的OPLS/M网页上的论文是关于蛋白质和核酸的，那本次最新的OPLS/M力场可以用于石 ...

OPLS-AA/M是对原先的OPLS-AA/L在这方面进行改进，不是变成了只能用于蛋白质和核酸。原本的OPLS-AA/L用于烷烃非常理想，这在OPLS-AA/M自然就继承了。

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-11-19 21:26
本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-11-19 21:28 编辑

我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候写一个charmm转amber的脚本然后拖延症一直没写
然后ff19sb其实发表了https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.9b00591#.Xc-4kxDID-1.twitter

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-6-30 14:44
本帖最后由 tjuptz 于 2021-6-30 15:10 编辑

wuzhiyi 发表于 2019-11-19 21:26
我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候 ...

近期试验了下确实可以在gromacs里用了，结合charmm-gui建模很便利了，感谢大佬。另外请教一事，如果我想把ambertools里自带的gaff.dat里的参数转化为gromacs格式，parmed是否适合呢？

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-6-30 18:28

tjuptz 发表于 2021-6-30 14:44
近期试验了下确实可以在gromacs里用了，结合charmm-gui建模很便利了，感谢大佬。另外请教一事，如果我想 ...

个人感觉你用tleap生成对应的amber 拓扑文件后再转换比较稳妥

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-6-30 21:29

wuzhiyi 发表于 2021-6-30 18:28
个人感觉你用tleap生成对应的amber 拓扑文件后再转换比较稳妥

好的，谢谢指导

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-5 21:23
gromacs网站改版了，导致以下链接已经失效了。
https://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-6 09:16

牧生发表于 2022-5-5 21:23
gromacs网站改版了，导致以下链接已经失效了。
https://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Fo ...

净瞎搞

作者
Author: thor 时间: 2022-5-14 09:57
最后一个amber14sb链接点不进去啦

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-14 10:40

thor 发表于 2022-5-14 09:57
最后一个amber14sb链接点不进去啦

前面早就有人说过了

作者
Author: 牧生 时间: 2022-6-7 13:21
前几天，又重新上线了用户贡献的力场
https://www.gromacs.org/user_contributions.html

来源：https://gromacs.bioexcel.eu/t/wh ... -field-files/4091/2

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-2-29 13:30
本帖最后由喵星大佬于 2024-2-29 13:35 编辑

wuzhiyi 发表于 2019-11-19 21:26
我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候 ...

这套参数的rtp文件里面缺少OL1残基的C12和+C11的成键，补上这个成键之后还是缺参数的

作者
Author: 李赛亚 时间: 2024-8-21 17:52

wuzhiyi 发表于 2019-11-19 21:26
我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候 ...

想问一下amber19sb的力场包可以在哪里获取呢（毕竟amber19sb+opc效果最好嘛）

作者
Author: Huschein 时间: 2024-8-21 23:39

李赛亚发表于 2024-8-21 17:52
想问一下amber19sb的力场包可以在哪里获取呢（毕竟amber19sb+opc效果最好嘛）

目前似乎只能tleap

作者
Author: youknowdcf 时间: 2024-10-29 11:22

李赛亚发表于 2024-8-21 17:52
想问一下amber19sb的力场包可以在哪里获取呢（毕竟amber19sb+opc效果最好嘛）

看gromacs论坛官方人员说，目前貌似没有gromacs直接可用的19sb包，但可以在charmmgui上获取19sb的力场参数

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